-
Cruinneachadh Gìnom T2T | Seicheamhachadh Ultra-fhada
’S e Genome T2T (Telomere-gu-Telomere) an ìre òir airson cruinneachadh genome àrd-inbhe, a’ toirt iomradh air ath-thogail genome air sgèile cromosome gun bheàrn no gun bheàrn, a’ dol bho aon telomere chun an telomere eile, agus a’ briseadh crìochan briseadh-sìos cruinneachadh genome àbhaisteach.
Air a chumhachdachadh le sreath-leughaidh ultra-fhada bunaiteach ONT agus air a thoirt a-steach le sreath-leughaidh domhainn ioma-àrd-ùrlar agus loidhnichean-phìoban bith-fhiosrachaidh leasaichte, tha fuasgladh Genome BMKGENE T2T ag amas air na “roinnean dorcha” genomic as do-ruigsinneach - telomeres (co-thàthaidhean niùclasach sònraichte aig cinn cròmasoman eukaryotic), centromeres organsaigh nas àirde (sreathan ath-aithris tandem mòra), agus roinnean haplotype ath-aithris is heterozygous iom-fhillte eile, a tha air a bhith do-fhuasgladh airson ùine mhòr airson sreath-leughaidh fada àbhaisteach. Eu-coltach ri leughaidhean fada àbhaisteach nach eil a’ dol tarsainn air na roinnean sin agus ag adhbhrachadh tuiteam sreath no contigs chimeric, faodaidh leughaidhean ultra-fhada ONT a dhol thairis air beàrnan nach gabh a chruinneachadh agus roinnean iom-fhillte. Tha BMKGene dealasach a thaobh genomes T2T àrd-inbhe gun bheàrn no às aonais bheàrn a lìbhrigeadh airson gnèithean eadar-mheasgte.
Bidh togail genome T2T a’ fosgladh roinnean genomic iom-fhillte nach robh ruigsinneach roimhe, a’ lìonadh beàrnan rannsachaidh èiginneach, agus a’ toirt seachad dàta bunaiteach làidir, àrd-chruinneas airson sgrùdaidhean domhainn a’ gabhail a-steach mean-fhàs ghnèithean, mèinneadh ginean gnìomhach, briodadh moileciuil, leigheas mionaideach agus rannsachadh saidheansail ùr-nodha eile.
-
Pròtain-eòlas
Tha Proteomics ag amas air pròtainean—na luchd-gnìomha air gnìomhan beatha a tha a’ cluich pàirt chudromach ann an riaghladh tar-sgrìobhaidh organach. Bidh e a’ dèanamh anailis air co-dhèanamh, ìrean abairteachd, agus staidean atharrachaidh a h-uile pròtain a bhios ag atharrachadh gu dinamach ann am figheagan no ceallan, a’ dèiligeadh ri buaidh mhòr daineamaigs pailteas proteome air diofar phròiseasan beatha. Air a chleachdadh gu farsaing ann an leigheas, àiteachas, agus tuathanachas bheathaichean. Bidh Proteomics Càileachdail a’ cleachdadh teicneòlas comharrachaidh pròtain HPLC-MS/MS gus sampallan a chomharrachadh a’ gabhail a-steach stiallan gel, IP, agus sampallan CO-IP/Pull down. Bidh Proteomics Cainneachdail a’ coileanadh tomhas agus comharrachadh ceart air a h-uile pròtain a tha air a chur an cèill le genome no ann an siostam measgaichte iom-fhillte. Tha teicneòlasan proteomics cainneachdail gnàthach air an seòrsachadh sa mhòr-chuid ann an dòighean-obrach le bileagan (TMT) agus gun bileagan (Label Free, DIA, PRM). Bidh BMKGENE a’ toirt seachad fuasglaidhean proteomics ioma-àrd-ùrlar agus ioma-theicneòlais.
-
Metabolaimigeachd
Tha metabolomics, cuspair leantainneach de genomics, ag amas sa mhòr-chuid air stuthan beaga-mholacileach le cuideam moileciuil nas lugha na 1500 Da. Leigidh e le metabolites freagairtean fàs-bheairtean do bhrosnachaidhean taobh a-muigh agus atharrachaidhean fiseòlasach/pathologach a nochdadh ann an dòigh nas mothachaile. Tha atharrachaidhean ìre metabolite air an adhbhrachadh le atharrachaidhean ginteil cuideachd taobh a-staigh raon rannsachaidh, a’ toirt seachad sealladh rannsachaidh ùr.
