Evolutionary Genetics
Tulaga Auaunaga
Takagi et al.,Le tusi talaaga o laau, 2013
● Fuafuaina o le taimi ma le saoasaoa o ituaiga eseese e fua i suiga i le nucleotide ma le amino acids.
● Fa'aaliaina o feso'ota'iga phylogenetic e sili atu ona fa'atuatuaina i le va o ituaiga ma fa'aitiitia le a'afiaga o le fa'asolosolo fa'atasi ma le evolusione tutusa
● Fausia sootaga i le va o suiga o le kenera ma phenotypes e faʻaalia ai kenera e fesoʻotaʻi ma uiga
● Fuafuaina le eseesega o kenera, lea e atagia mai ai le mafai ona tupu a'e o ituaiga
● Taimi fa'aliliu vave
● Tele poto masani: BMK ua faʻaputuina le tele o le poto masani i le faitau aofaʻi ma atinaʻe e fesoʻotaʻi ma poloketi mo le sili atu i le 12 tausaga, e aofia ai le faitau selau o ituaiga, ma isi mea ma saofagā i luga o le 80 tulaga maualuga galuega faʻasalalau i Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ma isi.
Fa'amatalaga Auaunaga
Mea:
E masani lava, ia le itiiti ifo ma le tolu vaega laiti (eg subspecies po'o galu) e fautuaina.E tatau ona i ai i lalo ifo o le 10 tagata ta'itasi ta'itasi (La'au ＞15, e mafai ona fa'aitiitia mo ituaiga e seasea).
Fuafuaga fa'asologa:
* E mafai ona fa'afaigaluegaina le WGS mo ituaiga o lo'o i ai le genome fa'asinomaga maualuga, a'o le SLAF-Seq e fa'aoga i meaola pe i ai pe leai fo'i se genome fa'asino, po'o le genome fa'asino e leaga lelei.
| Fa'atatau ile tele genome | WGS | SLAF-Tag (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / taʻitoʻatasi | WGS e sili atu ona fautuaina |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Bioinformatics su'esu'ega
● suʻesuʻega evolusione
● Salu filifilia
● tafega o kenera
● Talafaasolopito o tagata
● Taimi eseese
Fa'ata'ita'iga Mana'oga ma le Tu'uina atu
Fa'ata'ita'iga Mana'oga:
| Ituaiga | Tisu | WGS-NGS | SLAF |
| Manu
| Ti'au visceral |
0.5~1g
|
0.5g
|
| O maso maso | |||
| toto manumanu | 1.5ml
| 1.5ml
| |
| Toto moa/I'a | |||
| Totō
| Laulaau fou | 1~2g | 0.5~1g |
| Petala/A'au | |||
| A'a/Fua | |||
| sela | sela fa'aleaganu'u |
| gDNA | Fa'atotonuga | Aofaiga (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga mamanu
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
Fauga faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
*O fa'ai'uga fa'aalia o lo'o fa'aalia i'i e mai genomes na lomia fa'atasi ma le BMKGENE
1. Evolution su'esu'ega o lo'o iai le fausiaina o le phylogenetic tree, fa'atulagaga o tagata ma le PCA e fa'avae i luga o fesuiaiga o kenera.
O le laau o le Phylogenetic e fai ma sui o le taxonomic ma le evolusione sootaga i le va o ituaiga ma tuaa masani.
O le PCA e fa'amoemoe e va'ava'ai i le vavalalata i le va o tagata laiti.
O le fa'atulagaina o le faitau aofa'i o tagata e fa'aalia ai le i ai o le fa'avasegaina o tagata laiti e fa'atatau i alaleo alaleo.
Chen, ma.al.,PNAS, 2020
2. Salu filifilia
Filifilia salu e faasino i se faiga e filifilia ai se nofoaga lelei ma faatelevave o nofoaga le tutusa o lo'o feso'ota'i ma fa'aitiitia nofoaga e le feso'ota'i, ma fa'aitiitia ai le fa'aitulagi.
O le su'esu'eina o Genome-lautele i vaega salu filifilia e fa'atinoina e ala i le fa'atatauina o le faitau aofa'i o fa'asinomaga (π，Fst, Tajima's D) o SNP uma i totonu o le fa'amalama fa'ase'e (100 Kb) i se la'asaga patino (10 Kb).
Nucleotide diversity(π)
Tajima's D
Fa'ailoga fa'amau(Fst)
Wu, ma.al.,La'au mole, 2018
3. Fa'asolo o Kene
Wu, ma.al.,La'au mole, 2018
4. Talafa'asolopito o tagata
Zhang, ma.al.,Natura Ecology&Evolution, 2021
5. Divergence taimi
Zhang, ma.al.,Natura Ecology&Evolution, 2021
BMK mataupu
O se fa'afanua fesuiaiga o le genomic e maua ai fa'amatalaga i le fa'avae fa'avae o le Spring Chinese Cabbage(Brassica rapa ssp. Pekinensis) filifilia.
Lolomiina: La'au mole, 2018
Fuafuaga fa'asologa:
Fa'asologa: fa'asologa loloto: 10×
I'uga autu
I lenei suʻesuʻega, e 194 kapisi Saina na faʻatautaia mo le toe faʻasologa ma le loloto o le 10x, lea na maua ai le 1,208,499 SNPs ma le 416,070 InDels.O su'esu'ega o le phylogenetic i luga o nei laina 194 na fa'aalia ai e mafai ona vaevaeina nei laina i ni fa'alapotopotoga e tolu, tautotogo, taumafanafana ma le tautoulu.E le gata i lea, o le fausaga o le faitau aofa'i ma le su'esu'ega a le PCA na fa'ailoa mai ai o kapisi Saina tautotogo na afua mai i le kapisi o le tautoulu i Shandong, Saina.O nei mea na fa'afeiloa'i mulimuli ane i Korea ma Iapani, fa'asilasilaina ma laina fa'apitonu'u ma nisi o ituaiga o latou ituaiga tuai na toe fa'afo'i atu i Saina ma iu ai ina avea ma kapisi Spring Chinese.
O le su'esu'eina o Genome-lautele i le tautotogo o kapisi Saina ma kapisi autumn i luga o filifiliga na fa'aalia ai le 23 genomic loci na faia i le filifiliga malosi, e lua na fa'apipi'iina i le fa'amalo-taimi e pulea le itulagi e fa'atatau i le QTL-faafanua.O nei itulagi e lua na maua o loʻo i ai kenera autu e faʻatonutonu ai le fuga, BrVIN3.1 ma BrFLC1.O nei genes e lua na faʻamaonia atili e aʻafia i le taimi faʻapipiʻi e ala i suʻesuʻega transcriptome ma suʻega transgenic.
 Su'esu'ega o fausaga o tagata i kapisi Saina |  Fa'amatalaga fa'a-gene i le filifilia o kapisi Saina |
Tongbing, et al.“O le Genomic Variation Map e Maua ai Malamalamaga i le Genetic Base o Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp.pekinensis) Filifiliga.”La'au molekala,11(2018):1360-1376.
