Metagenomické sekvenování -NGS
Metagenom je soubor celkového genetického materiálu smíšené komunity organismů, jako jsou metagenomy prostředí a člověka. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Sekvenování s metodou brokovnicového metagenomického sekvenování s využitím NGS umožňuje studium těchto složitých genomických krajin vložených do vzorků prostředí tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování, ale také podrobný vhled do druhové rozmanitosti, dynamiky početnosti a komplexních populačních struktur. Kromě taxonomických studií nabízí shotgun metagenomika také perspektivu funkční genomiky, která umožňuje zkoumání kódovaných genů a jejich předpokládaných rolí v ekologických procesech. Vytvoření korelačních sítí mezi genetickými prvky a faktory prostředí konečně přispívá k holistickému pochopení složité souhry mezi mikrobiálními komunitami a jejich ekologickým pozadím. Závěrem lze říci, že metagenomické sekvenování představuje klíčový nástroj pro odhalení genomických složitostí rozmanitých mikrobiálních komunit a osvětluje mnohostranné vztahy mezi genetikou a ekologií v těchto komplexních ekosystémech.
Platformy: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
Výhody služby
●Metoda profilování mikrobiálních společenstev bez izolace a kultivaceUmožnění sekvenování genetického materiálu z nekultivovatelných organismů.
●Vysoké rozlišeníDetekce druhů s nízkou abundancí ve vzorcích životního prostředí.
●Komplexní bioinformatická analýza:Zaměřeno nejen na taxonomickou rozmanitost, ale také na funkční rozmanitost společenstva.
●Rozsáhlé zkušenosti:Náš tým má za sebou úspěšné dokončení řady metagenomických projektů v různých výzkumných oblastech a zpracování více než 200 000 vzorků, takže do každého projektu přináší bohaté zkušenosti.
Specifikace služby
| Sekvenční platforma | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Illumina NovaSeq nebo DNBSEQ-T7 | PE150 | 6–20 GB | Q30≥85% |
Požadavky na služby
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (ng) | Objem (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Půda/kal: 2–3 g
● Obsah střev – zvíře: 0,5–2 g
● Obsah střev – hmyz: 0,1–0,25 g
● Povrch rostliny (obohacený sediment): 0,5–1 g
● Sediment obohacený fermentačním vývarem): 0,2–0,5 g
● Výkaly (velká zvířata): 0,5–2 g
● Výkaly (myší): 3–5 zrn
● Tekutina z plicního alveolárního výplachu: filtrační papír
● Vaginální výtěr: 5–6 výtěrů
● Výtěr z kůže/genitálu/sliny/měkké tkáně ústní dutiny/výtěr z hltanu/výtěr z konečníku: 2–3 výtěry
● Povrchové mikroorganismy: 5–6 tamponů
● Vodní plocha/vzduch/biofilm: filtrační papír
● Endofyty: 2–3 g
● Zubní plak: 0,5–1 g
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality sekvenčních dat
● Sestavení metagenomu a predikce genů
● Anotace genů
● Analýza taxonomické alfa diverzity
● Funkční analýza společenstva: biologická funkce, metabolismus, rezistence na antibiotika
● Analýza funkční i taxonomické rozmanitosti:
Analýza beta diverzity
Meziskupinová analýza
Korelační analýza: mezi faktory prostředí a složením a diverzitou OUT
Funkční analýza: Rezistence CARD na antibiotika
Diferenciální analýza metabolických drah KEGG: tepelná mapa významných drah
Alfa diverzita taxonomického rozšíření: ACE index
Beta diverzita taxonomického rozšíření: PCoA
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby metagenomového sekvenování společnosti BMKGene s Illuminou, prostřednictvím kurátorsky vybrané kolekce publikací.
Hai, Q. a kol. (2023) „Metagenomická a metabolomická analýza změn ve střevním obsahu pstruha duhového (Oncorhynchus mykiss) infikovaného virem infekční hematopoetické nekrózy při různých teplotách kultivační vody“,Hranice v mikrobiologii, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. a kol. (2023) „Mikrobiální společenstva, geny rezistence a rizika rezistomů v městských jezerech s různým trofickým stavem: Vnitřní vazby a vnější vlivy“,Časopis o pokroku v oblasti nebezpečných materiálů, 9, str. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. a kol. (2022) „Metagenomická analýza odhalila rozdíly ve složení a funkci mezi mikroorganismy asociovanými s kapalinou a s pevnou látkou v bachoru ovcí“,Hranice v mikrobiologii, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. a kol. (2023) „Mikrobiota odvozená od obézních prasat plemene Ningxiang mění metabolismus karnitinu a podporuje ukládání mastných kyselin ve svalech u štíhlých prasat s DLY“,Inovace, 4(5), str. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. a kol. (2023) „Metagenomické poznatky o potenciálních rizicích reprezentativních biologicky/nerozložitelných plastových a neplastických úlomků v horním a dolním toku ústí řeky Haihe v Číně“,Věda o celkovém prostředí, 887, str. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
