-
Sreathachadh Meata-ghineach -NGS
Is e metagenome cruinneachadh de stuth ginteil iomlan coimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean, leithid metagenomes àrainneachdail agus daonna. Tha genomes ann de meanbh-fhàs-bheairtean a ghabhas àiteachadh agus nach gabh àiteachadh. Leigidh sreathanachadh metagenomic gunna-spreadhaidh le NGS le sgrùdadh a dhèanamh air na cruthan-tìre genomic iom-fhillte seo a tha freumhaichte ann an sampallan àrainneachdail le bhith a’ toirt seachad barrachd air pròifileadh tacsonamach, a’ toirt sealladh mionaideach cuideachd air iomadachd ghnèithean, daineamaigs pailteas, agus structaran sluaigh iom-fhillte. A bharrachd air sgrùdaidhean tacsonamach, tha metagenomics gunna-spreadhaidh cuideachd a’ tabhann sealladh genomic gnìomhach, a’ comasachadh sgrùdadh a dhèanamh air ginean còdaichte agus na dreuchdan a tha iad a’ smaoineachadh a tha aca ann am pròiseasan eag-eòlasach. Mu dheireadh, tha stèidheachadh lìonraidhean co-dhàimh eadar eileamaidean ginteil agus factaran àrainneachdail a’ cur ri tuigse iomlan air an eadar-chluich iom-fhillte eadar coimhearsnachdan meanbh-fhàs-bheairtean agus an cùl-raon eag-eòlasach. Mar cho-dhùnadh, tha sreathanachadh metagenomic na inneal cudromach airson iom-fhillteachd genomic choimhearsnachdan meanbh-fhàs-bheairtean eadar-mheasgte fhuasgladh, a’ soilleireachadh nan dàimhean ioma-thaobhach eadar gintinneachd agus eag-eòlas taobh a-staigh nan eag-shiostaman iom-fhillte seo.
Àrd-ùrlaran: Illumina NovaSeq agus DNBSEQ-T7
-
Sreathachadh Metagenomic-TGS
Is e cruinneachadh de stuth ginteil coimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean a th’ ann am meata-ghinome, leithid meata-ghinome àrainneachdail is daonna. Tha genomaichean de meanbh-fhàs-bheairtean a ghabhas àiteachadh agus nach gabh àiteachadh ann. Leigidh sreath-sgrùdadh meata-ghinomeigeach le sgrùdadh a dhèanamh air na cruthan-tìre genomic iom-fhillte seo a tha freumhaichte ann an sampallan eag-eòlasach le bhith a’ toirt seachad barrachd air pròifileadh tacsonamach. Tha e cuideachd a’ tabhann sealladh genomic gnìomhach le bhith a’ sgrùdadh nan ginean còdaichte agus na dreuchdan a tha iad a’ smaoineachadh a tha aca ann am pròiseasan àrainneachdail. Ged a chaidh dòighean-obrach traidiseanta le sreath-làimhe Illumina a chleachdadh gu farsaing ann an sgrùdaidhean meata-ghinomeigeach, tha teachd sreath-sgrùdadh fad-leughaidh Nanopore agus PacBio air an raon atharrachadh. Bidh teicneòlas Nanopore agus PacBio a’ neartachadh mion-sgrùdaidhean bith-fhiosrachaidh sìos an abhainn, gu sònraichte cruinneachadh meata-ghinome, a’ dèanamh cinnteach à cruinneachaidhean nas leantainneach. Tha aithisgean a’ nochdadh gu bheil meata-ghinomeigeach stèidhichte air Nanopore agus stèidhichte air PacBio air genomaichean bacterial iomlan agus dùinte a chruthachadh gu soirbheachail bho meanbh-bhith-bheairtean iom-fhillte (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Tha amalachadh leughaidhean Nanopore le leughaidhean Illumina a’ toirt seachad dòigh-obrach ro-innleachdail airson ceartachadh mhearachdan, a’ lughdachadh cruinneas ìosal nàdarrach Nanopore. Bidh an cothlamadh sineirgisteach seo a’ cleachdadh neartan gach àrd-ùrlar sreathachaidh, a’ tabhann fuasgladh làidir gus faighinn thairis air cuingealachaidhean a dh’fhaodadh a bhith ann agus gus cruinneas agus earbsachd mion-sgrùdaidhean metagenomic a leasachadh.
