CircRNA секвениране - Illumina
Характеристики
● Изчерпване на рРНК, последвано от насочена подготовка на библиотека, което позволява получаване на данни за специфично за веригата секвениране.
● Биоинформатичният работен процес позволява прогнозиране на circRNA и количествено определяне на експресията.
Предимства на услугата
●Обширна експертизаОбработили сме над 20 000 проби, обхващащи различни видове проби, и във всеки проект влагаме богатия си опит.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите до подготовката на библиотеките, секвенирането и биоинформатиката. Нашият щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●По-изчерпателни РНК библиотеки:В нашата предварителна подготовка за библиотеката използваме изчерпване на рРНК вместо линейно изчерпване на РНК, като гарантираме, че данните за секвениране включват не само circRNA, но и mRNA и lncRNA, което позволява съвместен анализ на тези набори от данни.
●Допълнителен анализ на конкурентни ендогенни РНК (цеРНК) мрежиОсигуряване на по-задълбочени познания за клетъчните регулаторни механизми.
● Следпродажбено обслужванеРазбираме колко е важно да присъствате, затова нашият ангажимент се простира и отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Контрол на качеството на данните |
| rRNA изчерпана насочена библиотека | Илумина PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 мг
Листа или семена: 300 мг
Плодове: 1,2 г
● Животно:
Сърце или черва: 450 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 мг
Мускули: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 г
● Членестоноги:
Насекоми: 9 г
Ракообразни: 450 мг
● Пълна кръв:2 тръби
● Клетки: 106 клетки
● Серум и плазма6 мл
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
- Контрол на качеството на данните
- Подравняване на генома
- Идентификация на CircRNA
- Експресия на CircRNA
- Диференциален експресионен анализ
прогнозиране на circRNA: хромозомно разпределение
Диференциално експресирани circRNAs – Вулканична диаграма
Диференциално експресирани circRNA – йерархично клъстериране
Функционално обогатяване на гените-гостоприемници на circRNA
Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите за секвениране на circRNA на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Wang, X. et al. (2021) „CPSF4 регулира образуването на circRNA и генното заглушаване, медиирано от микроРНК, при хепатоцелуларен карцином“,Онкоген2021 40:25, 40(25), стр. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) „X oo-чувствителният транскриптом разкрива ролята на кръговата RNA133 в резистентността към болести чрез регулиране на експресията на OsARAB в ориза“,Фитопатологични изследвания, 5(1), стр. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ФИГУРИ/6.
Y, H. et al. (2023) „CPSF3 модулира баланса на кръговите и линейните транскрипти при хепатоцелуларен карцином“. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) „Цялостна оценка на circRNA при циротична кардиомиопатия преди и след чернодробна трансплантация“,Международна имунофармакология, 114, стр. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