Tha BMKGENE a’ tabhann raon iomlan de sheirbheisean metabolomics, a’ gabhail a-steach metabolomics neo-thargaideach, metabolomics farsaing-thargaideach, agus metabolomics targaideach. Le bhith a’ cleachdadh cromatagrafaidheachd leaghaidh-speictreamachd mais (LC-MS) no cromatagrafaidheachd gas-speictreamachd mais (GC-MS), faodar na h-atharrachaidhean fiùghantach anns a’ mhòr-chuid de mheitibilitean beaga-mhóileciuil ann am fàs-bheairtean ro agus às deidh brosnachadh bhon taobh a-muigh a lorg. Tha cridhe nan seirbheisean seo na laighe ann a bhith a’ comharrachadh metabolitean le eadar-dhealachaidhean mòra eadar buidhnean deuchainneach agus smachd agus a’ sgrùdadh an co-dhàimh ri atharrachaidhean fiseòlasach/pathologach agus na dòighean bunaiteach.
-
Seicheamhachadh mRNA/LncRNA/CircRNA exosomal - Illumina
Is e builgeanan beaga a th’ ann an exosomes a bhios ceallan a’ leigeil ma sgaoil, mar as trice eadar 30 agus 100 nanometers ann an trast-thomhas. Tha diofar RNA anns na builgeanan seo. Thathas a’ creidsinn gu bheil exosomes a’ cluich phàirtean cudromach ann an conaltradh eadar-cheallach, freagairtean dìonachd, agus leasachadh ghalaran, agus faodar an sgaoileadh gu pàirtean eile den bhodhaig tro lionntan bodhaig leithid plasma, seile, agus fual. Bidh iad a’ giùlan bith-mholacilean sònraichte gus gnìomhan cheallan a gheibh iad a riaghladh, a’ toirt buaidh air staidean fiseòlasach cealla. Thathas cuideachd den bheachd gu bheil exosomes a’ cluich phàirtean cudromach ann an leasachadh ghalaran, a’ gabhail a-steach aillsean, galairean neurodegenerative, agus cumhaichean sèididh. Tha rannsachadh air exosomes a’ tabhann lèirsinn agus dhòighean ùra airson galairean a dhearbhadh, a làimhseachadh agus a chasg.
-
Seicheamhachadh RNA Beag Exosomal - Illumina
Is e builgeanan beaga a th’ ann an exosomes a thèid a leigeil ma sgaoil le ceallan, mar as trice le trast-thomhas eadar 30 agus 100 nanometers. Tha diofar RNA anns na builgeanan seo. Am measg nan seòrsaichean RNA ann an exosomes, is e microRNA (miRNA) an fheadhainn as cumanta agus as motha a chaidh a sgrùdadh gu farsaing. Tha miRNA na chlas de RNAs beaga neo-chòdaidh timcheall air 18-25 niùclasaid a dh'fhaid. Bidh iad a’ meadhanachadh sàmhchair gine às dèidh tar-sgrìobhaidh le bhith a’ ceangal ris an roinn neo-eadar-theangaichte 3′ (3′ UTR) de mRNAs targaid, agus mar sin a’ riaghladh abairt gine. Mar eisimpleir, tha miRNAs sònraichte ann an exosomes a thèid a leigeil ma sgaoil le ceallan tumhair sònraichte, leithid miR-126 agus miR-92a. Faodaidh na miRNAs seo buaidh a thoirt air abairt gine ann an ceallan a gheibh e agus angiogenesis tumhair adhartachadh (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Tar-sgrìobhadh Spàsail
’S e dòigh-obrach a th’ ann an transcriptomics spàsail a leigeas leinn glacadh agus dealbh a dhèanamh de abairtean gine taobh a-staigh fhigheagan. Faodaidh seo a bhith deatamach airson tuigse fhaighinn air mar a bhios ceallan ag eadar-obrachadh.
Tha diofar àrd-ùrlaran ann airson an dòigh-obrach seo. Air a’ chùis seo, tha BMKGene air BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip a leasachadh, àrd-ùrlar a bhios a’ meudachadh coileanadh an teicneòlais, a’ ruighinn rùn fo-cheallach agus a’ comasachadh suidheachadh rùn ioma-ìre.
