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Genome-wide Association Analysis
Genome-wide association suʻesuʻega (GWAS) e faʻamoemoe e faʻamaonia fesuiaiga o kenera (genotype) e fesoʻotaʻi ma uiga faʻapitoa (phenotype).O su'esu'ega a le GWAS e su'esu'e ai fa'ailoga fa'ailoga e fa'asaga i le genome atoa o le aofa'i tele o tagata ta'ito'atasi ma va'ai fa'atasiga fa'a-genotype-phenotype e ala i su'esu'ega fa'afuainumera i le aofa'i o tagata.Ua fa'aaogaina lautele i su'esu'ega i fa'ama'i o tagata ma le ga'o ga'o galue i uiga lavelave o manu po'o la'au.
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Fa'asologa o le RNA nucleus e tasi
O le aga'i i luma i le pu'eina o sela e tasi ma faiga fau faletusi ta'ito'atasi e tu'ufa'atasia ma le fa'asologa maualuga e mafai ai ona su'esu'eina fa'amatalaga o kenera i luga ole sela ma le sela.E mafai ai se su'esu'ega loloto ma atoatoa i luga o le faitau aofa'i o sela lavelave, lea e 'alo'ese ai le fa'amamaluina o lo latou fete'ena'i e ala i le ave'ese o sela uma.
Ae ui i lea, o nisi sela e le talafeagai ona faia e avea ma suspension e tasi-cell, o lea o isi metotia faʻataʻitaʻiga sauniuni - e manaʻomia le faʻaogaina o le nucleus mai tissues, o lona uiga, o le nucleus e sau saʻo mai le masini poʻo le cell ma saunia i totonu o le tasi-nucleus suspension mo le tasi- fa'asologa o sela.
BMK e tuʻuina atu le 10 × Genomics Chromium TM faʻavae tasi-cell RNA sequencing auaunaga.O lenei 'au'aunaga ua fa'aaogaina lautele i su'esu'ega i su'esu'ega fa'ama'i, e pei o le fa'avasegaina o le tino puipuia, tumo heterogeneity, fa'atupuina o le tino, ma isi.
Ata fa'a-spatial transcriptome: 10× Genomics
Tulaga: Illumina NovaSeq Platform
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La'au/Manu Fa'asologa o Genome Atoa
O le toe fa'asologa atoa o le genome, lea e ta'ua o le WGS, e mafai ai ona fa'aalia uma suiga masani ma seasea i luga o le genome atoa e aofia ai le Nucleotide Polymorphism (SNP), Fa'aofiina o le Deletion (InDel), Structure variation (SV), ma Copy Number Variation (CNV). ).O SV e fausia ai se vaega tele o le fesuiaiga faavae nai lo SNPs ma e sili atu lona aafiaga i le genome, lea e iai sona aafiaga taua i meaola ola.O le toe faitauina umi-faitau e mafai ai ona iloa atili sa'o o vaega tetele ma fesuiaiga faigata aua o le faitau umi e faigofie ai ona sopoia le chromosomal i luga o vaega faigata e pei o le toe faia o le tandem, GC/AT-rich regions, ma le hyper-variable regions.
Fa'avae: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Fa'alapotopotoga fa'apitonu'u o sela e iai sona sao taua i le tele o faiga fa'aola, e pei o le infiltration immune, embryo development, ma isi. Spatial transcriptome sequencing, lea e faʻaalia ai faʻamatalaga faʻamatalaga faʻamatalaga aʻo taofi faʻamatalaga o le tulaga faʻaleaganuʻu, ua maua ai faʻamatalaga sili i le fausaga o le transcriptome-level.Faatasi ai ma le atinaʻeina o tekinolosi, o le ultra-clear tissue morphology ma le eseesega faʻavae moni o faʻamatalaga mole mole avanoa e manaʻomia ona suʻesuʻeina ma le maualuga maualuga.O le BMKGENE o lo'o tu'uina atu le au'aunaga fa'asologa fa'asologa o fa'asologa fa'amanino, tasi-taofi mai fa'ata'ita'iga i fa'amatalaga fa'aola.
