-
BMKMANU S3000_Пространствен транскриптом
Пространствената транскриптомика е техника, която ни позволява да уловим и визуализираме генната експресия в тъканите. Това може да е от решаващо значение за разбирането как клетките взаимодействат.
Съществуват различни платформи за този подход. По този въпрос BMKGene разработи BMKManu 3000 Spatial transkriptome Chip, платформа, която повишава производителността на техниката, достигайки субклетъчна резолюция и позволявайки многостепенна настройка на резолюцията.
Този чип обхваща 4,2 милиона точки, използвайки патентована технология от микроямки, наслоени с перли, заредени с пространствено баркодирани сонди. С този метод, след улавяне и амплификация, получаваме кДНК библиотека, обогатена с баркодирани проби, която е съвместима с Illumina.
В данните, комбинацията от пространствен баркод и UMI идентификатори гарантира точността и специфичността на генерираните данни. Съчетавайки всичко по-горе, BMKManu предоставя изключително гъвкава настройка на данните.
-
Секвениране на едноядрена РНК
Разработването на техники за улавяне на единични клетки и изграждане на персонализирани библиотеки, съчетани с високопроизводително секвениране, революционизира изследванията на генната експресия на клетъчно ниво. Този пробив позволява по-задълбочен и по-цялостен анализ на сложни клетъчни популации, преодолявайки ограниченията, свързани с осредняването на генната експресия върху всички клетки и запазвайки истинската хетерогенност в рамките на тези популации. Макар че РНК секвенирането на единични клетки (scRNA-seq) има неоспорими предимства, то среща предизвикателства в определени тъкани, където създаването на суспензия от единични клетки се оказва трудно и изисква пресни проби. В BMKGene ние се справяме с това препятствие, като предлагаме РНК секвениране на единични ядра (snRNA-seq), използвайки най-съвременната технология 10X Genomics Chromium. Този подход разширява спектъра от проби, подходящи за транскриптомен анализ на ниво единични клетки.
Изолирането на ядрата се осъществява чрез иновативния 10X Genomics Chromium чип, включващ осемканална микрофлуидна система с двойни кръстосвания. В тази система, гел перли, включващи баркодове, праймери, ензими и едно ядро, са капсулирани в маслени капки с размер на нанолитър, образувайки гел перли в емулсия (GEM). След образуването на GEM, във всеки GEM се извършва клетъчен лизис и освобождаване на баркод. Впоследствие, молекулите на mRNA претърпяват обратна транскрипция в кДНК, включвайки 10X баркодове и уникални молекулни идентификатори (UMI). Тези кДНК след това се подлагат на конструиране на стандартна библиотека за секвениране, което улеснява стабилното и цялостно изследване на профилите на генна експресия на ниво единична клетка.
Платформа: 10× Genomics Chromium и Illumina NovaSeq платформа
