Metagenomické sekvenování -NGS
Výhody služby
● Bez izolace a kultivace pro profilování mikrobiální komunity
● Vysoké rozlišení při detekci druhů s nízkým výskytem ve vzorcích životního prostředí
● Myšlenka „meta-“ integruje všechny biologické rysy na funkční úrovni, úrovni druhu a genové úrovni, což odráží dynamický pohled, který je bližší realitě.
● BMK shromažďuje rozsáhlé zkušenosti s různými typy vzorků s více než 10 000 zpracovanými vzorky.
Specifikace služby
| Plošina | Sekvenování | Doporučené údaje | Doba obratu |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 pracovních dnů |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Sestavení metagenomu
● Neredundantní genová sada a anotace
● Analýza druhové diverzity
● Analýza diverzity genetických funkcí
● Meziskupinová analýza
● Asociační analýza proti experimentálním faktorům
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
ProDNA extrakty:
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pro vzorky životního prostředí:
| Typ vzorku | Doporučený postup odběru vzorků |
| Půda | Vzorkovací množství: cca.5 g;Zbývající uschlá hmota musí být odstraněna z povrchu;Velké kusy rozemlejte a nechte projít 2 mm filtrem;Alikvotní vzorky ve sterilní EP zkumavce nebo cyrotube k rezervaci. |
| Feces | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorky odeberte do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci. |
| Střevní obsah | Vzorky musí být zpracovány za aseptických podmínek.Promyjte odebranou tkáň PBS;Odstřeďte PBS a seberte srážedlo do EP zkumavek. |
| Kal | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorek kalu ve sterilní EP zkumavce nebo kryozkumavce pro rezervaci |
| Vodní tělo | U vzorku s omezeným množstvím mikrobiálních látek, jako je voda z vodovodu, studniční voda atd., odeberte alespoň 1 l vody a nechte projít filtrem 0,22 μm, abyste obohatili mikrobiální látky na membráně.Uchovávejte membránu ve sterilní zkumavce. |
| Kůže | Opatrně seškrábněte povrch kůže sterilním vatovým tamponem nebo chirurgickou čepelí a vložte jej do sterilní zkumavky. |
Doporučené doručení vzorku
Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1.Histogram: Rozšíření druhů
2.Funkční geny anotované ke KEGG metabolickým drahám
3.Tepelná mapa: Diferenciální funkce založené na relativním množství genů
4.Circos genů antibiotické rezistence CARD
Pouzdro BMK
Prevalence genů antibiotické rezistence a bakteriálních patogenů podél kořenového kontinua půda-mangrovník
Publikováno:Journal of Hazardous Materials, 2021
Strategie sekvenování:
Materiály:DNA extrakty čtyř fragmentů vzorků spojených s kořeny mangrovníků: neosázená půda, rhizosféra, episféra a endosféra.
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Cíle: Metagenom
Oblast V3-V4 genu 16S rRNA
Klíčové výsledky
Metagenomické sekvenování a profilování metabarcodingu na půdě-kořenovém kontinuu mangrovových stromků bylo zpracováno za účelem studia diseminace genů antibiotické rezistence (ARG) z půdy do rostlin.Metagenomická data odhalila, že 91,4 % genů rezistence na antibiotika bylo běžně identifikováno ve všech čtyřech půdních kompartmentech zmíněných výše, což ukazuje kontinuální způsob.Sekvenování amplikonu 16S rRNA vytvořilo 29 285 sekvencí, které představují 346 druhů.V kombinaci s druhovým profilováním pomocí amplikonového sekvenování bylo zjištěno, že toto šíření je nezávislé na mikrobiotě spojené s kořeny, ale mohlo by být usnadněno mobilními genetickými prvky.Tato studie identifikovala tok ARG a patogenů z půdy do rostlin prostřednictvím propojeného kontinua půda-kořen.
Odkaz
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Prevalence genů antibiotické rezistence a bakteriálních patogenů podél kořenového kontinua půda-mangrovník.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
