Seicheamh bloigh Meudaichte le Locus Sònraichte (SLAF-Seq)
Mion-fhiosrachadh seirbheis
Sgeama Teicnigeach
Sruth obrach
Buannachdan seirbheis
Èifeachdas lorg comharran àrd- Bidh teicneòlas seicheamh àrd-threabhadh a’ cuideachadh SLAF-Seq ann a bhith a’ lorg ceudan de mhìltean de thiocaidean taobh a-staigh an genoma gu lèir.
An eisimeil ìosal air an genoma- Faodar a chuir an sàs ann an gnèithean le no às aonais genoma iomraidh.
Dealbhadh sgeama sùbailte- Faodar aon-enzyme, dà-enzyme, cnàmhadh ioma-enzyme agus diofar sheòrsan enzymes, uile a thaghadh gus coinneachadh ri diofar amas no gnèithean rannsachaidh.Thathas a’ cleachdadh ro-luachadh ann an silico gus dèanamh cinnteach gu bheil dealbhadh enzyme as fheàrr ann.
Cnàmhadh enzymatic èifeachdach- Chaidh ro-dheuchainn a dhèanamh gus na suidheachaidhean as fheàrr a dhèanamh, a nì an deuchainn foirmeil seasmhach agus earbsach.Faodaidh èifeachdas cruinneachadh pìosan còrr air 95% a choileanadh.
Tagaichean SLAF air an sgaoileadh gu cothromach- Tha tagaichean SLAF air an cuairteachadh gu cothromach anns a h-uile cromosoma chun na h-ìre as motha, a’ coileanadh cuibheasachd de 1 SLAF gach 4 kb.
Seachnadh èifeachdach air ath-aithris- Tha sreath ath-aithris ann an dàta SLAF-Seq air a lughdachadh gu nas ìsle na 5%, gu sònraichte ann an gnèithean le ìre àrd de ath-chuiridhean, leithid cruithneachd, arbhar, msaa.
Eòlas farsaing-Tha còrr air 2000 pròiseact dùinte SLAF-Seq air ceudan de ghnèithean a’ còmhdach lusan, mamalan, eòin, biastagan, fàs-bheairtean uisge, msaa.
Sruth-obrach bioinformatics fèin-leasaichte- Chaidh sruth-obrach bio-fiosrachaidh aonaichte airson SLAF-Seq a leasachadh le BMKGENE gus dèanamh cinnteach à earbsachd agus neo-mhearachdachd an toraidh deireannach.
Sònrachaidhean seirbheis
| Àrd-ùrlar | Conc.(ng/gl) | Iomlan (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Leabhar> 15μl) | 1.6-2.5 |
Ro-innleachd Seicheamhachaidh air a mholadh
Doimhneachd an t-sreath: 10X / Tag
| Meud Genome | Tagaichean SLAF air am moladh |
| <500 Mb | 100K no WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200k |
| Genomes mòr no iom-fhillte | 300 - 400K |
| Iarrtasan
| Air a mholadh Sgèile Sluaigh
| Ro-innleachd sreathach agus doimhneachd
| |
| Doimhneachd
| Àireamh tag
| ||
| GWAS
| Eisimpleir àireamh ≥ 200
| 10X
|
A rèir meud genome
|
| Evolution ginteil
| Daoine fa leth gach fear fo-bhuidheann ≥ 10; sampaill iomlan ≥ 30
| 10X
| |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml
Airson a 'mhòr-chuid de shamhlaichean, tha sinn a' moladh gun a bhith a 'gleidheadh ann an ethanol.
Bileag sampaill: Feumaidh sampaill a bhith air an comharrachadh gu soilleir agus co-ionann ri foirm fiosrachaidh sampall a chaidh a chuir a-steach.
Gluasad: Deigh thioram: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan an toiseach agus air an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
Sruth-obrach seirbheis
Eisimpleir QC
Deuchainn pìleat
SLAF-deuchainn
Ag ullachadh leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh Dàta
Seirbheisean às deidh reic
1. Staitistig de thoradh mapa
2. Leasachadh comharran SLAF
3. Iomradh atharrachaidh
| Bliadhna | Iris | IF | Tiotal | Iarrtasan |
| 2022 | Conaltradh nàdair | 17.694 | Bunait genomic nan giga-chromosomes agus giga-genome de peony craoibhe Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist ùr | 7. 433 | Bidh lorgan-coise dachaigheil ag adhbhrachadh roinnean genomic de chudrom agronomic ann an pònairean soighe | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Inntrigeadh fuadain air feadh genome de Gossypium barbadense gu G. hirsutum nochdaidh loci nas fheàrr airson leasachadh aig an aon àm air càileachd agus toradh snàithleach cotan feartan | SLAF - Gintinneachd mean-fhàs |
| 2019 | Lusan moileciuil | 10.81 | Mion-sgrùdadh Genomic Àireamh-sluaigh agus Seanadh De Novo a’ nochdadh cò às a thàinig Weedy Rice mar Ghèam mean-fhàs | SLAF - Gintinneachd mean-fhàs |
| 2019 | Gintinneachd Nàdair | 31.616 | Sreath genome agus iomadachd ginteil a 'charpa cumanta, Cyprinus carpio | Mapa ceangail SLAF |
| 2014 | Gintinneachd Nàdair | 25.455 | Tha an genoma de chnò-chnò àitich a’ toirt sealladh dhuinn air karyotypes legume, polyploid mean-fhàs agus dachaigheil bàrr. | Mapa ceangail SLAF |
| 2022 | Iris Bith-theicneòlas Lusan | 9.803 | Tha comharrachadh ST1 a’ nochdadh taghadh a’ toirt a-steach a bhith a’ bualadh air morf-eòlas sìl agus susbaint ola aig àm dachaigheil pòna soy | SLAF-Marker leasachadh |
| 2022 | Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Molecular | 6.208 | Aithneachadh agus leasachadh comharran DNA airson cruithneachd-Leymus mollis 2Ns (2D) Ionadachadh chromosome disomic | SLAF-Marker leasachadh |
