-
Метагеномно секвениране -NGS
Метагеномът е съвкупност от общия генетичен материал на смесена общност от организми, като екологични и човешки метагеноми. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми. Метагеномното секвениране на пушка с NGS дава възможност за изучаване на тези сложни геномни пейзажи, вградени в проби от околната среда, като предоставя повече от таксономично профилиране, давайки също подробна представа за видовото разнообразие, динамиката на изобилието и сложните популационни структури. Отвъд таксономичните изследвания, метагеномиката на пушка предлага и функционална геномна перспектива, позволяваща изследването на кодирани гени и техните предполагаеми роли в екологичните процеси. И накрая, създаването на корелационни мрежи между генетични елементи и фактори на околната среда допринася за холистично разбиране на сложното взаимодействие между микробните общности и техния екологичен произход. В заключение, метагеномното секвениране е основен инструмент за разкриване на геномните тънкости на различни микробни общности, осветявайки многостранните връзки между генетиката и екологията в тези сложни екосистеми.
Платформи: Illumina NovaSeq и DNBSEQ-T7
-
Метагеномно секвениране-TGS
Метагеномът е съвкупност от генетичен материал на смесена общност от организми, като екологични и човешки метагеноми. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми. Метагеномното секвениране дава възможност за изследване на тези сложни геномни пейзажи, вградени в екологични проби, като предоставя повече от таксономично профилиране. Той също така предлага функционална геномна перспектива чрез изследване на кодираните гени и техните предполагаеми роли в процесите на околната среда. Докато традиционните подходи на пушка със секвениране на Illumina са били широко използвани в метагеномни изследвания, появата на Nanopore и PacBio секвениране с дълго четене промени полето. Технологиите Nanopore и PacBio подобряват биоинформационните анализи надолу по веригата, по-специално сглобяването на метагеноми, осигурявайки по-непрекъснати сглобки. Докладите показват, че метагеномиката, базирана на Nanopore и PacBio, успешно е генерирала пълни и затворени бактериални геноми от сложни микробиоми (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Интегрирането на четенията на Nanopore с четенията на Illumina осигурява стратегически подход за коригиране на грешки, смекчавайки присъщата ниска точност на Nanopore. Тази синергична комбинация използва силните страни на всяка платформа за секвениране, предлагайки стабилно решение за преодоляване на потенциални ограничения и подобряване на прецизността и надеждността на метагеномните анализи.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia и PacBio Revio
-
16S/18S/ITS ампликонно секвениране-PacBio
Гените 16S и 18S rRNA, заедно с региона на Internal Transcribed Spacer (ITS), служат като основни молекулярни маркери за пръстови отпечатъци поради тяхната комбинация от силно запазени и хипер-променливи региони, което ги прави безценни инструменти за характеризиране на прокариотни и еукариотни организми. Амплификацията и секвенирането на тези региони предлагат подход без изолация за изследване на микробния състав и разнообразието в различни екосистеми. Докато секвенирането на Illumina обикновено е насочено към къси хиперпроменливи региони като V3-V4 на 16S и ITS1, беше доказано, че превъзходна таксономична анотация е постижима чрез секвениране на пълната дължина на 16S, 18S и ITS. Този всеобхватен подход води до по-високи проценти на точно класифицирани последователности, постигайки ниво на разделителна способност, което се простира до идентифицирането на видовете. Платформата за секвениране на една молекула в реално време (SMRT) на PacBio се откроява, като предоставя високоточни дълги четения (HiFi), които покриват ампликоните с пълна дължина, съперничейки с прецизността на секвенирането на Illumina. Тази възможност позволява на изследователите да постигнат несравнимо предимство - панорамен изглед на генетичния пейзаж. Разширеното покритие значително повишава разделителната способност в анотацията на видовете, особено в рамките на бактериални или гъбични общности, позволявайки по-задълбочено разбиране на тънкостите на микробните популации.
