Секвениране на малки РНК - Illumina
Характеристики
● Подготовка на библиотека за избор на размер.
● Биоинформатичен анализ, съсредоточен върху предсказване на miRNA и мишени.
Предимства на услугата
●Обширна експертизаОбработили сме над 300 проби, обхващащи различни видове проби. Влагаме богатия си опит във всеки проект.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите до подготовката на библиотеките, секвенирането и биоинформатиката. Нашият щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Цялостен биоинформатичен анализ:Това позволява идентифицирането както на известни, така и на нови miRNA, идентифициране на miRNA мишени и съответната функционална анотация и обогатяване с множество бази данни (KEGG, GO).
●Следпродажбена поддръжкаРазбираме колко е важно да присъствате, затова нашият ангажимент се простира и отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Контрол на качеството на данните |
| Избран размер | Илумина SE50 | 10-20 милиона четения | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 мг
Листа или семена: 300 мг
Плодове: 1,2 г
● Животно:
Сърце или черва: 450 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 мг
Мускули: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 г
● Членестоноги:
Насекоми: 9 г
Ракообразни: 450 мг
● Пълна кръв2 тръби
● Клетки: 106 клетки
● Серум и плазма:6 мл
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
● Контрол на качеството на суровите данни
● Класификация на малки РНК
● Анализ на експресията на miRNA и диференциалната експресия
● Анотация на miRNA таргетния ген и диференциално експресирания miRNA таргетния ген
● Анотация на целевия ген и обогатяване на диференциално експресираната функция на miRNA гена
Идентифициране на miRNA: структура и дълбочина
Диференциална експресия на miRNA – йерархично клъстериране
Функционална анотация на мишена на диференциално експресирани miRNA
Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите за sRNA секвениране на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Чен, Х. и др. (2023) „Вирусните инфекции инхибират биосинтеза на сапонини и фотосинтезата при Panax notoginseng“,Физиология и биохимия на растенията, 203, стр. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) „Растителният протеин FREE1, съдържащ FYVE домейн, се свързва с микропроцесорни компоненти, за да потисне биогенезата на miRNA“,Доклади на EMBO, 24 (1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) „МикроРНК Ame-Bantam-3p контролира развитието на ларвните какавиди чрез насочване към гена megf8, подобен на множество епидермални растежни фактори, при медоносната пчела, Apis mellifera“,Международно списание за молекулярни науки, 24(6), стр. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) „Интегриран анализ на миРНК и гени, свързани с качеството на месото, разкрива, че Gga-MiR-140-5p влияе върху мускулното отлагане на мазнини при пилетата“,Клетъчна физиология и биохимия, 46 (6), стр. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
