Seicheamhachadh Briosgaidean Meudaichte-Locus Sònraichte (SLAF-Seq)
Sruth-obrach
Tha beagan ro-dhealbhaidh in silico aig an t-seirbheis gus dèanamh cinnteach gun tèid an taghadh einsíme as fheàrr a dhèanamh nuair a bhios an leabharlainn ga ullachadh.
Sgeama Teicnigeach
Feartan Seirbheis
● Sreathachadh air NovaSeq le PE150.
● Ullachadh leabharlainn le còdachadh-barra dùbailte, a’ comasachadh cruinneachadh còrr is 1000 sampall.
● Neo-eisimeileach bhon ghinòm iomraidh:
Le genome iomraidh: lorg SNP agus InDel
Gun genome iomraidh: cruinneachadh shampallan agus lorg SNP
● Anns anann an silicoThèid sgrìonadh a dhèanamh air iomadh measgadh einsím cuibhreachaidh aig ìre ro-dhealbhaidh gus na measgachaidhean a lorg a ghineas sgaoileadh cunbhalach de thagaichean SLAF air feadh a’ ghìonaim.
● Rè na ro-dheuchainn, thèid trì measgachadh einnsein a dhearbhadh ann an 3 sampallan gus 9 leabharlannan SLAF a chruthachadh, agus thèid am fiosrachadh seo a chleachdadh gus an measgachadh einnsein cuibhreachaidh as fheàrr a thaghadh airson a’ phròiseict.
Buannachdan Seirbheis
●Lorg Comharran Ginteil ÀrdBidh sinn a’ toirt a-steach siostam còd-barra dùbailte àrd-toraidh a leigeas le sreath-sgrùdadh sluaghan mòra aig an aon àm, agus leudachadh sònraichte do locus a’ neartachadh èifeachdas, a’ dèanamh cinnteach gu bheil àireamhan tagaichean a’ coinneachadh ri riatanasan eadar-mheasgte diofar cheistean rannsachaidh.
● Eisimeileachd Ìosal air a’ GhineamFaodar a chur an sàs ann an gnèithean le no às aonais genome iomraidh.
●Dealbhadh Sgeama SùbailteFaodar cnàmhadh aon-einsìm, dà-einsìm, ioma-einsìm, agus diofar sheòrsaichean einsìmean a thaghadh gus dèiligeadh ri diofar amasan rannsachaidh no ghnèithean.
● Èifeachdas Àrd ann an Cnàmhadh EnzymaticStiùireadhann an silicoBidh ro-dhealbhadh agus ro-dheuchainn a’ dèanamh cinnteach à dealbhadh as fheàrr le sgaoileadh cothromach de thagaichean SLAF air a’ chromosome (1 tag SLAF/4Kb) agus sreath ath-aithris nas lugha (<5%).
●Eòlas farsaingBidh sinn a’ toirt pailteas eòlais gu gach pròiseact, le eachdraidh de bhith a’ dùnadh còrr is 5000 pròiseact SLAF-Seq air ceudan de ghnèithean, nam measg lusan, mamalan, eòin, biastagan agus fàs-bheairtean uisgeach.
● Sruth-obrach Bith-fhiosrachaidh Fèin-leasaichteLeasaich sinn sruth-obrach bith-fhiosrachaidh amalaichte airson SLAF-Seq gus dèanamh cinnteach à earbsachd agus cruinneas an toraidh dheireannaich.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Seòrsa anailis | Sgèile sluaigh a thathar a’ moladh | Ro-innleachd sreathachaidh | |
| Doimhneachd sreath nan tagaichean | Àireamh taga | ||
| Mapaichean Ginteil | 2 phàrant agus >150 sliochd | Pàrantan: 20x WGS Lasachadh: 10x | Meud a’ ghinòim: <400 Mb: Thathar a’ moladh WGS <1Gb: 100K tagaichean 1-2Gb:: 200K tagaichean >2Gb: 300K tagaichean 500k tagaichean aig a’ char as àirde |
| Sgrùdaidhean Comann Gèanòm-Farsainn (GWAS) | ≥200 sampall | 10x | |
| Mean-fhàs Ginteil | ≥30 sampall, le >10 sampallan bho gach fo-bhuidheann | 10x | |
Riatanasan Seirbheis
Dùmhlachd ≥ 5 ng/µL
Suim iomlan ≥ 80 ng
Nanoboinne OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: gun lobhadh no truailleadh no truailleadh cuibhrichte
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml
(Airson a’ mhòr-chuid de na sampallan, tha sinn a’ moladh gun a bhith gan gleidheadh ann an ethanol)
Bileagan sampall: Feumaidh bileagan soilleir a bhith air sampallan agus feumaidh iad a bhith co-ionann ris an fhoirm fiosrachaidh sampall a chaidh a chuir a-steach.
