Deuchainn airson Chromatin ruigsinneach do Transposase le Sreathachadh Àrd-thoradh (ATAC-seq)
Feartan Seirbheis
● Feumaidh an t-seirbheis sampallan clò, an àite searbhagan niùclasach a chaidh a thoirt a-mach, gus na h-eadar-obrachaidhean DNA-pròtain a ghleidheadh.
● Tha modh ATAC a’ toirt a-steach dealachadh clò, agus an uair sin aonaranachd niùclas, làimhseachadh agus glanadh Tn5, iomadachadh PCR, taghadh meud agus sreath-sgrùdadh.
● Sreathachadh ann an Illumina NovaSeq
Buannachdan Seirbheis
●Mothachaidh Àrd:Tha meud beag de cheallan tòiseachaidh gu leòr airson ullachadh agus sreathchadh leabharlainn.
●Dòigh-obrach air leth fiosrachail: a’ nochdadh aig an aon àm àiteachan genomic cròmatin fosgailte agus eileamaidean riaghlaidh gnìomhach leithid làraichean ceangail factaran tar-sgrìobhaidh.
●Ath-riochdachadh Deuchainneach MathTha ath-aithris sàr-mhath a’ nochdadh leth-bhreacan teicnigeach.
●Eòlas farsaingLe ceudan de phròiseactan sreath-sgrùdaidh ATAC air an crìochnachadh gu soirbheachail, tha còrr is deich bliadhna de eòlas, sgioba anailis sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath aig BMKGENE.
●Comasachd a dhol còmhla ri Mion-sgrùdadh Transcriptomics: a’ ceadachadh mion-sgrùdadh amalaichte air seq ATAC le dàta omics eile leithid RNA-seq.
● Mion-sgrùdadh Bith-fhiosrachaidh Coileantaa’ comasachadh chan ann a-mhàin comharrachadh nan roinnean fosgailte den chromatin agus an gnìomhachd co-fhreagarrach (brosnaichean, UTn, exons, introns) ach cuideachd mion-sgrùdadh a dhèanamh air eadar-dhealachaidhean eadar roinnean fosgailte chromatin am measg shamhlaichean.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Leabharlann | Ro-innleachd Sreathachaidh | Toradh dàta a thathar a’ moladh | Smachd càileachd |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20M leughaidhean A rèir meud a’ ghinòim (Daonna: 50 millean leughaidhean) | Q30≥85% |
Riatanasan Sampall
Seòrsa sampallan: Figheagan, ceallan beò no reòta, fuil
● Àireamh cealla: ≥ 106ceallan
● Cuideam clò: ≥ 200mg clò ùr
● Fuil: ≥ 4 mL
Sruth-obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
Tarraing DNA
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
● Smachd càileachd dàta amh;
● Gairm aig a’ mhullach stèidhichte air mapadh gu genome iomraidh;
● Notaichean gine air àite na prìomh ìre;
● Mion-sgrùdadh Motif: comharrachadh làraichean ceangail factaran tar-sgrìobhaidh (TFBS);
● Mion-sgrùdadh agus notaichean air Buaicean Eadar-dhealaichte.
1. Mapa teas air ATAC a’ leughadh sgaoileadh aig TSS agus roinnean faisg air làimh (±3 kb)
2. Sgaoileadh roinn chromatin fosgailte ann an diofar phàirtean den genome
3. Gairmean àrd-ìre eadar-dhealaichte eadar buidhnean
Rannsaich na h-adhartasan rannsachaidh a tha air an comasachadh le seirbheisean sreath-sgrùdaidh ATAC aig BMKGene tro chruinneachadh taghte de fhoillseachaidhean.
Fu, A.et al.(2023) ‘Tha cruinneachadh genome telomere-gu-telomere de mhealan searbh (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) a’ nochdadh leasachadh, co-dhèanamh agus feartan ginteil aibidh nam measan’,Rannsachadh Gàrradaireachd, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.et al.(2023) ‘Gnìomhachadh epigenetic agus tar-sgrìobhaidh an kinase secretory FAM20C mar oncogene ann an glioma’,Iris Gintinneachd agus Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
E, Y.et al.(2023) ‘Bidh butyrate a’ cur às do strì an aghaidh ferroptosis ann an aillse colorectal le bhith ag adhbhrachadh casg xCT a tha an urra ri c-Fos’,Bith-eòlas Redox, 65, td. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