Tha an sliseag seo a’ cuairteachadh 4.2 millean spot le bhith a’ cleachdadh teicneòlas peutantaichte de mhicro-tholl air an cur ann an sreathan le grìogagan làn de phroban le còd-barra gu spàsail. Leis an dòigh seo, às dèidh an glacadh agus an iomadachadh, gheibh sinn leabharlann cDNA air a neartachadh leis na sampallan le còd-barra a tha co-chòrdail ri Illumina.
Air an dàta, tha measgachadh de chòd-barra fànais agus UMIan a’ dèanamh cinnteach à cruinneas agus sònrachas an dàta a chaidh a chruthachadh. Le bhith a’ cothlamadh a h-uile rud gu h-àrd, tha BMKManu a’ toirt seachad suidheachadh dàta air leth ioma-chruthach.
-
Leabharlannan DNBSEQ ro-dhèanta
’S e teicneòlas ùr-ghnàthach NGS a th’ ann an DNBSEQ, air a leasachadh le MGI, a tha air a bhith soirbheachail ann a bhith a’ lughdachadh cosgaisean sreathachaidh nas fhaide agus a’ meudachadh an toraidh. Tha ullachadh leabharlannan DNBSEQ a’ toirt a-steach briseadh DNA, ullachadh ssDNA, agus leudachadh cearcall rollaidh gus na nanoballs DNA (DNB) fhaighinn. Tha iad sin an uairsin air an luchdachadh air uachdar cruaidh agus às deidh sin air an sreathachadh le Probe-Anchor Synthesis co-mheasgaichte (cPAS). Bidh teicneòlas DNBSEQ a’ cothlamadh buannachdan ìre mearachd leudachaidh ìosal le bhith a’ cleachdadh phàtranan mearachd dùmhlachd àrd le nanoballs, agus mar thoradh air sin tha sreathachadh le toraidh agus cruinneas nas àirde.
Leigidh an t-seirbheis sreath-sgrìobhaidh leabharlainn ro-dhèanta againn le luchd-ceannach leabharlannan sreath-sgrìobhaidh Illumina ullachadh bho dhiofar thùsan (mRNA, genome slàn, amplicon, leabharlannan 10x, am measg feadhainn eile), a thèid an tionndadh gu leabharlannan MGI anns na deuchainn-lannan againn gus an tèid an sreath-sgrìobhadh ann an DNBSEQ-T7, a’ comasachadh meudan mòra dàta aig cosgaisean nas ìsle.
-
Eadar-obrachadh Chromatin stèidhichte air Hi-C
’S e dòigh a th’ ann an Hi-C a chaidh a dhealbhadh gus rèiteachadh genomic a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisgeachd agus sreath àrd-toraidh. Tha an dòigh stèidhichte air ceangal cromatin le formaldehyde, agus an uairsin cnàmhadh agus ath-cheangal ann an dòigh nach cruthaich ach pìosan a tha ceangailte gu covalent toraidhean ceangail. Le bhith a’ sreath nan toraidhean ceangail seo, tha e comasach sgrùdadh a dhèanamh air eagrachadh 3D a’ ghineim. Leigidh Hi-C le sgrùdadh a dhèanamh air sgaoileadh nan earrannan den ghineim a tha air am pacadh gu aotrom (roinnean A, euchromatin) agus nas dualtaiche a bhith gnìomhach gu tar-sgrìobhaidh, agus na roinnean a tha air am pacadh nas dlùithe (roinnean B, Heterochromatin). Faodar Hi-C a chleachdadh cuideachd gus Fearann Co-cheangailte gu Topologically (TADs) a chomharrachadh, roinnean den ghineim aig a bheil structaran fillte agus a tha dualtach pàtrain abairt coltach riutha, agus gus lùban cromatin a chomharrachadh, roinnean DNA a tha ceangailte ri chèile le pròtainean agus a tha gu tric air an neartachadh ann an eileamaidean riaghlaidh. Bidh seirbheis sreath Hi-C aig BMKGene a’ toirt cumhachd do luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air tomhasan fànais genomics, a’ fosgladh shlighean ùra airson tuigse fhaighinn air riaghladh genome agus a bhuaidh air slàinte agus galair.
