Секвениране на еукариотна иРНК - NGS
Характеристики
● Опционално приготвяне на насочена mRNA библиотека, позволяващо получаване на специфични за веригата данни за секвениране
● Различните BI анализи покриват всички нужди на нашите клиенти
Предимства
●Обширна експертизаОбработили сме над 600 000 проби, обхващащи различни видове проби, като клетъчни култури, тъкани и телесни течности. Ние влагаме богатия си опит във всеки проект.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите до подготовката на библиотеките, секвенирането и биоинформатиката. Нашият щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Изчерпателна анотацияИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално диференциално експресираните гени (DEG) и да извършваме съответните анализи за обогатяване. Този всеобхватен подход предоставя информация за клетъчните и молекулярните процеси, лежащи в основата на транскриптомния отговор, като гарантира, че ще получите цялата възможна информация за данните от вашия експеримент.
●Следпродажбена поддръжкаРазбираме колко е важно да присъствате, затова нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| Обогатен с поли А | Илумина PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Гб | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
Минимални изисквания за пробата:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност | |
| Стандартна библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN ≥ 4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
| Насочваща библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN ≥ 4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
| Растения | Животно | Членестоноги | Цяла кръв | Клетки |
| Корен, стъбло или венчелистче: 450 мг Листа или семена: 300 мг Плодове: 1,2 г | Сърце или черва: 300 мг Вътрешни органи или мозък: 240 мг Мускули: 450 мг Кости, коса или кожа: 1 г | Насекоми: 6 г Ракообразни: 300 мг | 1 туба | 106 клетки |
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. Епруветки за РНК таблици: РНК пробите могат да бъдат изсушени в епруветка за стабилизиране на РНК (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Изисквания за проба и доставка
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
За проби с наличен референтен геном, BI анализът е както следва:
ØКонтрол на качеството на суровите данни
ØПодравняване на референтния геном
ØАнализ на структурата на транскрипта
ØКоличествено определяне на експресията
ØДиференциален експресионен анализ
ØАнотация и обогатяване на функции
За проби без референтен геном е налична следната опция:
• Контрол на качеството на суровите данни
•Сглобяване с оптимизация на структурата
•Диференциален експресионен анализ
•Анотация и обогатяване на функции
Референтно подравняване на генома
Насищане с данни
Корелация на пробите и оценка на биологичните повторения
Диференциално експресирани гени (DEG)
Функционална анотация на DEG
Функционално обогатяване на DEG
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите на BMKGene за еукариотно NGS mRNA секвениране, чрез подбрана колекция от публикации.
Huang, L. et al. (2023) „Триклозанът и триклокарбанът отслабват обонятелния капацитет на златните рибки, като ограничават разпознаването на миризми, нарушават предаването на обонятелни сигнали и нарушават обработката на обонятелната информация“,Водни изследвания, 233, стр. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) „Aspergillus fumigatus отвлича човешки p11, за да пренасочи фагозоми, съдържащи гъбички, към неразградителен път“,Клетъчен гостоприемник и микроб, 31 (3), стр. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Джин, К. и др. (2022) „TCP транскрипционни фактори, участващи в развитието на издънките на бамбук Ма (Dendrocalamus latiflorus Munro)“,Граници в растениевъдството, 13, стр. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Уен, Х. и др. (2022) „Геномът на Chrysanthemum lavandulifolium и молекулярният механизъм, лежащ в основата на различните видове капитулуми“,Изследвания в градинарството, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) „Каскаден нанореактор за подобряване на сонодинамичната терапия при колоректален рак чрез синергично усилване на ROS и блокиране на автофагията“,Нано днес, 49, стр. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
