Нереферентно базирано mRNA секвениране-Illumina
Характеристика
● Независимо от всеки референтен геном,
● Данните могат да се използват за анализ на структурата и експресията на транскриптите
● Идентифицирайте променливи места за изрязване
Предимства на услугата
● Предоставяне на резултати, базирано на BMKCloud: Резултатите се доставят като файл с данни и интерактивен отчет чрез платформата BMKCloud, която позволява удобно за потребителя четене на сложни изходни анализи и персонализирано извличане на данни на базата на стандартен биоинформатичен анализ.
● Следпродажбени услуги: Следпродажбени услуги, валидни за 3 месеца след завършване на проекта, включително проследяване на проекта, отстраняване на неизправности, резултати, въпроси и отговори и т.н.
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥6.5; За животни: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
Кърпа: Тегло (суха): ≥1 g
*За тъкани, по-малки от 5 mg, препоръчваме да изпратите бързо замразена (в течен азот) тъканна проба.
Клетъчна суспензия: Брой клетки = 3×107
*Препоръчваме да изпратите замразен клетъчен лизат.В случай, че тази клетка е по-малка от 5×105, препоръчва се бързо замразяване в течен азот.
Кръвни проби:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol и 2mL кръв (TRIzol:Кръв=3:1)
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер:
2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Биоинформатика
1.mRNA(denovo) Принцип на сглобяване
От Trinity четенията са фрагментирани на по-малки части, известни като K-mer.Тези K-мери след това се използват като семена, за да бъдат разширени в контиги и след това компонент, базиран на припокриване на контиги.И накрая, De Bruijn беше приложен тук за разпознаване на преписи в компонентите.
mRNA (De novo) Преглед на Trinity
2.mRNA (De novo) Разпределение на нивото на генна експресия
RNA-Seq е в състояние да постигне високочувствителна оценка на генната експресия.Обикновено откриваемият обхват на експресия на транскрипти FPKM варира от 10^-2 до 10^6
mRNA (De novo) Разпределение на плътността на FPKM във всяка проба
3.mRNA (De novo) GO анализ на обогатяване на DEG
Базата данни GO (Gene Ontology) е структурирана система за биологични анотации, съдържаща стандартен речник на функциите на гените и генните продукти.Той съдържа множество нива, където колкото по-ниско е нивото, толкова по-специфични са функциите.
mRNA (De novo) GO класификация на DEG на второ ниво
Калъф BMK
Транскриптомен анализ на метаболизма на захарозата по време на подуване и развитие на луковици в лук (Allium cepa L.)
Публикувано: граници в растителната наука2016 г
Стратегия за последователност
Illumina HiSeq2500
Колекция от проби
В това изследване е използван сортът Юта Жълто Сладко Испания „Y1351“.Броят на събраните проби беше
15-ти ден след набъбване (DAS) на луковица (диаметър 2 cm и тегло 3–4 g), 30-ти DAS (диаметър 5 cm и тегло 100–110 g) и ~3 на 40-ти DAS (диаметър 7 cm и 260-300 грама).
Ключови резултати
1. в диаграмата на Venn бяха открити общо 146 DEG във всичките три двойки етапи на развитие
2. „Въглехидратният транспорт и метаболизъм“ е представен само от 585 унигена (т.е. 7% от анотирания COG).
3. Unigenes, успешно анотирани в базата данни GO, бяха класифицирани в три основни категории за трите различни етапа на развитие на луковицата.Най-представени в основната категория „биологичен процес“ са „метаболитни процеси“, следвани от „клетъчни процеси“.В основната категория „молекулна функция“ двете най-представени категории са „свързване“ и „каталитична активност“.
 Хистограма на клъстери от класификация на ортоложни групи (COG). |  Хистограма на класификация на генната онтология (GO) за унигени, получени от луковици в три етапа на развитие |
 Диаграма на Venn, показваща гени, различно експресирани във всеки два етапа от развитието на луковицата |
справка
Zhang C, Zhang H, Zhan Z и др.Транскриптомен анализ на метаболизма на захарозата по време на подуване и развитие на луковици в лук (Allium cepa L.) [J].Граници в растителната наука, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