-
Fuasgladh mRNA làn-fhaid PacBio 2+3
Ged a tha sreath-sgrùdadh mRNA stèidhichte air NGS na inneal ioma-chruthach airson a bhith a’ tomhas abairt gine, tha an earbsa a th’ aige ann an leughaidhean goirid a’ cuingealachadh a èifeachdas ann an mion-sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte. Air an làimh eile, bidh sreath-sgrùdadh PacBio (Iso-Seq) a’ cleachdadh teicneòlas leughaidh fhada, a’ comasachadh sreath-sgrùdadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-fhaid. Tha an dòigh-obrach seo a’ comasachadh sgrùdadh coileanta air splicing eile, fusions gine, agus poly-adenylation, ged nach e seo am prìomh roghainn airson tomhas abairt gine. Bidh an cothlamadh 2+3 a’ lìonadh a’ bheàirn eadar Illumina agus PacBio le bhith an urra ri leughaidhean PacBio HiFi gus an seata iomlan de isoforms tar-sgrìobhaidh a chomharrachadh agus sreath-sgrùdadh NGS gus na h-isoforms co-ionann a thomhas.
Àrd-ùrlaran: PacBio Refio agus Illumina NovaSeq
-
Mion-sgrùdadh Comann air feadh a’ Ghineim
’S e amas Sgrùdaidhean Comann Genome-Wide (GWAS) atharrachaidhean ginteil (genotypes) a chomharrachadh a tha ceangailte ri feartan sònraichte (phenotypes). Le bhith a’ sgrùdadh comharran ginteil air feadh a’ genome gu lèir ann an àireamh mhòr de dhaoine fa leth, bidh GWAS a’ dèanamh a-mach ceanglaichean genotype-phenotype tro mhion-sgrùdaidhean staitistigeil aig ìre sluaigh. Tha an dòigh-obrach seo a’ faighinn tagraidhean farsaing ann an rannsachadh ghalaran daonna agus a’ sgrùdadh ginean gnìomhach co-cheangailte ri feartan iom-fhillte ann am beathaichean no lusan.
Aig BMKGENE, tha sinn a’ tabhann dà dhòigh airson GWAS a dhèanamh air sluaghan mòra: a bhith a’ cleachdadh Whole-Genome Sequencing (WGS) no a’ roghnachadh dòigh sreath-ghineamach le riochdachadh nas lugha, an Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) a chaidh a leasachadh san taigh. Ged a tha WGS freagarrach airson genomaichean nas lugha, tha SLAF a’ nochdadh mar roghainn eile a tha èifeachdach a thaobh cosgais airson sgrùdadh a dhèanamh air sluaghan nas motha le genomaichean nas fhaide, a’ lughdachadh chosgaisean sreath-ghineamach gu h-èifeachdach, agus aig an aon àm a’ gealltainn èifeachdas àrd ann a bhith a’ lorg comharran ginteil.
-
Seicheamhachadh RNA aon-niùclas
Tha leasachadh dhòighean glacaidh is togail leabharlainn gnàthaichte aon-chealla, còmhla ri sreathan àrd-toraidh, air ath-bhualadh a thoirt air sgrùdaidhean air abairtean gine aig ìre na cealla. Tha an t-adhartas seo a’ leigeil le mion-sgrùdadh nas doimhne agus nas coileanta a bhith ann air sluaghan cealla iom-fhillte, a’ faighinn thairis air na crìochan co-cheangailte ri cuibheasachd abairtean gine thar gach cealla agus a’ gleidheadh an fhìor neo-chunbhalachd taobh a-staigh nan sluaghan sin. Ged a tha buannachdan do-sheachanta aig sreathan RNA aon-chealla (scRNA-seq), tha e a’ tighinn tarsainn air dùbhlain ann an cuid de fhigheagan far a bheil cruthachadh crochadh aon-chealla duilich agus far a bheil feum air sampallan ùra. Aig BMKGene, bidh sinn a’ dèiligeadh ris a’ chnap-starra seo le bhith a’ tabhann sreathan RNA aon-niùclas (snRNA-seq) a’ cleachdadh teicneòlas 10X Genomics Chromium aig ìre na h-ealain. Tha an dòigh-obrach seo a’ leudachadh speactram nan sampallan a tha freagarrach airson mion-sgrùdadh transcriptome aig ìre aon-chealla.
