Evolutionary Genetics
Tulaga Auaunaga
Takagi et al.,Le tusi talaaga o laau, 2013
●Au'ili'iliga o le bioinformatic:fa'ataga le fua fa'atatau o le kenera 'ese'ese, lea e fa'aalia ai le fa'atupuina o mea'ai, ma fa'aalia le fa'atuatuaina o le phylogenetic sootaga i le va o ituaiga ma fa'aitiitia le a'afiaga o le liliu mai ma le evolusione tutusa.
●Au'ili'ili fa'apitoa fa'apitoa: e pei ole fua faatatau ole taimi ole eseesega ma le saoasaoa e faavae i fesuiaiga ile nucleotide ma amino acids level.
●Tomai Tele ma fa'amaumauga fa'asalalau: BMKGene ua faʻaputuina le tele o le poto masani i le faitau aofaʻi ma atinaʻe genetics poloketi mo le sili atu i le 15 tausaga, e aofia ai le faitau afe o ituaiga, ma isi mea ma saofagā i luga o le 1000 galuega maualuga na lolomiina i le Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ma isi.
● 'Au'au bioinformatics maualuga ma fa'ata'ita'iga pu'upu'u: fa'atasi ai ma le poto masani i su'esu'ega genomics alualu i luma, o le 'au a le BMKGene e tu'uina atu fa'amatalaga au'ili'ili ma se taimi vave fa'aliliu.
● Lagolago ina ua uma ona faatau atu:O la matou tautinoga e faʻalautele atu i tua atu o le faʻamaeʻaina o galuega faʻatasi ma le 3-masina pe a maeʻa le faʻatau atu vaitaimi auaunaga. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tulitatao o poloketi, fesoasoani faʻafitauli, ma Q&A sauniga e faʻafeiloaʻi ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.
Auaunaga Fa'amatalaga ma mana'oga
| Ituaiga fa'asologa | Fautuaina le faitau aofai o tagata | Fuafuaga fa'asologa | Nucleotide manaʻomia |
| Fa'asologa atoa o Genome | ≥ 30 tagata, ma ≥ 10 tagata mai vaega laiti taʻitasi
| 10x | Fa'atonuga: ≥ 1 ng/ µL Aofa'i aofa'i≥ 30ng Fa'atapula'a pe leai se fa'aleagaina po'o le fa'aleagaina |
| Vaega Fa'apitoa-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Fa'ailoga loloto: 10x Numera o fa'ailoga: <400 Mb: WGS ua fautuaina <1Gb: 100K pine 1Gb >2Gb: 300K pine Max 500k pine | Fa'asa'o ≥ 5 ng/µL Aofaʻi aofaʻi ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: leai pe faʻatapulaʻaina le faʻaleagaina poʻo le faʻaleagaina
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Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga mamanu
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
Fausia faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
Au'aunaga e aofia ai au'ili'iliga o le aofa'i o tagata (phylogenetic tree, PCA, siata fa'avasegaina o le faitau aofa'i), le faitau aofa'i o tagata, ma le filifilia o le faitau aofa'i (feso'ota'iga le tutusa, filifili salu-filifiliga o nofoaga lelei). E mafai fo'i e le 'au'aunaga ona aofia ai su'esu'ega fa'apitoa (fa'ata'ita'iga o le taimi o le 'ese'esega, fa'asologa o kenera).
*O fa'ai'uga fa'aalia o lo'o fa'aalia i'i e mai genomes na lomia fa'atasi ma le BMKGENE
1. Evolution su'esu'ega o lo'o iai le fausiaina o le phylogenetic tree, fa'atulagaga o tagata ma le PCA e fa'avae i luga o fesuiaiga o kenera.
O le laau o le Phylogenetic e fai ma sui o le taxonomic ma le evolusione sootaga i le va o ituaiga ma tuaa masani.
O le PCA e fa'amoemoe e va'ava'ai i le vavalalata i le va o tagata laiti.
O le fa'atulagaina o le faitau aofa'i o tagata e fa'aalia ai le i ai o le fa'avasegaina o tagata laiti e fa'atatau i alaleo alaleo.
Chen, ma. al.,PNAS, 2020
2. Salu filifilia
Filifilia salu e faasino i se faiga e filifili ai se nofoaga lelei ma faatelevave o nofoaga le tutusa o lo'o feso'ota'i ma fa'aitiitia nofoaga e le feso'ota'i, ma fa'aitiitia ai le fa'aitulagi.
O le su'esu'eina o le Genome-lautele i vaega salu filifilia e fa'atinoina e ala i le fa'atatauina o le faitau aofa'i o fa'asinomaga (π，Fst, Tajima's D) o SNP uma i totonu o se fa'amalama fa'ase'e (100 Kb) i se la'asaga patino (10 Kb).
Nucleotide diversity(π)
Tajima's D
Fa'ailoga fa'amau(Fst)
Wu, ma. al.,La'au Molecular, 2018
3. Fa'asolo o Kene
Wu, ma. al.,La'au Molecular, 2018
4. Talafa'asolopito o tagata
Zhang, ma. al.,Natura Ecology&Evolution, 2021
5. Divergence taimi
Zhang, ma. al.,Natura Ecology&Evolution, 2021
Su'esu'e le aga'i i luma fa'afaigofieina e le BMKGene's evolutionary genetics services e ala i se fa'aputuina o fa'asalalauga:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Su'esu'eina o SNP Molecular Markers ma Sui Gafa'atasi ma le Sacbrood Virus Resistance i Apis cerana cerana Larvae e Whole-Genome Resequencing',Tusitala fa'ava-o-malo o su'esu'ega mole, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'O le mauaina o se vao, fa'amama fa'a-Saina salamander e maua ai avanoa fou fa'asao',Su'esu'ega fa'alemanu, 2022, Vol. 43, Lomiga 3, Itulau: 469-480, 43(3), itulau 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Phylogeographical Pattern and Population Evolution History of Indigenous Elymus sibiricus L. on Qinghai-Tibetan Plateau',Tuaoi i La'au Saienisi, 13, itulau. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Malamalamaga fa'agenomic i le evolusione longan mai le fa'apotopotoga o le genome-tulaga o le chromosome ma le faitau aofa'i o tagata o le longan',Su'esu'ega Fa'ato'aga, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
