circRNA секвениране-Illumina
Характеристика
● Изчерпване на рРНК, последвано от подготовка на насочена библиотека, което позволява секвениране на данни, които са специфични за веригата.
● Биоинформационният работен процес позволява прогнозиране на circRNA и количествено определяне на експресията
Предимства на услугата
●По-изчерпателни РНК библиотеки:ние използваме изчерпване на rRNA вместо линейно изчерпване на RNA в нашата подготовка преди библиотеката, като гарантираме, че данните за секвениране включват не само circRNA, но също така mRNA и lncRNA, позволявайки съвместен анализ на тези набори от данни
●Незадължителен анализ на конкурентни ендогенни РНК (ceRNA) мрежи: осигуряване на по-задълбочена представа за клетъчните регулаторни механизми
●Обширен експертен опит: с опит в обработката на над 20 000 проби в BMK, обхващащи различни типове проби и lncRNA проекти, нашият екип внася богат опит във всеки проект.
●Строг контрол на качеството: ние прилагаме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробата и библиотеката до секвенирането и биоинформатиката.Този щателен мониторинг гарантира предоставянето на постоянно висококачествени резултати.
● Следпродажбена поддръжка: Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване.През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Данни QC |
| Поли А обогатен | Ilumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥6.5; За животни: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 mg
Листа или семена: 300 mg
Плодове: 1,2 g
● Животно:
Сърце или черва: 450 mg
Вътрешни органи или мозък: 240 mg
Мускули: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 g
● Членестоноги:
Насекоми: 9гр
Ракообразни: 450 мг
● Цяла кръв:2 тръби
● Клетки: 106 клетки
● Серум и плазма: 6 мл
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Биоинформатика
прогнозиране на circRNA: хромозомно разпределение
Диференциално експресирани circRNAs – вулканичен график
Диференциално експресирани circRNAs – йерархично групиране
Функционално обогатяване на гените гостоприемници на circRNA
Разгледайте изследователския напредък, улеснен от услугите за секвениране на circRNA на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Wang, X. et al.(2021) „CPSF4 регулира образуването на circRNA и микроРНК медиираното генно заглушаване в хепатоцелуларен карцином“, Oncogene 2021 40:25, 40(25), стр. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) „X oo-реагиращият транскриптом разкрива ролята на циркулярната РНК133 в резистентността към болести чрез регулиране на експресията на OsARAB в ориза“, Phytopathology Research, 5(1), стр. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ФИГУРИ/6.
Y, H. et al.(2023) „CPSF3 модулира баланса на кръгови и линейни транскрипти в хепатоцелуларен карцином“.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) „Цялостна оценка на circRNAs при цирозна кардиомиопатия преди и след чернодробна трансплантация“, International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
