Топлинна карта
Инструментът Heatmap приема матричен файл с данни като вход и позволява на потребителите да филтрират, нормализират и клъстерират данни. Основният случай на употреба на топлинните карти е клъстерният анализ на нивото на генна експресия между различни проби.
Анотация на гени
Инструментът за генна анотация извършва генна анотация въз основа на подравняване на последователностите на входните FASTA файлове спрямо различни бази данни.
Инструмент за основно локално търсене на подравняване (BLAST)
Инструментът BLAST е интегрирана с BMKCloud версия на NCBI BLAST и може да се използва за изпълнение на същите функции, използвайки данни, качени в акаунта на BMKCloud.
Прогноза за CDS_UTR
Инструментът за прогнозиране на CDS_UTR е предназначен да предсказва кодиращи региони (CDS) и некодиращи региони (UTR) в дадени транскриптни последователности въз основа на резултати от BLAST спрямо известни протеинови бази данни и резултати от прогнозиране на ORF.
Манхатънски сюжет
Инструментът Manhattan Plot позволява показване на експерименти с голям брой проби и се използва често в изследвания на асоциации в целия геном (GWAS).
Диаграма на Circos
Инструментът CIRCOS Diagram предоставя ефикасна визуализация на разпределението на геномните характеристики в генома. Общите характеристики включват количествени локуси, SNP, InDels, структурни варианти и варианти по брой копия.
Обогатяване на генна онтология (GO)
Инструментът GO Enrichment предоставя анализ на функционалното обогатяване. Основният софтуер в този инструмент е пакетът TopGO-Bioconductor, който включва диференциален експресионен анализ, анализ на обогатяването с GO и визуализация на резултатите.
Анализ на мрежата за коекспресия на претеглени гени (WGCNA)
WGCNA е широко използван метод за извличане на данни за откриване на модули за генна коекспресия. Той е приложим към различни набори от данни за експресия, включително данни за генна експресия от микрочипове и NGS.
ИнтерПроСкан
Инструментът InterProScan предоставя анализ и класификация на протеиновите последователности на InterPro.
GO KEGG обогатяване
Инструментът за обогатяване GO KEGG е проектиран да генерира хистограма за обогатяване GO, хистограма за обогатяване KEGG и път за обогатяване KEGG въз основа на предоставен набор от гени и съответна анотация.