Ампликонно секвениране (16S/18S/ITS)

Секвенирането на ампликон (16S/18S/ITS) с Illumina е метод за анализ на микробното разнообразие чрез идентифициране на микробни профили според техните последователности и след това опит за дешифриране на богатството и разнообразието на общностите във всяка проба и между пробите. Конвейерът BMKCloud Amplicon (NGS) позволява анализ на 16S, 18S, ITS и множество функционални гени. Започва с подрязване на четения, сглобяване на сдвоени краища на четене и оценка на качеството, последвано от клъстериране на подобни четения, за да се генерират оперативни таксономични единици (OTU), използвани в шест различни секции за анализ. Таксономичната анотация предоставя информация за относителното изобилие и състав на всяка проба, докато анализите на алфа и бета разнообразието се фокусират съответно върху микробното разнообразие в и между пробите. Диференциалният анализ между групите открива OTU, които се различават, използвайки както параметрични, така и непараметрични тестове, докато корелационният анализ свързва тези разлики с факторите на околната среда. Накрая, изобилието на функционални гени се прогнозира въз основа на изобилието на маркерни гени, предоставяйки представа за функцията и екологията във всяка проба.