Sreathachadh Metagenomic-TGS
Is e cruinneachadh de stuth ginteil coimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean a th’ ann am meata-ghinome, leithid meata-ghinome àrainneachdail is daonna. Tha genomaichean de meanbh-fhàs-bheairtean a ghabhas àiteachadh agus nach gabh àiteachadh ann. Leigidh sreath-sgrùdadh meata-ghinomeigeach le sgrùdadh a dhèanamh air na cruthan-tìre genomic iom-fhillte seo a tha freumhaichte ann an sampallan eag-eòlasach le bhith a’ toirt seachad barrachd air pròifileadh tacsonamach. Tha e cuideachd a’ tabhann sealladh genomic gnìomhach le bhith a’ sgrùdadh nan ginean còdaichte agus na dreuchdan a tha iad a’ smaoineachadh a tha aca ann am pròiseasan àrainneachdail. Ged a chaidh dòighean-obrach traidiseanta le sreath-làimhe Illumina a chleachdadh gu farsaing ann an sgrùdaidhean meata-ghinomeigeach, tha teachd sreath-sgrùdadh fad-leughaidh Nanopore agus PacBio air an raon atharrachadh. Bidh teicneòlas Nanopore agus PacBio a’ neartachadh mion-sgrùdaidhean bith-fhiosrachaidh sìos an abhainn, gu sònraichte cruinneachadh meata-ghinome, a’ dèanamh cinnteach à cruinneachaidhean nas leantainneach. Tha aithisgean a’ nochdadh gu bheil meata-ghinomeigeach stèidhichte air Nanopore agus stèidhichte air PacBio air genomaichean bacterial iomlan agus dùinte a chruthachadh gu soirbheachail bho meanbh-bhith-bheairtean iom-fhillte (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Tha amalachadh leughaidhean Nanopore le leughaidhean Illumina a’ toirt seachad dòigh-obrach ro-innleachdail airson ceartachadh mhearachdan, a’ lughdachadh cruinneas ìosal nàdarrach Nanopore. Bidh an cothlamadh sineirgisteach seo a’ cleachdadh neartan gach àrd-ùrlar sreathachaidh, a’ tabhann fuasgladh làidir gus faighinn thairis air cuingealachaidhean a dh’fhaodadh a bhith ann agus gus cruinneas agus earbsachd mion-sgrùdaidhean metagenomic a leasachadh.
Àrd-ùrlar: Nanopore PromethION 48, Illumia agus PacBio Revio
Feartan Seirbheis
● Sreathachadh leughaidh fhada air Nanopore P48 (leabharlann 10Kb); PacBio Revio (leabharlann 8Kb)
● Ceartachadh-mhearachdan: sreath-sgrùdadh air Illumina NovaSeq (leabharlann PE150)
Buannachdan Seirbheis
●Co-chruinneachadh Metagenome Àrd-inbhe:Le nas lugha de chontigs aig a bheil leantainneachd nas àirde.
●Cruinneas nas àirde:Comharrachadh ghnèithean agus ro-innse gine gnìomhach.
●Seanadh LeasaichteA’ comasachadh aonaranachd genome bacterial agus mion-sgrùdadh coimeasach metagenome.
●Mion-sgrùdadh Bith-fhiosrachaidh Coileanta:Chan e a-mhàin gu bheil ar mion-sgrùdadh ag amas air iomadachd tacsonamach ach cuideachd air iomadachd gnìomhach a’ choimhearsnachd.
●Eòlas FarsaingTha pailteas eòlais aig an sgioba againn airson gach pròiseact, le eachdraidh soirbheachail ann a bhith a’ dùnadh iomadh pròiseact metagenomics ann an diofar raointean rannsachaidh agus a’ giullachd còrr air 200,000 sampall, tha pailteas eòlais aig an sgioba againn airson gach pròiseact.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Àrd-ùrlar sreathachaidh | Ro-innleachd Sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 cb | 6 / 10 GB |
| PacBio Revio | 8 cb | 10 / 20 GB |
Riatanasan Sampall
| Dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (µg) | Meud (µL) | |
| Leabharlann Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Leabharlann Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Leabharlann PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/cealla | ≥20 |
Sruth-obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
● Smachd Càileachd Dàta Sreathachaidh
● Cruinneachadh Meata-ghenome agus Ro-innse Gine
● Notaichean Gine
● Mion-sgrùdadh Iomadachd Alpha Tacsonamach
● Mion-sgrùdadh Gnìomhach air a’ Choimhearsnachd: Gnìomh Bith-eòlasach, Metabolach, Frith-sheasmhachd an aghaidh Antibiotics
● Mion-sgrùdadh air Iomadachd Gnìomhach agus Tacsonamach:
Mion-sgrùdadh Iomadachd Beta
Mion-sgrùdadh Eadar-bhuidhnean
Mion-sgrùdadh Co-dhàimh: eadar factaran àrainneachdail agus co-dhèanamh agus iomadachd OUT
Sgaoileadh seata gine neo-iomchaidh:
Nòtachadh gine: slighe KEGG
Notaichean gine: eggNOG
Notaichean gine: Gualaisgean CUIMHNEACH
Lìonra co-dhàimh gnèithean:
Rannsaich na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh comasach le seirbheis sreath-ghinealach metagenomics BMKGene le Nanopore + Illumina leis an fhoillseachadh sònraichte seo:
Jin, H. et al. (2023) ‘Cruinneachadh genome àrd-inbhe de mhicrobiome gut daonna muinntir Mongolia a-staigh’, Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), td. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
