Метагеномика (NGS)

Метагеномиката с „shotgun“ с Illumina е популярен инструмент за изучаване на микробиоми чрез директно секвениране на ДНК от сложни проби, което позволява изучаването както на таксономично, така и на функционално разнообразие. Метагеномният (NGS) конвейер на BMKCloud започва с контрол на качеството и сглобяване на метагеноми, от които гените се предсказват и групират в нередундантни набори от данни, които са анотирани за функция и таксономия, използвайки множество бази данни. Тази информация се използва за анализ на таксономичното разнообразие в рамките на извадката (алфа разнообразие) и разнообразието между извадките (бета разнообразие). Диференциалният анализ между групите открива OTU и биологични функции, които се различават между двете групи, използвайки както параметрични, така и непараметрични тестове, докато корелационният анализ свързва тези разлики с фактори на околната среда.