-
BMKMANU S3000_Tar-sgrìobhadh Spàsail
’S e dòigh-obrach a th’ ann an transcriptomics spàsail a leigeas leinn glacadh agus dealbh a dhèanamh de abairtean gine taobh a-staigh fhigheagan. Faodaidh seo a bhith deatamach airson tuigse fhaighinn air mar a bhios ceallan ag eadar-obrachadh.
Tha diofar àrd-ùrlaran ann airson an dòigh-obrach seo. Air a’ chùis seo, tha BMKGene air BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip a leasachadh, àrd-ùrlar a bhios a’ meudachadh coileanadh an teicneòlais, a’ ruighinn rùn fo-cheallach agus a’ comasachadh suidheachadh rùn ioma-ìre.
Tha an sliseag seo a’ cuairteachadh 4.2 millean spot le bhith a’ cleachdadh teicneòlas peutantaichte de mhicro-tholl air an cur ann an sreathan le grìogagan làn de phroban le còd-barra gu spàsail. Leis an dòigh seo, às dèidh an glacadh agus an iomadachadh, gheibh sinn leabharlann cDNA air a neartachadh leis na sampallan le còd-barra a tha co-chòrdail ri Illumina.
Air an dàta, tha measgachadh de chòd-barra fànais agus UMIan a’ dèanamh cinnteach à cruinneas agus sònrachas an dàta a chaidh a chruthachadh. Le bhith a’ cothlamadh a h-uile rud gu h-àrd, tha BMKManu a’ toirt seachad suidheachadh dàta air leth ioma-chruthach.
-
Seicheamhachadh RNA aon-niùclas
Tha leasachadh dhòighean glacaidh is togail leabharlainn gnàthaichte aon-chealla, còmhla ri sreathan àrd-toraidh, air ath-bhualadh a thoirt air sgrùdaidhean air abairtean gine aig ìre na cealla. Tha an t-adhartas seo a’ leigeil le mion-sgrùdadh nas doimhne agus nas coileanta a bhith ann air sluaghan cealla iom-fhillte, a’ faighinn thairis air na crìochan co-cheangailte ri cuibheasachd abairtean gine thar gach cealla agus a’ gleidheadh an fhìor neo-chunbhalachd taobh a-staigh nan sluaghan sin. Ged a tha buannachdan do-sheachanta aig sreathan RNA aon-chealla (scRNA-seq), tha e a’ tighinn tarsainn air dùbhlain ann an cuid de fhigheagan far a bheil cruthachadh crochadh aon-chealla duilich agus far a bheil feum air sampallan ùra. Aig BMKGene, bidh sinn a’ dèiligeadh ris a’ chnap-starra seo le bhith a’ tabhann sreathan RNA aon-niùclas (snRNA-seq) a’ cleachdadh teicneòlas 10X Genomics Chromium aig ìre na h-ealain. Tha an dòigh-obrach seo a’ leudachadh speactram nan sampallan a tha freagarrach airson mion-sgrùdadh transcriptome aig ìre aon-chealla.
Tha dealachadh nan niùclas air a choileanadh tron chip ùr-ghnàthach 10X Genomics Chromium, anns a bheil siostam microfluidics ochd-sianalan le croisean dùbailte. Taobh a-staigh an t-siostaim seo, tha grìogagan gel anns a bheil còdan-barra, prìmearan, einsìmean, agus aon niùclas air an glacadh ann am boinneagan ola meud nanoliter, a’ cruthachadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Às deidh cruthachadh GEM, bidh lysis cealla agus leigeil ma sgaoil còd-barra a’ tachairt taobh a-staigh gach GEM. Às deidh sin, bidh moileciuilean mRNA a’ faighinn tar-sgrìobhadh cùil gu cDNAn, a’ toirt a-steach còdan-barra 10X agus Aithnichearan Moileciuil Sònraichte (UMIs). Tha na cDNAn sin an uairsin air an cur fo thogail leabharlann sreath àbhaisteach, a’ comasachadh sgrùdadh làidir is coileanta air pròifilean abairtean gine aig ìre aon-chealla.
Àrd-ùrlar: 10 × Àrd-ùrlar Genomics Chromium agus Illumina NovaSeq
