Използвайки данни за секвениране на изоформи на Pacific Biosciences (PacBio) като входни данни, това приложение е в състояние да идентифицира транскриптни последователности с пълна дължина (без сглобяване). Чрез картографиране на последователности с пълна дължина спрямо референтния геном, транскриптите могат да бъдат оптимизирани чрез известни гени, транскрипти, кодиращи региони и др. В този случай може да се постигне по-точно идентифициране на структури на мРНК, като например алтернативен сплайсинг и др. Съвместният анализ с данни за секвениране на транскриптоми от NGS позволява по-цялостна анотация и по-точно количествено определяне на експресията на транскриптно ниво, което до голяма степен е от полза за диференциалната експресия надолу по веригата и функционалния анализ.