Fa'atekonolosi fa'akomepiuta fa'ava-o-malo na fa'amalosia manatu fou i su'esu'ega 'ese'ese e ala i le fo'ia o fa'amatalaga fa'aaliga o ga'o fa'atasi ai ma mea fa'avanoa i fa'ata'ita'iga eseese.
Vaila'au fa'asalalau fa'apitoa: BMKMANU S1000
Tulaga: Illumina NovaSeq Platform
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression ose fa'atekonolosi fa'asologa fa'asologa fa'amanino mo le fa'avasegaina o mea e fa'atatau i le mRNA atoa.Fa'afanua le transcriptome atoa fa'atasi ai ma le fa'asologa o le morphological e maua ai fa'amatalaga fou i le atina'e masani, fa'ama'i fa'ama'i, ma su'esu'ega fa'aliliuga fa'afoma'i.O le BMKGENE o lo'o tu'uina atu le au'aunaga fa'asologa fa'asologa o fa'asologa fa'amanino, tasi-taofi mai fa'ata'ita'iga i fa'amatalaga fa'aola.
Fa'atekonolosi fa'akomepiuta fa'ava-o-malo na fa'amalosia ai manatu fou i su'esu'ega eseese e ala i le fo'ia o fa'amatalaga fa'amatalaga fa'atupu fa'atasi ma mea fa'avanoa i fa'ata'ita'iga eseese..
Pusa fa'a-spatial transcriptome: 10x Genomics Visium
Fa'avae:Illumina NovaSeq Platform
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MRNA Fa'asologa atoa-Nanopore
O le fa'asologa o le RNA o se meafaigaluega taua tele mo le auiliiliga o tusitusiga.E mautinoa lava, o le fa'asologa fa'asolosolo fa'amu'upu masani na ausia ai le tele o atina'e taua i inei.Ae ui i lea, e masani ona feagai ma tapulaʻa i faʻamatalaga isoform umi, faʻatusatusaga, faʻaituau PCR.
O le fa'asologa o Nanopore e 'ese'ese mai isi fa'asologa fa'asologa, ona o le nucleotides e faitau sa'o e aunoa ma le fa'asologa o DNA ma maua ai le faitau umi i le sefulu kilobases.O lenei mea e fa'amalosia ai le faitau sa'o o le fa'asalalauina o fa'amaumauga atoa ma fa'afetauia lu'itau i su'esu'ega tulaga fa'aisoform.
Fa'avae：Nanopore PromethION
Faletusi:cDNA-PCR
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MRNA fa'asologa atoa -PacBio
De novofa'asologa transcriptome atoa, e ta'ua fo'iDe novoO le Iso-Seq e faʻaaogaina le faʻasologa o le PacBio i le umi faitau, lea e mafai ai ona faʻasolosolo moleki cDNA atoa e aunoa ma se malologa.Ole mea lea e 'alofia atoatoa ai so'o se mea sese na fa'atupuina ile fa'asologa o fa'apotopotoga fa'asalalau ma fau ai seti unigene fa'atasi ai ma le fa'ai'uga ole tulaga ole isoform.O nei seti unigene e maua ai fa'amatalaga fa'atupu mamana e pei o le "reference genome" ile transcriptome-level.E le gata i lea, o le tuʻufaʻatasia ma faʻamatalaga faʻasologa o augatupulaga, o lenei 'auʻaunaga e faʻamalosia ai se faʻatusatusaga saʻo o le faʻaaliga o le isoform-level.
Fa'avae: PacBio Sequel IIFaletusi: faletusi logo SMRT -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA fa'asologa e mafai ai ona fa'ailoaina uma mRNA fa'aliliu mai sela i lalo o tulaga fa'apitoa.Ose fa'atekonolosi mamana mo le fa'aaliaina o fa'amatalaga fa'amatalaga o le kenera, fa'asologa o kenera ma faiga mole mole o nisi gaioiga fa'aola.E oʻo mai i le taimi nei, o le mRNA sequencing ua faʻaaogaina lautele i suʻesuʻega faʻavae, suʻesuʻega falemaʻi, atinaʻeina o vailaʻau, ma isi.
