mRNA-seq (NGS) с референтен геном
RNA-seq е стандартен инструмент в науките за живота и културите, който преодолява разликата между геномите и протеомите. Силата му се състои в откриването на нови транскрипти и количественото определяне на тяхната експресия в един анализ. Той се използва широко за сравнителни транскриптомни изследвания, хвърляйки светлина върху гени, свързани с различни черти или фенотипове, като сравняване на мутанти с диви типове или разкриване на генна експресия при специфични условия. Приложението BMKCloud mRNA(Reference) интегрира количествено определяне на експресията, диференциален анализ на експресията (DEG) и анализ на структурата на последователностите в биоинформатичния конвейер mRNA-seq (NGS) и обединява силните страни на подобен софтуер, осигурявайки удобство и лекота на използване. Потребителите могат да качват своите RNA-seq данни в облака, където приложението предлага цялостно решение за биоинформатичен анализ на едно гише. Освен това, то дава приоритет на клиентското изживяване, предлагайки персонализирани операции, съобразени със специфичните нужди на потребителите. Потребителите могат сами да задават параметри и да изпращат мисията за конвейера, да проверяват интерактивния отчет, да преглеждат данни/диаграми и да извършват извличане на данни, като например: избор на целеви ген, функционално клъстериране, диаграмиране и др.
Платформа:Илумина, МГИ
Стратегия:РНК-секвениране
Оформление: Сравнени, чисти данни.
Тип библиотека:fr-неусукана, fr-първа нишка или fr-втора нишка
Дължина на четене:150 базисни пункта
Тип на файла:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz или *.fq.gz. Системата щеавтоматично сдвояване на .fastq файловете според имената им,напр. *_1.fastq, сдвоено с *._2.fastq.
Брой проби:Няма ограничения за брояна пробите, но времето за анализ ще се увеличи с броя напробите растат.
Препоръчително количество данни:6G на проба