Tha dealachadh nan niùclas air a choileanadh tron chip ùr-ghnàthach 10X Genomics Chromium, anns a bheil siostam microfluidics ochd-sianalan le croisean dùbailte. Taobh a-staigh an t-siostaim seo, tha grìogagan gel anns a bheil còdan-barra, prìmearan, einsìmean, agus aon niùclas air an glacadh ann am boinneagan ola meud nanoliter, a’ cruthachadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Às deidh cruthachadh GEM, bidh lysis cealla agus leigeil ma sgaoil còd-barra a’ tachairt taobh a-staigh gach GEM. Às deidh sin, bidh moileciuilean mRNA a’ faighinn tar-sgrìobhadh cùil gu cDNAn, a’ toirt a-steach còdan-barra 10X agus Aithnichearan Moileciuil Sònraichte (UMIs). Tha na cDNAn sin an uairsin air an cur fo thogail leabharlann sreath àbhaisteach, a’ comasachadh sgrùdadh làidir is coileanta air pròifilean abairtean gine aig ìre aon-chealla.
Àrd-ùrlar: 10 × Àrd-ùrlar Genomics Chromium agus Illumina NovaSeq
-
Sreathachadh Ginòma Iomlan Lusan/Ainmhich
Is e Sreathachadh Genome Iomlan (WGS) dòigh a thathas a’ cleachdadh gus sreath DNA iomlan genome organsaigh a dhearbhadh aig aon àm.
Mar as trice, bidh an t-seirbheis air a roinn ann an dà bhuidheann eadar-dhealaichte a rèir mar a tha genome iomraidh ann:
- Ùr-nodhasreath-chruthachadh iomlan a’ ghinòma.Anns an t-suidheachadh seo, chan eil genome iomraidh ri fhaighinn airson a’ ghinòma a tha ri shreathachadh, agus air an adhbhar sin, is e amas an t-sreathachaidh seo a chruthachadh (no fear a th’ ann mar-thà a leasachadh). Feumaidh an dòigh seo dàta Illumina agus sreathachadh leughaidh fhada a chleachdadh gus cruinneachadh a’ ghinòma a leasachadh le bhith a’ cruthachadh tar-lùbadh eadar leughaidhean.
- Ath-sheicheamh.Tha e a’ toirt iomradh air sreath iomlan genome diofar dhaoine fa leth de ghnèithean le genomes iomraidh aithnichte. Air a’ bhunait seo, faodar na h-eadar-dhealachaidhean genomic de dhaoine fa leth no sluaghan a chomharrachadh nas fhaide.
-
Sreathachadh mRNA làn-fhaid - Nanopore
Ged a tha sreath-sgrùdadh mRNA stèidhichte air NGS na inneal ioma-chruthach airson a bhith a’ tomhas abairt gine, tha an eisimeileachd a th’ aige air leughaidhean goirid a’ cuingealachadh a èifeachdas ann an mion-sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte. Air an làimh eile, bidh sreath-sgrùdadh nanopore a’ cleachdadh teicneòlas leughaidh fhada, a’ comasachadh sreath-sgrùdadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-fhaid. Tha an dòigh-obrach seo a’ comasachadh sgrùdadh coileanta air spliseadh eile, co-aonaidhean gine, poly-adenylation, agus tomhas isoforms mRNA.
Tha sreath nanopore, dòigh a tha an urra ri comharran dealain fìor-ùine aon-mhóileciuil nanopore, a’ toirt seachad toraidhean ann an àm fìor. Air a stiùireadh le pròtainean motair, bidh DNA dà-shreath a’ ceangal ri pròtainean nanopore a tha air an leabachadh ann am biofilm, a’ sgaoileadh fhad ‘s a tha e a’ dol tron t-sianal nanopore fo eadar-dhealachadh bholtaids. Tha na comharran dealain sònraichte a thèid a chruthachadh le diofar bhunaitean air an t-sreang DNA air an lorg agus air an seòrsachadh ann an àm fìor, a’ comasachadh sreath niùclasaid ceart agus leantainneach. Tha an dòigh-obrach ùr-ghnàthach seo a’ faighinn thairis air cuingealachaidhean leughaidh ghoirid agus a’ toirt seachad àrd-ùrlar fiùghantach airson mion-sgrùdadh genomic iom-fhillte, a’ gabhail a-steach sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte, le toraidhean sa bhad.
Àrd-ùrlar: Nanopore PromethION 48