Tulaga: Illumina NovaSeq Platform
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E le fa'atatau ile mRNA Sequencing-Illumina
O le fa'asologa o le mRNA e fa'aaogaina le isi augatupulaga fa'asologa o metotia (NGS) e pu'e ai le avefe'au RNA(mRNA) fomu Eukaryote i se vaitaimi patino o lo'o fa'agaoioia ai nisi o galuega fa'apitoa.O le tusitusiga sili ona umi na fa'apipi'iina sa ta'ua o le 'Unigene' ma fa'aaogaina e fai ma fa'asologa fa'asologa mo su'esu'ega mulimuli ane, o se auala aoga lea e su'esu'e ai le masini mole mole ma feso'ota'iga fa'atulafonoina o le ituaiga e aunoa ma se fa'amatalaga.
Ina ua mae'a fa'aputuga fa'amaumauga fa'amaumauga ma fa'amatalaga galue unigene
(1) Su'esu'ega a le SSR, va'aiga CDS ma le fa'atulagaina o kenera o le a fa'atulaga muamua.
(2) Fa'atatauina o fa'amatalaga unigene i fa'ata'ita'iga ta'itasi o le a faia.
(3) Unigenes fa'aalia eseese i le va o fa'ata'ita'iga (po'o vaega) o le a maua e fa'atatau i fa'amatalaga unigene.
(4) Fa'avasegaina, fa'amatalaga fa'atino ma le fa'atamaoaigaina o su'esu'ega o unigenes fa'aalia eseese o le a faia.
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Fa'asologa umi e le fa'ailoga-Illumina
O RNA e le fa'amaonia umi (lncRNAs) o se ituaiga o RNA molelaula ma le umi e sili atu i le 200 nt, lea e fa'aalia i le maualalo tele o le coding gafatia.LncRNA, i le avea ai ma sui autu i RNAs e le faʻamaonia, e masani lava ona maua i totonu o le nucleus ma le plasma.O le atina'e i le fa'asologa o tekonolosi ma bioinformtics e mafai ai ona iloa le tele o lncRNAs fou ma fa'afeso'ota'i i latou o lo'o i ai galuega fa'aletino.O fa'amaumauga fa'aopoopo e fa'ailoa mai ai o le lncRNA o lo'o a'afia lautele i tulafono faatonutonu epigenetic, tulafono faatonutonu tusitusi ma tulafono faatonutonu pe a uma ona tusia.
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Laititi RNA fa'asologa-Illumina
Laiti RNA e faasino i se vasega o molelaula RNA e le o faʻamaonia e masani ona itiiti ifo i le 200nt le umi, e aofia ai le micro RNA (miRNA), RNA faʻalavelave laiti (siRNA), ma le piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) o se vasega o RNA laʻititi laʻititi ma le umi e tusa ma le 20-24nt, lea e taʻalo ai le tele o matafaioi faʻatonutonu taua i sela.O le miRNA o loʻo aʻafia i le tele o faʻagasologa o le olaga e faʻaalia ai aano - faʻapitoa ma tulaga - faʻamatalaga faʻapitoa ma sili ona faʻasaoina i ituaiga eseese.
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circRNA fa'asologa-Illumina
CircRNAs (Circular RNAs) o se tasi o vasega o molelaula RNA e le faʻamaonia e puupuu i le 5' pito pito ma le 3' pito poly(A) siʻusiʻu.O le CircRNA e faia le fausaga lapotopoto e ala i le covalent bond lea e fa'asaga i le RNA exonuclease digestion.circRNA e taua tele i le tuputupu aʻe ma le atinaʻeina o meaola ma lo latou tetee atu i le siosiomaga i fafo.
E tele galuega a le CircRNA, lea e mafai ona fa'atauva ai le miRNA, fa'atino le galuega fa'atonutonu a le ceRNA, e fa'atonutonu ai le fa'aaliga o kenera.I tausaga talu ai nei, ua maua ai foi e fesoʻotaʻi vavalalata ma le tupu ma le atinaʻeina o faʻamaʻi, ma e tele faʻamoemoega faʻaoga i le itu o faʻamaʻi faʻamaʻi faʻamaʻi ma isi.
