Bathar

Seicheamh RNA prokaryotic

Bidh seicheamh RNA prokaryotic a’ cleachdadh sreath an ath ghinealach (NGS) gus làthaireachd agus meud RNA a nochdadh aig àm sònraichte, le bhith a’ dèanamh anailis air an tar-sgrìobhadh cealla caochlaideach.Tha sreath prokaryotic RNA na companaidh againn ag amas gu sònraichte air prokaryotes le genomes iomraidh, a’ toirt dhut pròifil tar-sgrìobhaidh, mion-sgrùdadh structar gine, msaa.

Àrd-ùrlar: Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq

Cuir fios thugainn

Mion-fhiosrachadh seirbheis

Sònrachaidhean seirbheis

Àrd-ùrlar: àrd-ùrlar Illumina NovaSeq, PE150

Seòrsa leabharlainn: 350bp cuir a-steach leabharlann cDNA (an urra ri cuairteachadh as àirde)

Ro-innleachd sreathachaidh: Càraid-Deireadh 150 bp

Suim dàta a mholadh: 2 Gb dàta amh / sampall

Bith-fiosrachadh

(1) Smachd càileachd dàta ann an òrdugh: cuairteachadh nucleotide, cuairteachadh càileachd bonn, measadh co-mheas rRNA;

(2) Mion-sgrùdadh co-thaobhadh seicheamhan: Staitistig toradh co-thaobhadh, Saturation of seicheamhachadh, Còmhdach sreathachaidh;

(3) Comharrachadh genome iomraidh (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Mion-sgrùdadh brìgh: Sgaoileadh abairt (Le dà shampall no barrachd), Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar sampallan (mion-sgrùdadh Venn, mion-sgrùdadh co-dhàimh, mion-sgrùdadh PCA);

(5) Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte (Le dà shampall no barrachd);

(6) Mion-sgrùdadh seata gine: mion-sgrùdadh Venn, mion-sgrùdadh cruinneachadh, mion-sgrùdadh nota gnìomh (COG, GO, KEGG), Mion-sgrùdadh beairteachadh gnìomh (GO, KEGG), graf cordal beairteachadh gnìomh, mion-sgrùdadh Ipath;

(7) mion-sgrùdadh sRNA: ro-innse sRNA, nota sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), ro-innse structar àrd-sgoile sRNA, ro-innse gine targaid sRNA;

(8) Mion-sgrùdadh structar tar-sgrìobhaidh: mion-sgrùdadh Operon, ro-innse làraich tòiseachaidh is crìochnachaidh tar-sgrìobhaidh, comharrachadh agus mion-sgrùdadh UTR, ro-innse sreath adhartaiche, mion-sgrùdadh SNP / InDel (nòta SNP / InDel, cuairteachadh roinneil SNP / InDel, staitistig SNP).