-
Геномен асоциативен анализ
Изследването на асоциациите в целия геном (GWAS) има за цел да идентифицира генетични варианти (генотип), които са свързани със специфични черти (фенотип).Проучването на GWAS изследва генетичните маркери, преминаващи през целия геном на голям брой индивиди и прогнозира асоциациите генотип-фенотип чрез статистически анализ на популационно ниво.Той се прилага широко в изследвания на човешки заболявания и функционално генно извличане на сложни черти на животни или растения.
-
Секвениране на едноядрена РНК
Напредъкът в улавянето на единична клетка и техниката за конструиране на индивидуална библиотека, комбинирана с високопроизводително секвениране, позволява изследвания на генната експресия на база клетка по клетка.Той дава възможност за по-задълбочен и пълен системен анализ на сложни клетъчни популации, при който до голяма степен избягва маскирането на тяхната хетерогенност чрез вземане на средна стойност за всички клетки.
Въпреки това, някои клетки не са подходящи за приготвяне на едноклетъчна суспензия, така че са необходими други методи за приготвяне на проби – извличане на ядра от тъкани, т.е. ядрото се извлича директно от тъканите или клетката и се приготвя в едноядрена суспензия за единични клетъчно секвениране.
BMK предоставя 10× Genomics ChromiumTM базирана услуга за секвениране на РНК на една клетка.Тази услуга е широко използвана в проучвания на изследвания, свързани със заболявания, като диференциация на имунни клетки, туморна хетерогенност, развитие на тъкани и др.
Пространствен транскриптомен чип: 10 × Genomics
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Секвениране на целия геном на растение/животно
Повторното секвениране на целия геном, известно още като WGS, дава възможност за разкриване както на често срещани, така и на редки мутации в целия геном, включително единичен нуклеотиден полиморфизъм (SNP), инсерционна делеция (InDel), вариация на структурата (SV) и вариация на броя на копията (CNV). ).SV съставляват по-голяма част от вариационната база от SNP и имат по-голямо въздействие върху генома, което има значителен ефект върху живите организми.Ресеквенирането на дълго четене позволява по-прецизна идентификация на големи фрагменти и сложни вариации, тъй като дългите четения улесняват много хромозомното пресичане на сложни региони, като тандемни повторения, GC/AT-богати региони и хипер-променливи региони.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 пространствен транскриптом
Пространствената организация на клетките играе жизненоважна роля в различни биологични процеси, като имунна инфилтрация, развитие на ембриони и т.н. Пространственото секвениране на транскриптоми, което показва профилиране на генната експресия, като същевременно запазва информация за пространствената позиция, предоставя страхотни прозрения в тъканната архитектура на ниво транскриптоми.С развитието на технологията ултра-ясната тъканна морфология и реалната структурна разлика на пространствената молекулна експресия трябва да бъдат изследвани с по-висока разделителна способност.BMKGENE предоставя цялостна услуга за пространствено секвениране на транскриптоми на едно гише от проби до биологични прозрения.
Технологиите за пространствена транскриптомия дадоха възможност за нови перспективи в разнообразна изследователска сфера чрез разрешаване на профила на генна експресия с пространствено съдържание в хетерогенни проби.
Чип за пространствен транскриптом: BMKMANU S1000
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
10x пространствен транскриптом на Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression е основна технология за секвениране на пространствени транскриптоми за класифициране на тъкан въз основа на обща иРНК.Картирайте целия транскриптом с морфологичен контекст, за да откриете нови прозрения за нормалното развитие, болестната патология и клиничните транслационни изследвания.BMKGENE предоставя цялостна услуга за пространствено секвениране на транскриптоми на едно гише от проби до биологични прозрения.
Технологиите за пространствена транскриптомия дадоха възможност за нови перспективи в разнообразна изследователска арена чрез разрешаване на профила на генна експресия с пространствено съдържание в хетерогенни проби.
Чип за пространствен транскриптом: 10x Genomics Visium
платформа:Illumina NovaSeq 6000
-
Пълна дължина на иРНК секвениране-нанопора
Секвенирането на РНК е безценен инструмент за цялостен анализ на транскриптоми.Несъмнено традиционната последователност за кратко четене постигна много важно развитие тук.Независимо от това, той често среща ограничения в идентификациите на изоформите в пълна дължина, количественото определяне, отклонението на PCR.
Секвенирането на нанопори се отличава от другите платформи за секвениране по това, че нуклеотидите се четат директно без ДНК синтез и генерира дълго четене при десетки килобази.Това дава възможност за директно отчитане, пресичане на преписи с пълна дължина и справяне с предизвикателствата в изследванията на ниво изоформа.
Платформа:Нанопора PromethION
Библиотека:cDNA-PCR
-
Секвениране на иРНК в пълна дължина -PacBio
De novoсеквениране на транскриптоми в пълна дължина, известно още катоDe novoIso-Seq използва предимствата на секвенсера PacBio по отношение на дължината на четене, което позволява секвениране на cDNA молекули с пълна дължина без никакви прекъсвания.Това напълно избягва всякакви грешки, генерирани в стъпките за сглобяване на транскрипт, и конструира unigene набори с резолюция на ниво изоформа.Този unigene комплект предоставя мощна генетична информация като „референтен геном“ на ниво транскриптом.В допълнение, комбинирайки се с данни за секвениране от следващо поколение, тази услуга дава възможност за точно количествено определяне на експресията на ниво изоформа.
Платформа: PacBio Sequel IIБиблиотека: Библиотека за звънци на SMRT -
Еукариотно иРНК секвениране-Illumina
Секвенирането на иРНК позволява профилиране на всички иРНК, транскриптирани от клетки при специфични условия.Това е мощна технология за разкриване на профил на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми на определени биологични процеси.Към днешна дата секвенирането на иРНК се използва широко във фундаментални изследвания, клинична диагностика, разработване на лекарства и др.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Нереферентно базирано mRNA секвениране-Illumina
Секвенирането на иРНК използва техника за секвениране от следващо поколение (NGS) за улавяне на информационната РНК (mRNA) от еукариот в определен период, когато някои специални функции се активират.Най-дългият сплайсиран транскрипт се нарича „Unigene“ и се използва като референтна последователност за последващ анализ, което е ефективно средство за изследване на молекулярния механизъм и регулаторната мрежа на вида без референция.
След сглобяване на транскриптомни данни и функционална анотация на unigene
(1) Ще бъдат извършени анализ на SSR, прогнозиране на CDS и генна структура.
(2) Ще бъде извършено количествено определяне на унигенната експресия във всяка проба.
(3) Диференциално експресирани унигени между проби (или групи) ще бъдат открити на базата на унигенна експресия
(4) Ще се извърши групиране, функционална анотация и анализ на обогатяване на диференциално експресирани унигени
-
Дълго некодиращо секвениране-Illumina
Дългите некодиращи РНК (lncRNAs) са вид РНК молекули с дължина над 200 nt, които се характеризират с изключително нисък кодиращ потенциал.LncRNA, като ключов член в некодиращите РНК, се намира главно в ядрото и плазмата.Развитието на технологията за секвениране и биоинформатиката позволява идентифицирането на многобройни нови lncRNAs и свързването на тези с биологични функции.Натрупаните доказателства предполагат, че lncRNA участва широко в епигенетичната регулация, регулацията на транскрипцията и регулацията след транскрипция.
