Нереферентно базирано mRNA секвениране-NGS
Характеристики
● Улавяне на поли мРНК преди подготовка на библиотеката
● Независимо от референтен геном: базирано на de novo асемблиране на транскрипти, генериране на списък с унигени, които са анотирани с множество бази данни (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Цялостен биоинформатичен анализ на генната експресия и структурата на транскриптите
Предимства на услугата
●Обширна експертизаС опит в обработката на над 600 000 проби в BMKGENE, обхващащи различни видове проби, като клетъчни култури, тъкани и телесни течности, нашият екип внася богат опит във всеки проект. Успешно сме приключили над 100 000 mRNA-Seq проекта в различни изследователски области.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите и библиотеките до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
● Подробна анотацияИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално диференциално експресираните гени (DEG) и да извършим съответния анализ за обогатяване, предоставяйки информация за клетъчните и молекулярните процеси, лежащи в основата на транскриптомния отговор.
●Следпродажбена поддръжкаНашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| Обогатен с поли А | Илумина PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN ≥ 4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 мг
Листа или семена: 300 мг
Плодове: 1,2 г
● Животно:
Сърце или черва: 300 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 мг
Мускули: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1 г
● Членестоноги:
Насекоми: 6 г
Ракообразни: 300 мг
● Пълна кръв1 туба
● Клетки: 106 клетки
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
Сглобяване на транскриптоми и селекция на унигени
Анотация на Unigene
Корелация на пробите и оценка на биологичните повторения
Диференциално експресирани гени (DEG)
Функционална анотация на DEG
Функционално обогатяване на DEG
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите на BMKGene за еукариотно NGS mRNA секвениране, чрез подбрана колекция от публикации.
Шен, Ф. и др. (2020) „De novo сглобяване на транскриптоми и генна експресия, зависима от пола, в гонадите на амурски сом (Silurus asotus)“, Genomics, 112(3), стр. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) „Транскриптомен анализ на метаболизма на захарозата по време на подуване и развитие на луковицата при лук (Allium cepa L.)“, Frontiers in Plant Science, 7 (септември), стр. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) „De novo сглобяване, характеризиране и анотация на транскриптома на Sarcocheilichthys sinensis“, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) „De novo транскриптомен анализ предоставя информация за солеустойчивостта на Podocarpus macrophyllus при стрес от засоляване“, BMC Plant Biology, 21(1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