Luingearachd: Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan an toiseach agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
Sruth-obrach Seirbheis
QC Sampall
Deuchainn pìleat
Deuchainn SLAF
Ullachadh Leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh Dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Tha ar mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail a’ gabhail a-steach:
QC dàta agus bearradh dàta gus leughaidhean beairteach ann an N, leughaidhean adapter no leughaidhean ìosal-inbhe a thoirt air falbh.
Dàrna smachd càileachd air na leughaidhean glana gus sgrùdadh a dhèanamh air sgaoileadh a’ bhunait, càileachd an t-sreath agus measadh dàta, ach cuideachd gus sgrùdadh a dhèanamh air èifeachdas an cnàmhaidh agus na cuir-a-steach a fhuaireadh.
Aon uair ‘s gu bheil na leughaidhean air an sgrùdadh, tha dà roghainn ann:
- Mapadh gu genome iomraidh
- Às aonais genome iomraidh: cruinneachadh
Às dèidh sin, thèid mion-sgrùdadh a dhèanamh air tagaichean SLAF gus beagan gairmean caochlaideach a dhèanamh gus cuideachadh le lorg comharran: SNP, InDel, SNV, gairm CV agus notaichean.
Sgaoileadh tagaichean SLAF air cròmasoman:
Sgaoileadh SNPan air cròmasoman:
Notaichean SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X agus Shi C (2023) Mapadh QTL agus mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh air susbaint siùcair rè aibidh mheasanPyrus pyrifolia.Aghaidh. Saidheans Lusan.14: 1137 104. doi: 10.3389 / fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Tha comharrachadh st1 a’ nochdadh taghadh anns a bheil ceangal eadar morf-eòlas sìol agus susbaint ola rè àm dùmhlachd pònairean soighe.Iris Bith-theicneòlas Lusan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Sreath genome agus iomadachd ginteil a’ charp chumanta,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Tha genoma cnò-thalmhainn àitichte a’ toirt sealladh air karyotypes legume, mean-fhàs polyploid agus dachaigheachadh bàrr.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Bliadhna | Iris | IF | Tiotal | Iarrtasan |
| 2022 | Conaltradh nàdair | 17.694 | Bunait genomic nan giga-chromosoman agus giga-genome peony craoibhe Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fìteòlaiche Ùr | 7.433 | Lorg-coise dachaigheil a’ daingneachadh roinnean genomic de chudromachd agronomic ann an pònairean soighe | SLAF-GWAS |
| 2022 | Iris Rannsachaidh Adhartach | 12.822 | Introgressions fuadain air feadh a’ ghineim de Gossypium barbadense a-steach do G. hirsutum nochdaidh loci nas fheàrr airson leasachadh aig an aon àm air càileachd agus toradh snàithleach cotan feartan | SLAF - Gintinneachd mean-fhàsach |
| 2019 | Lusan Moileciuil | 10.81 | Tha Mion-sgrùdadh Genomic Àireamh-shluaigh agus Seanadh De Novo a’ nochdadh Tùs Weedy Rice mar Gheama Mean-fhàsach | SLAF - Gintinneachd mean-fhàsach |
| 2019 | Gintinneachd Nàdair | 31.616 | Sreath genome agus iomadachd ginteil a’ charp chumanta, Cyprinus carpio | Mapa Ceangal SLAF |
| 2014 | Gintinneachd Nàdair | 25.455 | Tha genome cnòthan-talmhainn àitichte a’ toirt sealladh air karyotypes legumes, polyploid mean-fhàs agus dùmhlachdachadh bhàrr. | Mapa Ceangal SLAF |
| 2022 | Iris Bith-theicneòlas Lusan | 9.803 | Tha comharrachadh ST1 a’ nochdadh taghadh anns a bheil gluasad morf-eòlas sìl agus susbaint ola rè àiteachadh pònairean soighe | Leasachadh Comharran SLAF |
| 2022 | Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Moileciuil | 6.208 | Comharrachadh agus Leasachadh Comharran DNA airson Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Ionadachadh Chromosoman Disomic | Leasachadh Comharran SLAF |
| Bliadhna | Iris | IF | Tiotal | Iarrtasan |
| 2023 | Crìochan ann an saidheans lusan | 6.735 | Mapadh QTL agus mion-sgrùdadh transcriptome air susbaint siùcair rè aibidh mheasan Pyrus pyrifolia | Mapa Ginteil |
| 2022 | Iris Bith-theicneòlas Lusan | 8.154 | Tha comharrachadh ST1 a’ nochdadh taghadh anns a bheil gluasad air adhart ann am morf-eòlas sìol agus susbaint ola rè àm dachaigheil pònairean soighe.
| Gairm SNP |
| 2022 | Crìochan ann an saidheans lusan | 6.623 | Mapadh Comann air feadh an Genome de Fheinotaipean Hulless Barely ann an Àrainneachd Tart.
| GWAS |
