Mapa teas
Gabhaidh an inneal Mapa Teas faidhle dàta maitrís mar chur-a-steach agus leigidh e le luchd-cleachdaidh dàta a shìoladh, a dhèanamh àbhaisteach agus a chruinneachadh. Is e am prìomh chleachdadh airson mapaichean teas mion-sgrùdadh cruinneachaidh air ìre abairteachd gine eadar diofar shamhlaichean.
Notaichean Gine
Bidh an inneal Gene Annotation a’ dèanamh anotachadh gine stèidhichte air co-thaobhadh sreath fhaidhlichean FASTA cuir-a-steach an aghaidh diofar stòran-dàta.
Inneal Lorg Co-thaobhadh Ionadail Bunasach (BLAST)
’S e inneal BLAST dreach amalaichte BMKCloud de NCBI BLAST agus faodar a chleachdadh gus na h-aon ghnìomhan a choileanadh le bhith a’ cleachdadh dàta a chaidh a luchdachadh suas chun chunntas BMKCloud.
Ro-innse CDS_UTR
Tha an inneal Ro-innse CDS_UTR air a dhealbhadh gus roinnean còdaidh (CDS) agus roinnean neo-chòdaidh (UTR) a ro-innse ann an sreathan tar-sgrìobhaidh sònraichte stèidhichte air toraidhean BLAST an aghaidh stòran-dàta pròtain aithnichte agus toraidhean ro-innse ORF.
Plot Manhattan
Leigidh an inneal Manhattan Plot le deuchainnean sampall àrd a thaisbeanadh agus tha e air a chleachdadh gu cumanta ann an sgrùdaidhean co-cheangailte genome-wide (GWAS).
Diagram Siorcas
Tha an inneal Diagram CIRCOS a’ toirt seachad sealladh èifeachdach air mar a tha feartan genomic air an sgaoileadh air feadh a’ ghinòma. Am measg nam feartan cumanta tha loci cainneachdail, SNPn, InDels, atharrachaidhean structarail agus àireamh lethbhric.
Beairteachadh Ontolaidh Gine (GO)
Tha an inneal GO Enrichment a’ toirt seachad mion-sgrùdadh beairteachaidh gnìomhach. ’S e am pasgan TopGO-Bioconductor am prìomh bhathar-bog san inneal seo, anns a bheil mion-sgrùdadh eadar-dhealachaidh air abairtean, mion-sgrùdadh beairteachaidh GO agus lèirsinn air na toraidhean.
Mion-sgrùdadh Lìonra Co-abairt Gine Cuideamaichte (WGCNA)
’S e dòigh mèinnearachd dàta a thathas a’ cleachdadh gu farsaing a th’ ann an WGCNA airson modalan co-abairt gine a lorg. Tha e iomchaidh airson diofar sheataichean dàta abairtean gine, nam measg microarray agus NGS.
InterProScan
Tha an inneal InterProScan a’ toirt seachad mion-sgrùdadh agus seòrsachadh sreath phròtainean InterPro.
Beairteachadh GO KEGG
Tha inneal Beairteachaidh GO KEGG air a dhealbhadh gus histogram beairteachaidh GO, histogram beairteachaidh KEGG agus slighe beairteachaidh KEGG a ghineadh stèidhichte air seata ginean a chaidh a thoirt seachad agus an notaichean co-fhreagarrach.