Seicheamhachadh Metagenomic (NGS)
Buannachdan seirbheis
ØIomallach agus gun àiteachadh airson ìomhaigh coimhearsnachd microbial
ØFuasgladh àrd ann a bhith a’ lorg gnèithean ìosal ann an sampallan àrainneachd
ØTha am beachd air “meta-” a’ fighe a-steach a h-uile feart bith-eòlasach aig ìre gnìomh, ìre gnè agus ìre gine, a tha a’ nochdadh sealladh fiùghantach a tha nas fhaisge air fìrinn.
ØBidh BMK a’ cruinneachadh eòlas mòr ann an diofar sheòrsaichean sampall le còrr air 10,000 sampall air an giullachd.
Sònrachaidhean seirbheis
| SeicheamhachadhÀrd-ùrlar | Leabharlann | Toradh dàta air a mholadh | An ùine tionndaidh tuairmseach |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 Làithean |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
üSmachd càileachd dàta amh
üCo-chruinneachadh metagenome
üSeata gine neo-fheumail agus nota
üMion-sgrùdadh iomadachd gnè
üMion-sgrùdadh iomadachd gnìomh ginteil
üMion-sgrùdadh eadar-buidhne
üMion-sgrùdadh comann an aghaidh factaran deuchainneach
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
AirsonDNA earrannan:
| Seòrsa Sampall | Suim | dùmhlachd | Purity |
| DNA earrannan | mu 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Airson sampallan àrainneachd:
| Seòrsa sampall | Modh samplachaidh air a mholadh |
| Ùir | Meud sampall: approx.5 g;Feumar an stuth seargach a tha air fhàgail a thoirt air falbh bhon uachdar;bleith pìosan mòra agus a 'dol tro shìoltachain 2 mm;Samhlaidhean Aliquot ann an EP-tube sterile no cyrotube airson a ghlèidheadh. |
| Feces | Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shamhlaichean ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh. |
| Susbaint intestinal | Feumaidh sampaill a bhith air an giullachd fo staid aseptic.Nigh stuth cruinnichte le PBS;Centrifuge am PBS agus cruinnich am precipitant ann an EP-tubes. |
| Sloda | Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shampall sloda ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh |
| Buidheann uisge | Airson sampall le glè bheag de mhicroban, leithid uisge tap, uisge tobar, msaa, Cruinnich co-dhiù 1 L uisge agus gabh tro shìoltachan 0.22 μm gus beairteachadh microbial air an membran.Glèidh an membran ann an tiùb sterile. |
| Craiceann | Dèan sgrìobadh gu faiceallach air uachdar a ’chraicinn le swab cotan sterile no lann lannsa agus cuir ann an tiùb sterile e. |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Reothaich na sampallan ann an nitrigin leaghaidh airson 3-4 uairean agus stòr ann an naitridean leaghan no -80 ceum gu glèidhte fad-ùine.Tha feum air lìbhrigeadh sampall le deigh tioram.
Sruth Obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togalach leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
1.Histogram: Sgaoileadh gnè
Gineadan 2.Functional air an comharrachadh gu slighean meatabileach KEGG
Mapa 3.Heat: Gnìomhan eadar-dhealaichte stèidhichte air pailteas ginealachd càirdeach
4.Circos de ghinean an aghaidh antibiotic CARD
Cùis BMK
Freagarrachd de ghinean an-aghaidh antibiotic agus pathogenan bacteriach air feadh leantainneachd freumhan talmhainn-mangrove
Foillsichte:Iris de Stuthan Cunnartach, 2021
Ro-innleachd sreathachaidh:
Stuthan: Earrannan DNA de cheithir pìosan de shamhlaichean co-cheangailte ri freumh mangrove: ùir gun phlanntachadh, rhizosphere, episphere agus roinnean endosphere
Àrd-ùrlar: Illumina HiSeq 2500
Targaidean: Metagenome
16S rRNA gine V3-V4 roinn
Prìomh thoraidhean
Chaidh seicheamh metagenomic agus pròifil còdaidh metagenomic air leantainneachd freumh-ùir de chraobhan mangrove a phròiseasadh gus sgrùdadh a dhèanamh air sgaoileadh ghinean an-aghaidh antibiotic (ARGn) bhon ùir gu planntaichean.Nochd dàta metagenomic gu robh 91.4% de ghinean an-aghaidh antibiotic air an comharrachadh gu cumanta anns na ceithir roinnean talmhainn a chaidh ainmeachadh gu h-àrd, a sheall fasan leantainneach.Chruthaich seicheamh amplicon 16S rRNA 29,285 sreath, a’ riochdachadh 346 gnè.A’ tighinn còmhla ri pròifilean gnè le bhith a’ leantainn amplicon, chaidh an sgaoileadh seo a lorg neo-eisimeileach bho mhicrobiota co-cheangailte ri freumh, ge-tà, dh’ fhaodadh e a bhith air a chomasachadh le gluasadach de eileamaidean ginteil.Chomharraich an sgrùdadh seo sruthadh ARGn agus pathogens bhon ùir a-steach do na lusan tro leantainneachd freumh-ùir eadar-cheangailte.
Iomradh
Wang, C., Hu, R. , làidir, PJ, Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Freagarrachd de ghinean an-aghaidh antibiotic agus pathogenan bacteriach air feadh leantainneachd freumhan talmhainn-mangrove.Iris de Stuthan Cunnartach, 408, 124985.
