De novo сглобяване на гъбичен геном
BMKGENE предлага гъвкави решения за гъбични геноми, отговарящи на разнообразни изследователски нужди и желана пълнота на генома. Използването само на краткосрочно секвениране с Illumina позволява генерирането на чернова на геном. Краткосрочното и дългосрочното секвениране с помощта на Nanopore или Pacbio се комбинират за по-прецизен гъбичен геном с по-дълги контиги. Освен това, интегрирането на Hi-C секвениране допълнително подобрява възможностите, позволявайки постигането на пълен геном на хромозомно ниво.
Характеристики на услугата
С три възможни варианта за избор в зависимост от желаната степен на пълнота на генома:
● Опция за чернова на геном: Секвениране с кратко четене с Illumina NovaSeq PE150.
● Опция за фин гъбичен геном:
Геномно проучване: Illumina NovaSeq PE150.
Сглобяване на геном: PacBio Revio (HiFi четения) или Nanopore PromethION 48.
● Гъбичен геном на хромозомно ниво:
Геномно проучване: Illumina NovaSeq PE150.
Сглобяване на геном: PacBio Revio (HiFi четения) или Nanopore PromethION 48.
Contig закрепване с Hi-C монтаж.
Предимства на услугата
●Налични са множество стратегии за секвениранеЗа различни изследователски цели и изисквания за пълнота на генома
●Пълен работен процес по биоинформатика:Това включва сглобяване на генома и предсказване на множество геномни елементи, функционална анотация на гени и закотвяне на контиги.
●Обширна експертизаС над 12 000 събрани микробни генома, ние разполагаме с над десет години опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Спецификации на услугата
| Услуга | Стратегия за секвениране | Контрол на качеството |
| Проект на геном | Илумина PE150 100x | Q30≥85% |
| Фин геном | Геномно проучване: Illumina PE150 50 x Сглобяване: PacBio HiFi 30x или Nanopore 100x | контиг N50 ≥1Mb (Pacbio Едноклетъчен) контиг N50 ≥2Mb（ONT Едноклетъчен） контиг N50 ≥500kb (Други) |
| Геном на ниво хромозома | Геномно проучване: Illumina PE150 50 x Сглобяване: PacBio HiFi 30x или Nanopore 100x Hi-C монтаж 100x | Коефициент на закотвяне на контига > 90%
|
Изисквания за обслужване
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Обем (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| ПакБио | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Нанопори | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Илумина | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Едноклетъчна гъба: ≥3,5x1010 клетки
Макро гъбички: ≥10 g
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
Геномно проучване:
- Контрол на качеството на данните от секвенирането
- Оценка на генома: размер, хетерозиготност, повтарящи се елементи
Фино сглобяване на генома:
- Контрол на качеството на данните от секвенирането
- Де новосъбрание
- Анализ на геномните компоненти: Предсказване на CDS и множество геномни елементи
- Функционална анотация с множество общи бази данни (GO, KEGG и др.) и разширени бази данни (CARD, VFDB и др.)
Hi-C монтаж:
- Оценка на библиотеката Hi-C.
- Контиги, закотвяне, клъстериране, подреждане и ориентиране
- Оценка на HI-C асемблирането: Въз основа на референтен геном и топлинна карта
Геномно изследване: разпределение на k-mer
Сглобяване на геном: генна хомоложна анотация (NR база данни)
Сглобяване на генома: функционална генна анотация (GO)
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за сглобяване на гъбични геноми на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Hao, J. et al. (2023) „Интегрирано омично профилиране на лечебната гъба Inonotus obliquus при условия на потапяне“,BMC Genomics, 24(1), стр. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) „Секвенирането на генома разкрива еволюцията и патогенните механизми на патогена на острите очни петна по пшеницата Rhizoctonia cerealis“,Списанието за култури, 11(2), стр. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) „Геноменни ресурси за четири вида Clarireedia, причиняващи доларови петна по разнообразни тревни видове“,Болест на растенията, 107(3), стр. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) „Генетични и молекулярни доказателства за тетраполярна система за чифтосване в ядливата гъба Grifola frondosa“,Списание за гъби, 9(10), стр. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