Àrd-ùrlar: Nanopore PromethION 48, Illumia agus PacBio Revio
-
Sreathachadh Amplicon 16S/18S/ITS-PacBio
Tha na ginean rRNA 16S agus 18S, còmhla ris an roinn Internal Transcribed Spacer (ITS), nan comharran lorgan-meòir moileciuil cudromach air sgàth an cothlamadh de roinnean glèidhte agus ro-atharrachail, gan dèanamh nan innealan luachmhor airson a bhith a’ comharrachadh fàs-bheairtean prokaryotic agus eukaryotic. Tha iomadachadh agus sreathanachadh nan roinnean sin a’ tabhann dòigh-obrach gun aonaranachd airson sgrùdadh a dhèanamh air co-dhèanamh agus iomadachd meanbh-fhàs-bheairtean thar diofar eag-shiostaman. Ged a bhios sreathanachadh Illumina mar as trice ag amas air roinnean goirid ro-atharrachail leithid V3-V4 de 16S agus ITS1, chaidh a dhearbhadh gum faodar anotachadh tacsonamach nas fheàrr a choileanadh le bhith a’ sreathanachadh fad slàn 16S, 18S, agus ITS. Bidh an dòigh-obrach choileanta seo a’ leantainn gu ceudadan nas àirde de shreathan air an seòrsachadh gu ceart, a’ coileanadh ìre de rùn a tha a’ leudachadh gu bhith a’ comharrachadh ghnèithean. Tha àrd-ùrlar sreathanachaidh Aon-Moileciuil Fìor-Ùine (SMRT) PacBio a’ seasamh a-mach le bhith a’ toirt seachad leughaidhean fada fìor chruinn (HiFi) a tha a’ còmhdach na h-amplicons làn-fhaid, a’ farpais ri mionaideachd sreathanachadh Illumina. Leigidh an comas seo le luchd-rannsachaidh buannachd gun choimeas fhaighinn - sealladh farsaing air cruth-tìre ginteil. Bidh an còmhdach leudaichte ag àrdachadh gu mòr an rùn ann an comharrachadh ghnèithean, gu sònraichte taobh a-staigh choimhearsnachdan bacteriach no fungach, a’ comasachadh tuigse nas doimhne air iom-fhillteachd sluagh meanbh-fhàs-bheairtean.
-
Sreathachadh Amplicon 16S/18S/ITS-NGS
Tha sreath-chur amplicon le teicneòlas Illumina, a tha ag amas gu sònraichte air na comharran ginteil 16S, 18S, agus ITS, na dhòigh chumhachdach airson fìleoganachd, tacsonamaidh, agus pailteas ghnèithean taobh a-staigh choimhearsnachdan meanbh-bhitheach fhuasgladh. Tha an dòigh-obrach seo a’ toirt a-steach sreath-chur nan roinnean ro-atharrachail de chomharran ginteil taighe. Chaidh a thoirt a-steach an toiseach mar lorgan-meòir moileciuil leWoeses et al.Ann an 1977, tha an dòigh seo air ath-bhualadh a thoirt air pròifileadh meanbh-bhitheagan le bhith a’ comasachadh mion-sgrùdaidhean gun aonaranachd. Tro bhith a’ sreath-sgrùdadh 16S (bacteria), 18S (fungasan), agus Internal Transcribed Spacer (ITS, fungasan), faodaidh luchd-rannsachaidh chan e a-mhàin gnèithean pailt aithneachadh ach cuideachd feadhainn tearc agus neo-aithnichte. Air a ghabhail os làimh gu farsaing mar inneal cudromach, tha sreath-sgrùdadh amplicon air a bhith na phrìomh dhòigh ann a bhith a’ comharrachadh diofar cho-dhèanamh meanbh-bhitheagan thar diofar àrainneachdan, a’ gabhail a-steach beul an duine, caolan, stòl, agus nas fhaide air falbh.
-
Ath-sheicheamhachadh iomlan genome bacteriach is fungach
Tha pròiseactan ath-sheicheamhachadh slàn-ghineam bacteriach is fungach deatamach airson adhartachadh genomaigs meanbh-bhitheach le bhith a’ comasachadh crìochnachadh agus coimeas genomaigs meanbh-bhitheach. Tha seo a’ comasachadh innleadaireachd coipeadh, leasachadh phròiseasan gnìomhachais, agus sgrùdadh shlighean metabolism àrd-sgoile. A bharrachd air an sin, tha ath-sheicheamhachadh fungach is bacteriach deatamach airson tuigse fhaighinn air atharrachadh àrainneachdail, sreathan a leasachadh, agus daineamaigs mean-fhàs ginteil fhoillseachadh, le buaidhean farsaing ann an leigheas, àiteachas, agus saidheans àrainneachd.
