Sequening metagenome sequegs
Tha Metagenoe na chruinneachadh de stuth ginteil iomlan de choimhearsnachd measgaichte de fhàs-bheairtean, leithid Metagenomes Àrainneachd agus Daonna. Tha genomes ann an an dà chuid deas-ghnàthan àiteachadh agus neo-chùramach. Tha sequeenving metagenomic le Greimencing le GNA a 'toirt comas do sgrùdadh na buidhne-tìre as làidire sin a' toirt a-steach barrachd air iomadachd tacsonate, a 'toirt seachad lèirsinneachd cuideachd daineamainteachd gnè, daineamaigs sluaigh, agus structaran sluaigh iom-fhillte. Seanraichte air adhart Bidh tagecamic, WiteGunics cuideachd a 'tabhann sealladh fìor obrach, a' toirt cothrom sgrùdadh air ginean còc-a chaidh a lorg agus na dleastanasan stèidhichte aca ann am pròiseasan eag-eòlasach. Mu dheireadh, tha stèidheachadh lìonraidhean co-cheangal eadar eileamaidean ginteil agus factaran àrainneachd a 'cur ri tuigse shoilleir den mhìn eadar-obrachadh toinnte agus an eachdraidh eag-eòlasach. Anns a 'cho-dhùnadh, tha seasamh ri meguming meettamusmic na sheasamh mar ionnsramaid chudromach airson a bhith a' fuasgladh nan dàimhean meanbh-bhrosnachaidh eadar gintinneachd agus eag-eòlas taobh a-staigh nan eag-shiostaman iom-shiostaman iom-fhillte sin.
Àrd-ùrlaran: illumina novasheq agus dnbseq-t7
Buannachdan Seirbheis
●Atharrachadh aonaranachd agus àiteachas airson Pròifil Coimhearsnachd microbial: A 'comasachadh sreath de stuth ginteil bho fhàs-bheairtean neo-chùramach.
●Sgrùdadh àrd: Lorg gnèithean a tha ìosal ann an sampaill àrainneachd.
●Mion-sgrùdadh bioteficformatics coileanta:Fòcas sam bith chan ann a-mhàin air iomadachd tacsonmatic ach cuideachd air iomadachd gnìomh na coimhearsnachd.
●Eòlas farsaing:Le clàr slighe de dhroch phròiseactan meettamomics ann an grunn raointean rannsachaidh agus a 'giullachd thairis air 200,000 sampalachd, tha an sgioba againn a' toirt beairteas de eòlas ris a h-uile pròiseact.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Àrd-ùrlar senercing | Ro-innleachd SequeNroming | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Illumina novaseq no dnbseq-t7 | PE150 | 6-20gb | Q30SI85% |
Riatanasan seirbheis
| Dùmhlachd (ng / μl) | Suim iomlan (NG) | Tomhas-lìonaidh (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● ùir / slochd: 2-3G
● Beathaiche Susbaint Intestinal: 0.5-2g
● Clàr-mean-chreideas Insestinal: 0.1-0.25g
● uachdar planntrais (grùid beairteach): 0.5-1g
● Boiteadh barrantach grùid a bhrosnaich gu grianach): 0.2-0.5g
● salachar (beathaichean mòra): 0.5-2g
● salachar (luchag): 3-5gins
● Slovage Language Pulmonary Alveoray: Pàipear Filter
● Swab Vaginal: 5-6 Swabs
● Swab / swab / saliva / saliva bog / swab bog / paryngeal Swab / Restal Rectal Swab: 2-3 Swabs
● microorganachd uachdar: 5-6 swabs
● Uisge Uallach / Adhair / Biofilmm: Pàipear Filter
● Kindophytes: 2-3g
● Plac fiaclaireachd: 0.5-1g
Sruth obair seirbheis
Lìbhrigeadh sampaill
Togail leabharlainn
SequeNrings
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh a reic
A 'toirt a-steach an sgrùdadh a leanas:
● A 'senethering smachd càileachd dàta
● Co-chruinneachadh Metagenome agus ro-innse a 'ghàrradh
● Anotation gine
● Mion-sgrùdadh Dùthaich Carcsonmatic
● Mion-sgrùdadh gnìomh air a 'choimhearsnachd: gnìomh bith-eòlasach, metaboolic, antistance antibiotach
● Dèan sgrùdadh air an dà chuid iomadachd obrach is tagsonamach:
Mion-sgrùdadh BEATA Beata
Mion-sgrùdadh eadar-bhuidheann
Mion-sgrùdadh Coisteladh: eadar factaran àrainneachd agus a-mach co-sgrìobhadh agus iomadachd
Mion-sgrùdadh Gnìomhach: Resistance antibiotic a 'cairt
Mion-sgrùdadh eadar-dhealaichte air Slighean Metabolic Kegg: Heart de shlighean cudromach
Iomadachd alpha de chuairteachadh tacsonomic: clàr-amais ace
Iomadachadh beta de chuairteachadh tacsonomic: Pua
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean taidhe meentame BMKgene le Illumina tro chruinneachadh foillseachaidhean air an leigheas.
HAI, Q. et al. (2023) 'Mettagenomic a' daingneachadh atharrachaidhean ann an susbaint incbow breac bogha-froise) Air an galarCrìochan ann am microbiology, 14, td. 1275649. DOI: 10.3389 / fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Coimhearsnachdan DETIFial, Geneser Strus, agus Cunntan ath-reic ann an loch bailteil de dhiofar stumphic: Ceanglaichean taobh a-staigh agus buaidh taobh a-muigh',Iris de stuthan stuthan cunnartach, 9, td. 100233. DOI: 10.1016 / J.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'mion-sgrùdadh metagenomic eadar-dhealachaidhean ann an co-sgrìobhadh agus gnìomh eadar microfalt de luchd-brisidh chaorach a tha co-cheangailte ri luchd-crèige chaorach',Crìochan ann am microbiology, 13, td. 851567. DOI: 10.3389 / fmicb.2022.851567.
Yin, j. et al. (2023) 'reamhar othes ningxiang peabh-dhubh-bhreith a' toirt ath-thagradh geir faillidh feòil feirgean ann am fèithean fillte a bhrosnachadh,An ùr-ghnàthachadh, 4 (5), td. 100486. DOI: 10.1016 / J.Xinne.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Sealladh plastaig Plastaig agus Neo-labhairteach neo-dhrùidhteach ann an raointean àrd-inbhe agus ìosal inbhir, Sìona',Saidheans na h-àrainneachd iomlan, 887, td. 164026. DOI: 10.1016 / J.Scitotenv.2023.164026.
