Топлина карта
Файлът с матрични данни се използва за чертане на топлинна карта, която може да филтрира, нормализира и групира матрични данни.Използва се най-вече за клъстерен анализ на нивото на генна експресия между различни проби.
Генна анотация
Анотацията на генната функция се извършва чрез картографиране на последователности във FASTA файл спрямо различни бази данни.
Генна анотация
Основен инструмент за търсене на локално подравняване
CDS_UTR_Prediction
Този инструмент е предназначен за предсказване на кодиращи региони (CDS) и некодиращи региони (UTR) в дадени транскриптни последователности въз основа на взривяване срещу известна протеинова база данни и ORF прогнозиране.
Парцел в Манхатън
Manhattan plot позволява показване на данни с голям брой точки от данни.Обикновено се използва в проучвания за асоцииране на целия геном (GWAS).
Circos
Диаграмата на CIRCOS позволява директно представяне на SNP, InDeL, SV, CNV разпределения в генома.
GO_Обогатяване
TopGO е инструмент, предназначен за функционално обогатяване.Пакетът TopGO-Bioconductor включва анализ на диференциална експресия, анализ на обогатяване на GO и визуализация на резултатите.Той ще генерира папка с изход с име "Graph", която съдържа резултати за topGO_BP, topGO_CC и topGO_MF.
WGCNA
WGCNA е широко използван метод за извличане на данни за откриване на модули за ко-експресия на гени.Приложим е към различни набори от данни за експресия, включително данни от микрочипове и данни за генна експресия, произхождащи от следващо поколение секвениране.
InterProScan
Анализ и класификация на протеинови последователности InterPro
GO_KEGG_Обогатяване
Този инструмент е проектиран да генерира хистограма за обогатяване на GO, хистограма за обогатяване на KEGG и път на обогатяване на KEGG въз основа на предоставен набор от гени и съответна анотация.