-
Seicheamhachadh RNA Prokaryotic
Tha sreathanachadh RNA a’ toirt cumhachd do phròifileadh coileanta a dhèanamh air gach tar-sgrìobhadh RNA taobh a-staigh cheallan fo chumhachan sònraichte. Tha an teicneòlas ùr-nodha seo na inneal cumhachdach, a’ nochdadh pròifilean iom-fhillte de ghnìomhachd gine, structaran gine, agus uidheaman moileciuil co-cheangailte ri diofar phròiseasan bith-eòlasach. Air a chleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh bunaiteach, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, tha sreathanachadh RNA a’ tabhann lèirsinn air iom-fhillteachd daineamaigs ceallach agus riaghladh ginteil. Tha ar giullachd sampall RNA prokaryotic air a dhealbhadh airson tar-sgrìobhaidhean prokaryotic, a’ toirt a-steach crìonadh rRNA agus ullachadh leabharlainn stiùiridh.
-
Sreathachadh Metatarr-sgrìobhaidh
A’ cleachdadh teicneòlas sreath-chuir Illumina, bidh seirbheis sreath-chuir metatarr-sgrìobhaidh BMKGENE a’ foillseachadh gnìomhachd fiùghantach gine ann an raon farsaing de mhiocroban, bho eukaryotes gu prokaryotes agus bhìorasan, taobh a-staigh àrainneachdan nàdarra leithid ùir, uisge, muir, stòl, agus a’ ghut. Tha an t-seirbheis choileanta againn a’ toirt cumhachd do luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air pròifilean iomlan gnìomhachd gine ann an coimhearsnachdan meanbh-fhàs-bheairtean iom-fhillte. A bharrachd air mion-sgrùdadh tacsonamach, bidh an t-seirbheis sreath-chuir metatarr-sgrìobhaidh againn a’ comasachadh rannsachadh a-steach do bheairteachadh gnìomh, a’ toirt solas air ginean a tha air an cur an cèill ann an diofar dhòighean agus na dreuchdan aca. Faigh a-mach pailteas de lèirsinn bhitheòlasach fhad ‘s a bhios tu a’ seòladh tro chruthan-tìre iom-fhillte gnìomhachd gine, iomadachd tacsonamach, agus daineamaigs gnìomh taobh a-staigh nan àiteachan àrainneachdail eadar-mheasgte sin.
-
Co-chruinneachadh Genome Fungal ùr
Tha BMKGENE a’ tabhann fuasglaidhean ioma-chruthach airson genomaichean fungach, a’ freagairt air feumalachdan rannsachaidh eadar-mheasgte agus iomlanachd genome a tha a dhìth. Le bhith a’ cleachdadh sreath-ghoirid Illumina leis fhèin, faodar dreachd genome a chruthachadh. Tha sreath-ghoirid agus sreath-ghoirid leughaidh fhada a’ cleachdadh Nanopore no Pacbio air an cur còmhla airson genome fungach nas grinne le contigs nas fhaide.
-
Co-chruinneachadh Genome Bacterial ùr
Bidh sinn a’ toirt seachad seirbheis iomlan cruinneachaidh genome bacterial, a’ gealltainn 0 beàrnan. Tha seo comasach le bhith ag amalachadh teicneòlasan sreath-leughaidh fhada, leithid Nanopore agus PacBio airson cruinneachaidh agus sreath-leughaidh ghoirid le Illumina airson dearbhadh cruinneachaidh agus ceartachadh mhearachdan leughaidhean ONT. Bidh an t-seirbheis againn a’ toirt seachad an sruth-obrach bith-fhiosrachaidh iomlan bho chruinneachadh, anotachadh gnìomh, agus mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh adhartach, a’ coileanadh amasan rannsachaidh sònraichte. Leigidh an t-seirbheis seo le leasachadh genomes iomraidh mionaideach airson diofar sgrùdaidhean ginteil agus genomic. A bharrachd air an sin, tha e a’ cruthachadh a’ bhunait airson tagraidhean leithid leasachadh strain, innleadaireachd ginteil, agus leasachadh teicneòlas meanbh-fhàs-bheairtean, a’ dèanamh cinnteach à dàta genomic earbsach agus gun beàrnan a tha deatamach airson adhartachadh lèirsinn saidheansail agus ùr-ghnàthachadh bith-theicneòlais.
