Анализ на еукариотна иРНК (налични са референтни и de novo опции)
Тозият конвейер използва данни от NGS RNA-Seq като входни данни и генерира резултати от множество анализи надолу по веригата, включително, но не само: оценка на качеството на данните за секвениране,де новоанотация на транскрипционните места, анализ на променливия сплайсинг, анализ на диференциалната експресия, анотация на функциите и анализ на обогатяването.
Анализ на дълга некодираща РНК
Дългите некодиращи РНК (lncRNA) са некодиращи транскрипти с дължина над 200 nt, за които е известно, че играят роля в организацията и регулацията на хроматина. Технологиите за високопроизводително секвениране и биоинформатиката ни дадоха възможност да разберем последователностите на lncRNA и информацията за позициониране, за да идентифицираме lncRNA с ключови регулаторни функции. Този конвейер предоставя анализ на lncRNA в допълнение към анализите, споменати в конвейера за анализ на еукариотна мРНК.
16S/18S/ITS ампликонно секвениране
Процесорът за анализ на микробното разнообразие Amplicon Sequencing е разработен въз основа на дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие. Процесът съдържа стандартизиран основен анализ, който обхваща основното аналитично съдържание на текущите микробни изследвания и персонализиран анализ. Докладът от анализа е богат и изчерпателен, с възможност за извършване на разнообразен персонализиран анализ. Освен това, пробите и групите могат да бъдат променяни в движение за допълнително персонализиране и контрол.
Метагеномен анализ с пушка
Процесът на метагеномен анализ „Shotgun“ използва NGS данни от смесени геномни материали, извлечени от проби от околната среда. Включените анализи предоставят подробна информация за видовото разнообразие и численост, структурата на популацията, филогенетичните връзки, функционалните гени и корелационните мрежи с факторите на околната среда.
Анализ на варианти на NGS-WGS
NGS-WGS анализът на варианти е интегриран конвейер за откриване на варианти, който извършва контрол на качеството на данните, подравняване на последователности, анотиране и анализ на генни мутации. Конвейерът следва най-добрите практики на GATK за откриване на SNP и InDel и използва Manta за извикване на структурни варианти.
Проучване на асоциациите в целия геном (GWAS)
GWAS конвейерът е низходящ анализ, който използва предварително генерирани VCF файлове и съответстващи фенотипни данни за кохорта от индивиди като входни данни. Използвайки специфични статистически методологии, GWAS има за цел да разкрие нуклеотидни вариации в целия геном, корелирани с фенотипни различия. Той играе ключова роля в изследването на функционални гени, свързани със сложни човешки заболявания и сложни черти при растенията и животните.
Анализ на сегрегацията в насипно състояние (BSA)
BSA анализът включва обединяване на индивиди с екстремни фенотипни черти от сегрегираща популация. Чрез сравняване на диференциални локуси между обединените проби, този подход бързо идентифицира тясно свързани молекулярни маркери, свързани с целевите гени. Широко използван в генетичното картографиране на растения и животни, той е ценен инструмент за маркерно-асистирана селекция.
Еволюционен генетичен анализ
Работният процес за еволюционен генетичен анализ използва богатия опит на BMKGENE в проекти за генетична еволюция и включва изграждане на филогенетично дърво, анализ на неравновесието на връзките, оценка на генетичното разнообразие, селективна идентификация, анализ на родството, анализ на главните компоненти и характеризиране на структурата на популацията.
