page_head_bg

Bathar

Seicheamhachadh Metagenomic (NGS)

Tha Metagenome a 'toirt iomradh air cruinneachadh de stuth ginteil iomlan de choimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean, leithid metagenome àrainneachd, metagenome daonna, msaa.Is e inneal moileciuil a th’ ann an seicheamh metagenomic a thathar a’ cleachdadh gus mion-sgrùdadh a dhèanamh air na stuthan genomic measgaichte a chaidh a thoirt a-mach à sampallan àrainneachd, a bheir seachad fiosrachadh mionaideach mu iomadachd gnè agus pailteas, structar sluaigh, dàimh phylogenetic, ginean gnìomh agus lìonra co-dhàimh le factaran àrainneachd.

Àrd-ùrlar:Illumina NovaSeq6000


Mion-fhiosrachadh seirbheis

Toraidhean Demo

Sgrùdadh Cùise

Buannachdan seirbheis

ØIomallach agus gun àiteachadh airson ìomhaigh coimhearsnachd microbial

ØFuasgladh àrd ann a bhith a’ lorg gnèithean ìosal ann an sampallan àrainneachd

ØTha am beachd air “meta-” a’ fighe a-steach a h-uile feart bith-eòlasach aig ìre gnìomh, ìre gnè agus ìre gine, a tha a’ nochdadh sealladh fiùghantach a tha nas fhaisge air fìrinn.

ØBidh BMK a’ cruinneachadh eòlas mòr ann an diofar sheòrsaichean sampall le còrr air 10,000 sampall air an giullachd.

Sònrachaidhean seirbheis

SeicheamhachadhÀrd-ùrlar

Leabharlann

Toradh dàta air a mholadh

An ùine tionndaidh tuairmseach

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 Làithean

Mion-sgrùdadh bioinformatics

üSmachd càileachd dàta amh

üCo-chruinneachadh metagenome

üSeata gine neo-fheumail agus nota

üMion-sgrùdadh iomadachd gnè

üMion-sgrùdadh iomadachd gnìomh ginteil

üMion-sgrùdadh eadar-buidhne

üMion-sgrùdadh comann an aghaidh factaran deuchainneach

2

Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh

Sampall Riatanasan:

AirsonDNA earrannan:

Seòrsa Sampall

Suim

dùmhlachd

Purity

DNA earrannan

mu 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Airson sampallan àrainneachd:

Seòrsa sampall

Modh samplachaidh air a mholadh

Ùir

Meud sampall: approx.5 g;Feumar an stuth seargach a tha air fhàgail a thoirt air falbh bhon uachdar;bleith pìosan mòra agus a 'dol tro shìoltachain 2 mm;Samhlaidhean Aliquot ann an EP-tube sterile no cyrotube airson a ghlèidheadh.

Feces

Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shamhlaichean ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh.

Susbaint intestinal

Feumaidh sampaill a bhith air an giullachd fo staid aseptic.Nigh stuth cruinnichte le PBS;Centrifuge am PBS agus cruinnich am precipitant ann an EP-tubes.

Sloda

Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shampall sloda ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh

Buidheann uisge

Airson sampall le glè bheag de mhicroban, leithid uisge tap, uisge tobar, msaa, Cruinnich co-dhiù 1 L uisge agus gabh tro shìoltachan 0.22 μm gus beairteachadh microbial air an membran.Glèidh an membran ann an tiùb sterile.

Craiceann

Dèan sgrìobadh gu faiceallach air uachdar a ’chraicinn le swab cotan sterile no lann lannsa agus cuir ann an tiùb sterile e.

Lìbhrigeadh sampall air a mholadh

Reothaich na sampallan ann an nitrigin leaghaidh airson 3-4 uairean agus stòr ann an naitridean leaghan no -80 ceum gu glèidhte fad-ùine.Tha feum air lìbhrigeadh sampall le deigh tioram.

Sruth Obrach Seirbheis

logo_02

Lìbhrigeadh sampall

logo_04

Togalach leabharlainn

logo_05

Seicheamhachadh

logo_06

Mion-sgrùdadh dàta

logo_07

Seirbheisean às deidh reic


  • Roimhe:
  • Air adhart:

  • 1.Histogram: Sgaoileadh gnè

    3

    Gineadan 2.Functional air an comharrachadh gu slighean meatabileach KEGG

    4

    Mapa 3.Heat: Gnìomhan eadar-dhealaichte stèidhichte air pailteas ginealachd càirdeach54.Circos de ghinean an aghaidh antibiotic CARD

    6

    Cùis BMK

    Freagarrachd de ghinean an-aghaidh antibiotic agus pathogenan bacteriach air feadh leantainneachd freumhan talmhainn-mangrove

    Foillsichte:Iris de Stuthan Cunnartach, 2021

    Ro-innleachd sreathachaidh:

    Stuthan: Earrannan DNA de cheithir pìosan de shamhlaichean co-cheangailte ri freumh mangrove: ùir gun phlanntachadh, rhizosphere, episphere agus roinnean endosphere
    Àrd-ùrlar: Illumina HiSeq 2500
    Targaidean: Metagenome
    16S rRNA gine V3-V4 roinn

    Prìomh thoraidhean

    Chaidh seicheamh metagenomic agus pròifil còdaidh metagenomic air leantainneachd freumh-ùir de chraobhan mangrove a phròiseasadh gus sgrùdadh a dhèanamh air sgaoileadh ghinean an-aghaidh antibiotic (ARGn) bhon ùir gu planntaichean.Nochd dàta metagenomic gu robh 91.4% de ghinean an-aghaidh antibiotic air an comharrachadh gu cumanta anns na ceithir roinnean talmhainn a chaidh ainmeachadh gu h-àrd, a sheall fasan leantainneach.Chruthaich seicheamh amplicon 16S rRNA 29,285 sreath, a’ riochdachadh 346 gnè.A’ tighinn còmhla ri pròifilean gnè le bhith a’ leantainn amplicon, chaidh an sgaoileadh seo a lorg neo-eisimeileach bho mhicrobiota co-cheangailte ri freumh, ge-tà, dh’ fhaodadh e a bhith air a chomasachadh le gluasadach de eileamaidean ginteil.Chomharraich an sgrùdadh seo sruthadh ARGn agus pathogens bhon ùir a-steach do na lusan tro leantainneachd freumh-ùir eadar-cheangailte.

    Iomradh

    Wang, C., Hu, R. , làidir, PJ, Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Freagarrachd de ghinean an-aghaidh antibiotic agus pathogenan bacteriach air feadh leantainneachd freumhan talmhainn-mangrove.Iris de Stuthan Cunnartach, 408, 124985.

    faigh cuòt

    Sgrìobh do theachdaireachd an seo agus cuir thugainn e

    Cuir do theachdaireachd thugainn: