mRNA-seq (NGS) le genome iomraidh
’S e inneal àbhaisteach a th’ ann an RNA-seq thar saidheansan beatha is bàrr, a’ lìonadh a’ bheàirn eadar genomes agus proteomes. Tha a neart na laighe ann a bhith a’ lorg tar-sgrìobhaidhean ùra agus a’ tomhas an abairt ann an aon deuchainn. Tha e air a chleachdadh gu farsaing airson sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh coimeasach, a’ toirt solas air ginean co-cheangailte ri diofar fheartan no phenotypes, leithid coimeas a dhèanamh eadar mutants agus seòrsachan fiadhaich no a’ nochdadh abairt gine fo chumhachan sònraichte. Bidh BMKCloud mRNA(Reference) APP ag amalachadh tomhas abairt, mion-sgrùdadh abairt eadar-dhealaichte (DEG), agus mion-sgrùdaidhean structar sreath a-steach don loidhne-phìoban bith-fhiosrachaidh mRNA-seq(NGS) agus a’ cothlamadh neartan bathar-bog coltach ris, a’ dèanamh cinnteach à goireasachd agus furasta a chleachdadh. Faodaidh luchd-cleachdaidh an dàta RNA-seq aca a luchdachadh suas chun sgòth, far a bheil an aplacaid a’ tabhann fuasgladh mion-sgrùdaidh bith-fhiosrachaidh coileanta, aon-stad. A bharrachd air an sin, tha e a’ toirt prìomhachas do eòlas luchd-cleachdaidh, a’ tabhann obrachaidhean pearsanaichte a tha air an dèanamh freagarrach do fheumalachdan sònraichte luchd-cleachdaidh. Faodaidh luchd-cleachdaidh paramadairean a shuidheachadh agus misean na loidhne-phìoban a chuir a-steach leotha fhèin, an aithisg eadar-ghnìomhach a sgrùdadh, dàta/diagraman fhaicinn agus mèinneadh dàta a chrìochnachadh, leithid: taghadh gine targaid, cruinneachadh gnìomh, diagraman, msaa.
Àrd-ùrlar:Illumina, MGI
Ro-innleachd:RNA-Seq
Cruth: Dàta pàraichte, glan.
Seòrsa leabharlainn:fr-gun-shnàthainn, fr-a' chiad shnàthainn no fr-an dàrna snàthainn
Fad leughaidh:150 bp
Seòrsa faidhle:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz no *.fq.gz. Nì an siostampaidhir na faidhlichean .fastq gu fèin-ghluasadach a rèir an ainmean faidhle,m.e. *_1.fastq air a chàradh le *._2.fastq.
Àireamh nan sampallan:Chan eil cuingealachaidhean sam bith air an àireamhde shamhlaichean, ach bidh an ùine anailis ag àrdachadh mar a bhios an àireamh debidh sampallan a’ fàs.
Meud Dàta a thathar a’ moladh:6G gach sampall
