Платформа | Размер на библиотеката | Теоретични данни добив (на клетка) | Точност на едно база | Приложения |
Нанопор | 8kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90GB/клетка | 85-92% | SV извикване, de novo, секвениране в пълна дължина, ISO-сек, генно анотация, откриване на метилиране на ДНК |
● Над 5 -годишен опит в платформата за секвениране на PacBio с хиляди затворени проекти с различни видове.
● BMKGene е официален партньор на Oxford Nanopore, с двойна платформа РНК/ДНК сертифициране.
● Съществуват основни модели на секвенсори с пълно оборудване и достатъчна пропускателна способност.
● Въз основа на платформата Nanopore, повече от 10 изследвания за животни и растения Denovo са публикувани в международно известни списания.
Тип проба | Сума | Концентрация (Qubit ®) | Обем | Чистота | Други |
Геномна ДНК | Зависи от изискването за данни | ≥20ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230≥1.5 ; Ясен връх при 260 nm , Без замърсявания | Концентрацията трябва да бъде измерена чрез Кубит и Кубит/Нанопор ≤ 2 |
Обща РНК | ≥1.2μg | ≥100 μg/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Без замърсяване | Стойност на RIN ≥7.5 |
Оценка на качеството на данните на ДНК пробата
Таблица 1. Статистика за чисти данни.
BMKID | rawseqnum | Rawsumbase | cleanseqnum | CleanSumbase | CleanN50Len | Cleann90Len | CleanMeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15 764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Оценка на качеството на данните на пробата на РНК
Таблица 1. Статистика за чисти данни.
Име на файл | ClientId | Readnum | Basenum | N50 | Средна дължина | Maxlength | MeanQScore |
RNA_BMK001 | C2 | 8 947 708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Фигура 1. Разпределение на дължината на четене
Фигура 2. Качествено разпределение на оценките на чисти данни
Фигура 3. Дължина и качествено разпределение на оценките на чисти данни