-
16S/18S/ITS ампликонно секвениране-NGS
Секвенирането на ампликони с технологията Illumina, специално насочено към генетичните маркери 16S, 18S и ITS, е мощен метод за разкриване на филогенезата, таксономията и изобилието на видове в микробните общности. Този подход включва секвениране на хиперпроменливите региони на домакинските генетични маркери. Първоначално въведен като молекулярен пръстов отпечатък отWoeses и дрпрез 1977 г. тази техника направи революция в профилирането на микробиома, като позволи анализи без изолация. Чрез секвенирането на 16S (бактерии), 18S (гъбички) и вътрешен транскрибиран спейсър (ITS, гъбички), изследователите могат да идентифицират не само разпространени видове, но и редки и неидентифицирани. Широко прието като основен инструмент, секвенирането на ампликони се превърна в инструмент за разпознаване на различни микробни състави в различни среди, включително човешката уста, черва, изпражнения и други.
-
Повторно секвениране на целия геном на бактерии и гъбички
Проектите за повторно секвениране на целия геном на бактерии и гъбички са ключови за напредъка на микробната геномика, като позволяват завършването и сравнението на микробните геноми. Това улеснява инженерството на ферментацията, оптимизирането на индустриалните процеси и изследването на вторичните метаболитни пътища. Освен това повторното секвениране на гъбичките и бактериите е от решаващо значение за разбирането на адаптацията към околната среда, оптимизирането на щамовете и разкриването на динамиката на генетичната еволюция, с широки последици в медицината, селското стопанство и науката за околната среда.
-
Секвениране на прокариотна РНК
Секвенирането на РНК дава възможност за цялостно профилиране на всички РНК транскрипти в клетките при специфични условия. Тази авангардна технология служи като мощен инструмент, разкриващ сложни профили на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми, свързани с различни биологични процеси. Широко прието във фундаменталните изследвания, клиничната диагностика и разработването на лекарства, секвенирането на РНК предлага вникване в тънкостите на клетъчната динамика и генетичната регулация. Нашата обработка на проби от прокариотна РНК е пригодена за прокариотни транскриптоми, включваща изчерпване на рРНК и подготовка на насочена библиотека.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвениране на метатранскриптоми
Използвайки технологията за секвениране на Illumina, услугата за секвениране на метатранскриптоми на BMKGENE разкрива динамичната генна експресия на разнообразен набор от микроби, обхващащи еукариоти до прокариоти и вируси, в естествена среда като почва, вода, море, изпражнения и черва. Нашата всеобхватна услуга дава възможност на изследователите да се впуснат в пълните профили на генна експресия на сложни микробни общности. Отвъд таксономичния анализ, нашата услуга за секвениране на метатранскриптоми улеснява изследването на функционалното обогатяване, хвърляйки светлина върху диференциално експресираните гени и техните роли. Разкрийте изобилие от биологични прозрения, докато навигирате в сложните пейзажи на генна експресия, таксономично разнообразие и функционална динамика в рамките на тези разнообразни екологични ниши.
-
De novo сглобяване на гъбичен геном
BMKGENE предлага многостранни решения за гъбични геноми, обслужващи разнообразни изследователски нужди и желана пълнота на генома. Използването само на секвениране на Illumina за кратко четене позволява генерирането на проект на геном. Кратко четене и дълго четене на последователност с помощта на Nanopore или Pacbio се комбинират за по-рафиниран гъбичен геном с по-дълги контиги. Освен това, интегрирането на Hi-C секвениране допълнително подобрява възможностите, позволявайки постигането на пълен геном на ниво хромозома.
-
De novo сглобяване на бактериален геном
Ние предоставяме цялостна услуга за сглобяване на бактериален геном, гарантираща 0 празнини. Това е възможно чрез интегриране на технологии за последователност на дълго четене, като Nanopore и PacBio за сглобяване и секвениране на късо четене с Illumina за валидиране на сглобяване и коригиране на грешки при четене на ONT. Нашата услуга предоставя пълния биоинформационен работен процес от сглобяване, функционална анотация и усъвършенстван биоинформационен анализ, изпълнявайки конкретни изследователски цели. Тази услуга позволява разработването на прецизни референтни геноми за различни генетични и геномни изследвания. Освен това, той формира основата за приложения като оптимизиране на щамове, генно инженерство и развитие на микробни технологии, осигурявайки надеждни геномни данни без пропуски, които са от решаващо значение за напредъка на научните прозрения и биотехнологичните иновации.
