Log a-steach BMKCloud

Toraidhean

Sreathachadh Amplicon 16S/18S/ITS-PacBio

Seicheamhachadh Amplicon 16S/18S/ITS - Ìomhaigh Sònraichte PacBio

Tha na ginean rRNA 16S agus 18S, còmhla ris an roinn Internal Transcribed Spacer (ITS), nan comharran lorgan-meòir moileciuil cudromach air sgàth an cothlamadh de roinnean glèidhte agus ro-atharrachail, gan dèanamh nan innealan luachmhor airson a bhith a’ comharrachadh fàs-bheairtean prokaryotic agus eukaryotic. Tha iomadachadh agus sreathanachadh nan roinnean sin a’ tabhann dòigh-obrach gun aonaranachd airson sgrùdadh a dhèanamh air co-dhèanamh agus iomadachd meanbh-fhàs-bheairtean thar diofar eag-shiostaman. Ged a bhios sreathanachadh Illumina mar as trice ag amas air roinnean goirid ro-atharrachail leithid V3-V4 de 16S agus ITS1, chaidh a dhearbhadh gum faodar anotachadh tacsonamach nas fheàrr a choileanadh le bhith a’ sreathanachadh fad slàn 16S, 18S, agus ITS. Bidh an dòigh-obrach choileanta seo a’ leantainn gu ceudadan nas àirde de shreathan air an seòrsachadh gu ceart, a’ coileanadh ìre de rùn a tha a’ leudachadh gu bhith a’ comharrachadh ghnèithean. Tha àrd-ùrlar sreathanachaidh Aon-Moileciuil Fìor-Ùine (SMRT) PacBio a’ seasamh a-mach le bhith a’ toirt seachad leughaidhean fada fìor chruinn (HiFi) a tha a’ còmhdach na h-amplicons làn-fhaid, a’ farpais ri mionaideachd sreathanachadh Illumina. Leigidh an comas seo le luchd-rannsachaidh buannachd gun choimeas fhaighinn - sealladh farsaing air cruth-tìre ginteil. Bidh an còmhdach leudaichte ag àrdachadh gu mòr an rùn ann an comharrachadh ghnèithean, gu sònraichte taobh a-staigh choimhearsnachdan bacteriach no fungach, a’ comasachadh tuigse nas doimhne air iom-fhillteachd sluagh meanbh-fhàs-bheairtean.

Cuir fios thugainn

Mion-fhiosrachadh Seirbheis

Bith-fhiosrachadh

Toraidhean Taisbeanaidh

Foillseachaidhean sònraichte

Feartan Seirbheis

● Àrd-ùrlar sreathachaidh: PacBio Revio

● Modh sreathachaidh: CCS (leughaidhean HiFi)

● Leudachadh na sgìre targaid agus an uair sin ceangal tandem de na h-amplicons mus tèid leabharlann clag HiFi SMRT ullachadh

Buannachdan Seirbheis

●Fuasgladh tacsonamach nas àirde: Tsreath-amplicon goirid han,a’ comasachadh ìrean seòrsachaidh OTU nas àirde aig ìre gnè.

●Gairm bunaiteach fìor chruinnSreathachadh modh CCS PacBio (leughaidhean HiFi).

●Gun aonaranachdComharrachadh luath air co-dhèanamh meanbh-fhàs-bheairtean ann an sampallan àrainneachdail.

●Gu farsaing iomchaidhSgrùdaidhean air coimhearsnachdan meanbh-fhàs-bheairtean eadar-mheasgte.

●Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh coileantaAm pasgan QIIME2 as ùire (lèirsinn chainníomach air eag-eòlas meanbh-fhàs-bheairtean) le mion-sgrùdaidhean eadar-mheasgte a thaobh stòr-dàta, notaichean, OTU/ASV.

●Eòlas farsaingLe mìltean de phròiseactan sreath-sgrùdaidh amplicon air an dèanamh gach bliadhna, tha còrr is deich bliadhna de eòlas, sgioba anailis sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath aig BMKGENE.

Sònrachaidhean Seirbheis

Leabharlann	Ro-innleachd Sreathachaidh	Dàta a thathar a’ moladh
Amplicon	PacBio Revio	Tagaichean 10/30/50 mìle (CCS)

Riatanasan Sampall

Dùmhlachd (ng/µL)	Suim iomlan (µg)	Meud (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh

Reothadh na sampallan ann an naitridean leaghaidh airson 3-4 uairean a thìde agus stòraich iad ann an naitridean leaghaidh no aig teòthachd -80 ceum airson ùine mhòr. Feumar deigh thioram a chur air falbh leis na sampallan.

Sruth-obrach Seirbheis

Lìbhrigeadh sampall

Togail leabharlainn

Seicheamhachadh

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às dèidh reic

Roimhe: Sreathachadh Amplicon 16S/18S/ITS-NGS

Air adhart: Deuchainn airson Chromatin ruigsinneach do Transposase le Sreathachadh Àrd-thoradh (ATAC-seq)

A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:

● Smachd càileachd dàta amh

● Cruinneachadh OTU/Dì-fhuaim (ASV)

●Notachadh OTU

● Mion-sgrùdadh iomadachd alfa: iomadh clàr-amais, nam measg Shannon, Simpson agus ACE.

● Mion-sgrùdadh iomadachd beta

● Mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean

● Mion-sgrùdadh co-dhàimh: eadar factaran àrainneachdail agus co-dhèanamh agus iomadachd OUT

● Ro-innse gine gnìomhach 16S

Histogram de sgaoileadh tacsonamach

Craobh fìleogenetach sgaoileadh coimhearsnachd

Mion-sgrùdadh iomadachd alpha: ACE

clàr-amais

Mion-sgrùdadh iomadachd beta: PCoA

Mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean: ANOVA

Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean sreath-sgrùdaidh amplicon BMKGene le PacBio tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.

Gao, X. agus Wang, H. (2023) ‘Mion-sgrùdadh Coimeasach air Pròifilean is Gnìomhan Bacteria an Rùiminn rè Atharrachadh gu Fein-eòlas Eadar-dhealaichte (Ath-uaine vs. Feurach) ann an Caoraich Merino Alpach le Dà Ìre Fàis air Meanbh-chuileag Alpach’, Coipeadh, 9(1), td. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) ‘A’ glacadh stuth dorcha meanbh-fhàs-bheairtean ann an ùirean fàsach a’ cleachdadh meata-ghineamach stèidhichte air cultar-eòlas agus mion-sgrùdadh àrd-rèiteachaidh’, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), td. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) ‘Buaidhean salainn searbhag geir air feartan coipeadh, iomadachd bacteriach agus seasmhachd aerobic silage measgaichte air ullachadh le alfalfa, connlach rus agus bran cruithneachd’, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), td. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) ‘An Eadar-obrachadh eadar Bith-chomharran Strus Ocsaideach agus Meanbh-bhitheagan a’ Ghut ann am Buaidhean Antioxidant Earrannan bho Sonchus brachyotus DC. ann an Strus Ocsaideach Innidh air adhbhrachadh le Oxazolone ann an Èisg Sebra Inbheach’, Antioxidants 2023, Leabh. 12, Duilleag 192, 12(1), td. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.