● Dà phannal exome rim faighinn stèidhichte air beairteachadh targaid le proban: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) agus xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Sreathachadh air Illumina NovaSeq.
● Pìob-loidhne bith-fhiosrachaidh a tha ag amas air mion-sgrùdadh galair no mion-sgrùdadh tumhair.
●A’ targaideadh roinn còdaidh pròtainLe bhith a’ glacadh agus a’ cur sreath air roinnean còdaidh pròtain, thathar a’ cleachdadh hWES gus atharrachaidhean co-cheangailte ri structar pròtain fhoillseachadh.
●Cosg-èifeachdach:Bidh hWES a’ toirt a-mach timcheall air 85% de na mùthaidhean co-cheangailte ri galairean daonna bho 1% de ghinòm an duine.
●Cruinneas ÀrdLe doimhneachd sreath àrd, bidh hWES a’ comasachadh lorg atharrachaidhean cumanta agus atharrachaidhean tearc le triceadan nas ìsle na 1%.
●Smachd Càileachd TeannBidh sinn a’ cur an gnìomh còig prìomh phuingean smachd thar gach ìre, bho ullachadh shampaill is leabharlainn gu sreath-sgrùdadh agus bith-fhiosrachadh. Bidh an sgrùdadh mionaideach seo a’ dèanamh cinnteach gun tèid toraidhean àrd-inbhe a lìbhrigeadh gu cunbhalach.
●Mion-sgrùdadh Bith-fhiosrachaidh CoileantaTha ar loidhne-phìoban a’ dol nas fhaide na bhith a’ comharrachadh atharrachaidhean air a’ ghìneom iomraidh, oir tha e a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh adhartach a chaidh a dhealbhadh gus dèiligeadh gu sònraichte ri ceistean rannsachaidh co-cheangailte ri taobhan ginteil ghalaran no mion-sgrùdadh tumhair.
●Taic às dèidh reic:Tha ar gealladh a’ dol nas fhaide na crìoch a chur air pròiseact le ùine seirbheis às dèidh reic 3 mìosan. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann obair leanmhainn air pròiseactan, cuideachadh le fuasgladh dhuilgheadasan, agus seiseanan C&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
| Ro-innleachd Glacaidh Exon | Ro-innleachd Sreathachaidh | Toradh Dàta a thathar a’ Moladh |
| Tagh Sure Human All Exon v6 (Agilent) no Pannal Tar-chinealachachaidh Exome xGen v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 GB Airson eas-òrdughan/galairean tearc Mendelian: > 50x Airson sampallan tumhair: ≥ 100x |
| Seòrsa Sampall
| Suim(Qubit®)
| Dùmhlachd | Meud
| Purity (NanoDrop™) |
|
DNA genomic
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1.8-2.0 gun mhilleadh, gun truailleadh
|
Tha mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail air sampallan galair hWES a’ gabhail a-steach:
● Dàta sreathachaidh QC
● Co-thaobhadh Gìneam Iomraidh
● Comharrachadh SNPan agus InDels
● Mìneachadh Gnìomhach air SNPan agus InDels
Tha mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail air sampallan tumhair a’ gabhail a-steach:
● Dàta sreathachaidh QC
● Co-thaobhadh Gìneam Iomraidh
● Comharrachadh SNPan, InDels agus atharrachaidhean somatic
● Comharrachadh atharrachaidhean loidhne-ghine
● Mion-sgrùdadh air soidhnichean mùthaidh
● Comharrachadh ghinean dràibhidh stèidhichte air mùthaidhean buannachd-gnìomh
● Nòtaichean mu mhùthaidhean aig ìre so-leòntachd dhrogaichean
● Mion-sgrùdadh neo-aonghnèitheachd – àireamhachadh purrachd agus ploideachd
QC Dàta – Staitistig air glacadh Exome
Aithneachadh caochlaideach – InDels
Mion-sgrùdadh adhartach: comharrachadh agus sgaoileadh SNPan/InDels cronail – plota Circos
Mion-sgrùdadh tumhair: comharrachadh agus sgaoileadh mùthaidhean somatach – plota Circos
Mion-sgrùdadh tumhair: loidhnichean clonal