Секвениране на метатранскриптоми
Характеристики на услугата
● Изчерпване на рРНК, последвано от подготовка на насочена иРНК библиотека.
● Секвениране на Illumina NovaSeq.
Предимства на услугата
●Проучете промените на сложните микробни общности:Това се случва на ниво транскрипция и изследване на потенциални нови гени.
●Обясняване на взаимодействията на микробната общност с гостоприемника или околната среда.
●Цялостен биоинформационен анализ: Това предоставя представа за таксономичния и функционален състав на общността, както и диференциален анализ на генната експресия.
●Обширна генна анотация:Използване на актуални бази данни за генни функции за информативна информация за генна експресия на микробни общности.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Сервизни спецификации
| Платформа за секвениране | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството на данните |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12Gb | Q30≥85% |
Примерни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Обем (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на данните за секвениране
● Събрание на препис
● Таксономична анотация и изобилие
● Функционална анотация и изобилие
● Количествено определяне на израза и диференциален анализ
Таксономично разпределение на всяка проба:
Бета анализ на разнообразието: UPGMA
Функционална анотация – GO изобилие
Изобилие на диференциална таксономия – LEFSE
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мета транскриптомика на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Lu, Z. et al. (2023) „Киселинната толерантност на лактат-използващите бактерии от разреда Bacteroidales допринася за предотвратяване на руменна ацидоза при кози, адаптирани към диета с висок концентрат“,Хранене на животните, 14, стр. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) „Разкриване на основната функционална микробиота в традиционната ферментация в твърдо състояние чрез високопроизводителни ампликони и метатранскриптомично секвениране“,Граници в микробиологията, 8 (юли). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/ПЪЛЕН.
Wang, W. et al. (2022) „Нови миковируси, открити от метатранскриптомично проучване на фитопатогенната гъба Alternaria“,Вируси, 14(11), стр. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) „Анализът на паралелен метатранскриптом разкрива разграждане на растителни вторични метаболити от бръмбари и техните чревни симбионти“,Молекулярна Екология, 31(15), стр. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
