Fa'asologa o le Evolusi
Fa'amanuiaga o Auaunaga
Takagi ma isi,O le api talaaga o laau, 2013
●Su'esu'ega atoatoa o fa'amatalaga fa'akomepiuta:mafai ai ona fa'atatauina le eseesega o kenera, lea e atagia ai le gafatia fa'ale-evolusi o ituaiga, ma fa'aalia ai le sootaga fa'atuatuaina o le phylogenetic i le va o ituaiga ma le fa'aitiitia o le a'afiaga o le evolusione fa'atasi ma le evolusione tutusa
●Iloiloga fa'apitoa e filifili mai ai: e pei o le fa'atatauga o le taimi ma le saoasaoa o le divergence e fa'avae i luga o fesuia'iga i le tulaga o le nucleotide ma amino acids.
●Fa'amaumauga Fa'apitoa ma Fa'asalalauga LauteleUa silia ma le 15 tausaga o fa'aputuina e le BMKGene le tele o le poto masani i galuega faatino o le faitau aofa'i ma le evolusione o kenera, e aofia ai le faitau afe o ituaiga meaola, ma isi mea fa'apena ma ua saofagā i le silia ma le 1000 galuega faatino maualuluga na lomia i le Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ma isi mea fa'apena.
● 'Au tomai fa'apitoa i mea tau bioinformatika ma se ta'amilosaga pu'upu'u o su'esu'egaFaatasi ai ma le tele o le poto masani i auiliiliga maualuluga o genomics, e tuʻuina atu e le au a le BMKGene ni auiliiliga atoatoa i se taimi vave e faatino ai.
● Lagolago pe a uma ona fa'atau atu:O la matou tautinoga e sili atu nai lo le maeʻa o le galuega faatino faatasi ai ma se vaitaimi tautua e 3 masina pe a uma le faatauina atu. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tuliloaina o le galuega faatino, fesoasoani i le foia o faafitauli, ma sauniga Fesili ma Tali e tali ai soo se fesili e fesoʻotaʻi ma taunuuga.
Fa'amatalaga ma mana'oga o auaunaga
| Ituaiga o le fa'asologa | Fuainumera o le faitau aofa'i fautuaina | Fuafuaga fa'asologa | Mana'oga mo le nucleotide |
| Fa'asologa Atoa o le Genome | ≥ 30 tagata, faatasi ai ma le ≥ 10 tagata mai vaega taitasi
| 10x | Fa'aputuga: ≥ 1 ng/ µL Aofa'i atoa ≥ 30ng Fa'aitiitia pe leai fo'i se fa'aleagaina po'o se fa'aleagaina |
| Vaega Fa'ateleina o le Nofoaga Fa'apitoa (SLAF) | Loloto o le pine: 10x Numera o pine: <400 Mb: E fautuaina le WGS <1Gb: pine 100K 1Gb >2Gb: pine 300K Fa'ailoga e 500k le maualuga | Fa'aputuga ≥ 5 ng/µL Aofa'i atoa ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: leai pe fa'atapula'aina le fa'aleagaina po'o le fa'aleagaina
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Tafega o Galuega Auaunaga
Fuafuaga o fa'ata'ita'iga
Fa'ata'ita'iga o le tu'uina atu
Fausiaina o le faletusi
Fa'asologa
Su'esu'ega o fa'amaumauga
Auaunaga pe a uma le fa'atau atu
O le tautua e aofia ai le au'ili'iliga o le fausaga o le faitau aofa'i (la'au phylogenetic, PCA, siata fa'avasegaina o le faitau aofa'i), eseesega o le faitau aofa'i, ma le filifiliga o le faitau aofa'i (linkage disequilibrium, selection selective sweep-selection of well-good). E mafai fo'i ona aofia i le tautua le au'ili'iliga fa'apitoa (e pei o le divergence time, gene flow).
*O fa'ai'uga fa'ata'ita'i o lo'o fa'aalia iinei e mai genomes uma na lolomiina ma BMKGENE
1. O le suʻesuʻega o le evolusione e aofia ai le fausiaina o le laʻau phylogenetic, fausaga o le faitau aofaʻi ma le PCA e faʻavae i luga o fesuiaiga faʻasolopito.
O le la'au phylogenetic e fa'atusalia ai sootaga fa'avasega ma le evolusione i le va o ituaiga e tutusa o latou tupuaga.
O le sini a le PCA o le vaʻaia lea o le vavalalata i le va o vaega laiti o tagata.
O le fausaga o le faitau aofai o tagata e faaalia ai le i ai o se vaega eseese o le faitau aofai o tagata e tusa ai ma le tele o allele.
Chen, ma isi,PNAS, 2020
2. Filifiliga fa'apitoa
O le filifiliga fa'asolosolo e faasino i se faiga e filifilia ai se nofoaga e lelei ma fa'ateleina ai le tele o nofoaga e feso'ota'i fa'atasi ma nofoaga e le feso'ota'i ae fa'aitiitia ai nofoaga e leai ni feso'ota'iga, ma i'u ai i le fa'aitiitia o le tele o nofoaga fa'aitulagi.
O le iloa o le genome i vaega eseese ua filifilia e fa'agasolo e ala i le fuafuaina o le fa'asinomaga o kenera o le faitau aofa'i (π, Fst, Tajima's D) o SNP uma i totonu o se fa'amalama fa'ase'e (100 Kb) i se la'asaga patino (10 Kb).
Eseesega o le nucleotide (π）
Tajima's D
Fa'asinomaga o le fa'amautu (Fst)
Wu, ma isi,La'au Molekiula, 2018
3. Tafega o Kene
Wu, ma isi,La'au Molekiula, 2018
4. Talafa'asolopito o tagata
Zhang, ma isi,Sikolosi ma le Evolusi o le Natura, 2021
5. Taimi o le eseesega
Zhang, ma isi,Sikolosi ma le Evolusi o le Natura, 2021
Su'esu'e ia alualu i luma na fa'afaigofieina e auaunaga tau kenera fa'a-evolusione a le BMKGene e ala i se fa'aputuga o lomiga ua filifilia:
Hassanyar, AK ma isi. (2023) 'Sailiga o Fa'ailoga Molecular SNP ma Sui Usufono Genes e Fesoota'i ma le Tete'e atu i le Sacbrood Virus i Apis cerana cerana Larvae e ala i le Toe Fa'asologa o le Genome Atoa',Tusiga faavaomalo o saienisi molecular, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'O le mauaina o se salamander tele Saina e matua mama ma e ola i le natura ua mafua ai ni avanoa fou mo le puipuiga',Su'esu'ega Fa'amanu, 2022, Vol. 43, Lomiga 3, Itulau: 469-480, 43(3), itulau 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Fa'ata'ita'iga o le Phylogeographical ma le Talafa'asolopito o le Evolution o le Faitau aofa'i o tagata moni o Elymus sibiricus L. i luga o le Qinghai-Tibetan Plateau',Tuaoi i le Saienisi o La'au, 13, itulau 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Va'aiga genomic i le evolusione o le longan mai le fa'apotopotoga o le genome i le tulaga o chromosome ma genomics o le faitau aofa'i o le longan',Su'esu'ega o Fa'ato'aga, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
