16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Buannachdan seirbheis
● Leughadh fada a’ nochdadh sreath làn-fhaid de 16S/18S/ITS
● Call bonn fìor cheart le sreath modh PacBio CCS
● Fuasgladh ìre gnè ann an nota OTU/ASV
● QIIME2 as ùire a’ dèanamh anailis air sruth le mion-sgrùdaidhean eadar-dhealaichte a thaobh stòr-dàta, notaichean, OTU/ASV.
● Co-cheangailte ri diofar sgrùdaidhean coimhearsnachd microbial
● Tha eòlas farsaing aig BMK le còrr air 100,000 sampall / bliadhna, a’ còmhdach ùir, uisge, gas, sludge, feces, caolan, craiceann, broth coipeadh, biastagan, lusan, msaa.
● Chuidich BMKCloud eadar-mhìneachadh dàta anns an robh 45 inneal mion-sgrùdaidh pearsanaichte
Sònrachaidhean seirbheis
| SeicheamhÀrd-ùrlar | Leabharlann | Dàta air a mholadh | Uair tionndaidh |
| PacBio Sequel II | SMRT-clag | Tagaichean 5K/10K/20K | 44 Làithean obrach |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Raw dàta smachd càileachd
● cruinneachadh OTU/Dì-fhuaim (ASV)
● OTU nota
● Iomadachd Alpha
● Iomadachd beta
● Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
● Mion-sgrùdadh comann mu choinneamh factaran deuchainneach
● Gnìomh ro-innse gine
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
AirsonDNA earrannan:
| Seòrsa Sampall | Suim | dùmhlachd | Purity |
| DNA earrannan | ＞ 1 g | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Airson sampallan àrainneachd:
| Seòrsa sampall | Modh samplachaidh air a mholadh |
| Ùir | Meud sampall: approx.5 g;Feumar an stuth seargach a tha air fhàgail a thoirt air falbh bhon uachdar;bleith pìosan mòra agus a dhol tro shìoltachain 2 mm;Samhlaidhean Aliquot ann an EP-tube sterile no cyrotube airson a ghlèidheadh. |
| Feces | Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shamhlaichean ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh. |
| Susbaint intestinal | Feumaidh sampaill a bhith air an giullachd fo staid aseptic.Nigh stuth cruinnichte le PBS;Centrifuge am PBS agus cruinnich am precipitant ann an tiùban EP. |
| Sloda | Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shampall sloda ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh |
| Corp uisge | Airson sampall le glè bheag de mhicrobial, leithid uisge tap, uisge tobar, msaa, cruinnich co-dhiù 1 L uisge agus gabh tro shìoltachan 0.22 μm gus beairteachadh microbial air an membran.Glèidh an membran ann an tiùb sterile. |
| Craiceann | Dèan sgrìobadh gu faiceallach air uachdar a ’chraicinn le swab cotan sterile no lann lannsa agus cuir ann an tiùb sterile e. |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Reothaich na sampallan ann an nitrigin leaghaidh airson 3-4 uairean agus stòr ann an nitrigin leaghaidh no -80 ceum gu glèidheadh fad-ùine.Tha feum air lìbhrigeadh sampall le deigh tioram.
Sruth Obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
1. Ìre comharrachaidh de phròifil coimhearsnachd microbial stèidhichte air V3 + V4 (Illumina) vs pròifil stèidhichte air fad (PacBio).
(Chaidh dàta de 30 pròiseact a chaidh a thaghadh air thuaiream a chuir an sàs airson staitistig)
2.Annotation ìre seicheamhachadh amplicon làn-fhad aig ìre gnè ann an diofar sheòrsaichean sampall
3.Species sgaoileadh
craobh 4.Phylogenetic
Cùis BMK
Bidh foillseachadh Arsainic ag adhbhrachadh milleadh cnap-starra intestinal agus mar thoradh air sin gnìomhachadh axis gut-ae a’ leantainn gu sèid agus pyroptosis grùthan ann an tunnagan
Foillsichte:Saidheans na h-Àrainneachd Iomlan,2021
Ro-innleachd sreathachaidh:
Eisimpleirean: Smachd vs 8 mg / kg buidheann fosgailte ATO
Toradh dàta sreathachaidh: 102,583 sreathan CCS amh gu h-iomlan
Smachd: 54,518 ± 747 CCS èifeachdach
ATO-nochdte: 45,050 ± 1675 CCS èifeachdach
Prìomh thoraidhean
Iomadachd Alpha:Dh’atharraich foillseachadh ATO gu mòr beairteas agus iomadachd microbial intestinal anns na tunnagan.
Mion-sgrùdadh metastats:
Ann an ìre phylum: 2 phyla bacterial air a lorg a-mhàin ann am buidhnean smachd
Ann an ìre gnè: chaidh ginean 6 a lorg gu math eadar-dhealaichte ann am pailteas coimeasach
Ann an ìre gnè: chaidh gnèithean 36 a chomharrachadh gu h-iomlan, le 6 dhiubh gu math eadar-dhealaichte ann am pailteas ath-bheothachaidh
Iomradh
Thingholm, LB , et al.“Bidh daoine reamhar le agus às aonais tinneas an t-siùcair seòrsa 2 a’ nochdadh comas gnìomh agus cumadh microbial eadar-dhealaichte. ”Host Cell & Microbe26.2 (2019).
