Seicheamhachadh RNA Prokaryotic
Feartan
● Bha giullachd sampall RNA a’ toirt a-steach crìonadh rRNA agus an uair sin ullachadh leabharlann RNA treòraichte.
● Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh stèidhichte air co-thaobhadh ri genome iomraidh
● Tha mion-sgrùdadh a’ gabhail a-steach abairt gine agus DEGan ach cuideachd structar tar-sgrìobhaidh agus mion-sgrùdadh sRNA
Buannachdan Seirbheis
●Smachd Càileachd TeannBidh sinn a’ cur prìomh phuingean smachd an gnìomh thar gach ìre, bho ullachadh shampaill is leabharlainn gu sreath-sgrùdadh is bith-fhiosrachaidh. Bidh an sgrùdadh mionaideach seo a’ dèanamh cinnteach gu bheil toraidhean àrd-inbhe air an lìbhrigeadh gu cunbhalach.
●Dàta Sreathachaidh Sònraichte do Shreangan: air sgàth 's gu bheil ullachadh leabharlann RNA treòraichte, a' comasachadh aithneachadh tar-sgrìobhaidhean an-aghaidh mothachaidh.
●Mion-sgrùdadh iomlan a tha freagarrach do thranscriptomes prokaryoticTha an loidhne-phìoban bith-fhiosrachaidh a’ toirt a-steach chan e a-mhàin mion-sgrùdadh air abairt gine ach cuideachd mion-sgrùdadh air structar an tar-sgrìobhaidh, a’ gabhail a-steach comharrachadh operons, UTRn agus luchd-adhartachaidh. Tha e cuideachd a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh air sRNAn, is e sin annotachadh agus ro-innse structar àrd-sgoile agus targaidean.
●Taic às dèidh reicTha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air a’ phròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air a’ phròiseact, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Riatanasan Sampall agus Lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta a thathar a’ moladh | Smachd Càileachd |
| Leabharlann stiùiridh air a lughdachadh le rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Riatanasan Eisimpleir:
| Dùmhlachd (ng/μl) | Meud (μg) | Purrachd | Ionracas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Truailleadh pròtain no DNA cuibhrichte no gun truailleadh idir air a shealltainn air a’ ghel. | RIN≥6.5 |
Lìbhrigeadh Sampall a thathar a’ moladh
Soitheach: tiùb centrifuge 2 ml (Chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileagan sampall: Buidheann+ath-aithris m.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Luingearachd:
1. Deigh thioram: Feumar sampallan a phacaigeadh ann am pocannan agus an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhachd RNA (me RNAstable®) agus an cur aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth-obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togail leabharlainn
Seicheamhachadh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às dèidh reic
Sruth-obrach Mion-sgrùdadh Bith-fhiosrachaidh
A’ gabhail a-steach an anailis a leanas:
● Smachd càileachd dàta amh
● Co-thaobhadh ris a’ ghinòm iomraidh
● Measadh Càileachd Leabharlainn: neo-riaghailteachd briseadh RNA, meud cuir a-steach agus sàthadh sreath
● Notaichean gnìomhach air ginean còdaidh ro-innseach
● Mion-sgrùdadh Abairtean: co-dhàimh agus Mion-sgrùdadh Prìomh Cho-phàirtean (PCA)
● Eadar-dhealachadh ann an Abairteachadh Gine (DEGan)
● Notaichean gnìomhach agus beairteachadh DEGan
● Mion-sgrùdadh sRNA: ro-innse, anotachadh, targaid, agus ro-innse structar àrd-sgoile
● Mion-sgrùdadh Structar Tar-sgrìobhaidh: operons, suidheachaidhean tòiseachaidh is crìochnachaidh, roinn gun eadar-theangachadh (UTS), brosnaichear, agus mion-sgrùdadh SNP/InDel
Sàthadh sreath
Notaichean gnìomhach air ginean còdaidh
Co-dhàimh eadar sampallan
Mion-sgrùdadh air Ginean Eadar-dhealaichte a tha air an Cur an cèill (DEGan)
Mion-sgrùdadh beairteachaidh gnìomhach
anotachadh sRNA
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean sreathan mRNA làn-fhaid Nanopore aig BMKGene san fhoillseachadh sònraichte seo.
Guan, CP et al. (2018) ‘Atharrachaidhean Cruinneil ann an Tar-sgrìobhaidhean Staphylococcus epidermidis a chruthaicheas biofilm mar Fhreagairt do Alcaloids Iomlan Sophorea alopecuroides’,Iris Phòlach air Meanbh-bhitheòlas, 67(2), td. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
