Sekvenování eukaryotické mRNA-Illumina
Výhody
ØZkušení: V BMK bylo zpracováno více než 200 000 vzorků pokrývajících různé typy vzorků, včetně buněčné kultury, tkáně, tělesné tekutiny atd. a více než 7 000 projektů mRNA-Seq pokrývajících různé oblasti výzkumu bylo uzavřeno.
ØPřísný systém kontroly kvality: Základní body kontroly kvality ve všech krocích včetně přípravy vzorků, přípravy knihovny, sekvenování a bioinformatiky jsou pečlivě sledovány, aby bylo možné poskytovat vysoce kvalitní výsledky.
ØK dispozici je více databází pro anotaci funkcí a studie obohacování pro splnění různých výzkumných cílů.
ØPoprodejní služby: Poprodejní služby platné 3 měsíce po dokončení projektu, včetně sledování projektů, řešení problémů, dotazů a odpovědí na výsledky atd.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| Obohaceno o Poly A | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Čistota | Integrita | Množství |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥6,5;Pro zvířata: RIN≥7;28S/18S≥1,0;omezená nebo žádná základní elevace | Konc.>30 ng/μl;Objem ≥ 10 μl;Celkem ≥ 1,5 μg |
Tkáň: Hmotnost (suchá):≥1 g
*Pro tkáň menší než 5 mg doporučujeme zaslat vzorek tkáně bleskově zmrazený (v tekutém dusíku).
Buněčná suspenze:Počet buněk = 3×106- 1×107
*Doporučujeme zasílat zmrazený buněčný lyzát.V případě, že počet buněk je menší než 5×105, doporučuje se bleskově zmrazit v tekutém dusíku, což je vhodnější pro mikroextrakce.
Vzorky krve:Objem≥1 ml
Mikroorganismus:Hmotnost ≥ 1 g
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
- Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
- Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Eukaryotické Pracovní postup analýzy sekvenování mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvality nezpracovaných dat
ØReferenční zarovnání genomu
ØAnalýza struktury přepisu
ØKvantifikace exprese
ØAnalýza diferenciální exprese
ØAnotace a obohacení funkce
1.Křivka saturace dat mRNA
2.Diferenciální expresní analýza-Vulcano plot
3.Anotace KEGG na stupních
4.GO klasifikace na stupních
