Sekvenování eukaryotické mRNA - NGS
Funkce
● Volitelná příprava směrové mRNA knihovny pro umožnění získání dat sekvenování specifických pro dané vlákno
● Různé BI analýzy pokrývají všechny potřeby našich klientů
Výhody
●Rozsáhlé odborné znalostiZpracovali jsme přes 600 000 vzorků z různých typů, jako jsou buněčné kultury, tkáně a tělní tekutiny. Do každého projektu vnášíme bohaté odborné znalosti.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků přes přípravu knihovny až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Naše pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Komplexní anotacePro funkční anotaci diferenciálně exprimovaných genů (DEG) a provedení odpovídajících obohacovacích analýz využíváme několik databází. Tento komplexní přístup poskytuje vhled do buněčných a molekulárních procesů, které jsou základem transkriptomové odpovědi, a zajišťuje, že získáte veškeré možné informace o datech vašeho experimentu.
●Poprodejní podporaChápeme, jak důležité je být přítomen, a proto náš závazek přesahuje rámec dokončení projektu a poskytuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Obohacený poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek:
Nukleotidy:
Minimální požadavky na vzorek:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita | |
| Standardní knihovna | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | Pro rostliny: RIN ≥ 4,0; Pro zvířata: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
| Směrová knihovna | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | Pro rostliny: RIN ≥ 4,0; Pro zvířata: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
| Rostliny | Zvíře | Členovci | Plná krev | Buňky |
| Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg List nebo semeno: 300 mg Ovoce: 1,2 g | Srdce nebo střeva: 300 mg Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg Sval: 450 mg Kosti, vlasy nebo kůže: 1 g | Hmyz: 6 g Korýši: 300 mg | 1 tuba | 106 buněk |
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky s RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Požadavky na vzorky a dodání
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Pro vzorky s dostupným referenčním genomem je analýza BI následující:
ØKontrola kvality nezpracovaných dat
ØZarovnání referenčního genomu
ØAnalýza struktury transkriptu
ØKvantifikace exprese
ØAnalýza diferenciální exprese
ØAnotace a obohacení funkcí
Pro vzorky bez referenčního genomu je k dispozici tato možnost:
• Kontrola kvality nezpracovaných dat
•Montáž s optimalizací struktury
•Analýza diferenciální exprese
•Anotace a obohacení funkcí
Referenční zarovnání genomu
Nasycení dat
Korelace vzorků a hodnocení biologických replikátů
Diferenciálně exprimované geny (DEG)
Funkční anotace stupňů stupňů
Funkční obohacení DEG
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby sekvenování mRNA eukaryotického NGS od BMKGene, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Huang, L. a kol. (2023) „Triclosan a triclokarban oslabují čichovou schopnost zlatých rybek tím, že omezují rozpoznávání pachů, narušují přenos čichových signálů a narušují zpracování čichových informací“.Výzkum vody, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ a kol. (2023) „Aspergillus fumigatus zneužívá lidský p11 a přesměrovává fagosomy obsahující houby na nedegradační dráhu“,Buněčný hostitel a mikrob, 31(3), str. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. a kol. (2022) „Transkripční faktory TCP zapojené do vývoje výhonků bambusu Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)“,Hranice ve vědě o rostlinách, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. a kol. (2022) „Genom chryzantémy levandulifolium a molekulární mechanismus, který je základem různých typů kapucínek“,Výzkum v zahradnictví, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie a kol. (2023) „Kaskádový nanoreaktor pro vylepšení sonodynamické terapie kolorektálního karcinomu prostřednictvím synergického zesílení ROS a blokády autofagie“,Nano dnes, 49, str. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
