page_head_bg

produkty

Metagenomické sekvenování (NGS)

Metagenom označuje sbírku celkového genetického materiálu smíšeného společenství organismů, jako je environmentální metagenom, lidský metagenom atd. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů.Metagenomické sekvenování je molekulární nástroj používaný k analýze smíšených genomických materiálů extrahovaných ze vzorků životního prostředí, který poskytuje podrobné informace o druhové diverzitě a početnosti, struktuře populace, fylogenetickém vztahu, funkčních genech a korelační síti s faktory prostředí.

Plošina:Illumina NovaSeq6000


Podrobnosti o službě

Výsledky ukázky

Případová studie

Výhody služby

ØBez izolace a kultivace pro profilování mikrobiální komunity

ØVysoké rozlišení při detekci druhů s nízkým výskytem ve vzorcích životního prostředí

ØMyšlenka „meta-“ integruje všechny biologické rysy na funkční úrovni, úrovni druhu a genové úrovni, což odráží dynamický pohled, který je bližší realitě.

ØBMK shromažďuje rozsáhlé zkušenosti s různými typy vzorků s více než 10 000 zpracovanými vzorky.

Specifikace služby

SekvenováníPlošina

Knihovna

Doporučená výtěžnost dat

Odhadovaná doba obratu

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Tagy 50K/100K/300K

30 dní

Bioinformatické analýzy

üKontrola kvality nezpracovaných dat

üSestavení metagenomu

üNeredundantní genová sada a anotace

üAnalýza druhové diverzity

üAnalýza diverzity genetické funkce

üMeziskupinová analýza

üAsociační analýza proti experimentálním faktorům

2

Vzorové požadavky a dodání

Vzorové požadavky:

ProDNA extrakty:

Typ vzorku

Množství

Koncentrace

Čistota

DNA extrakty

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Pro vzorky životního prostředí:

Typ vzorku

Doporučený postup odběru vzorků

Půda

Vzorkovací množství: cca.5 g;Zbývající uschlá hmota musí být odstraněna z povrchu;Velké kusy rozemlejte a nechte projít 2 mm filtrem;Alikvotní vzorky ve sterilní EP zkumavce nebo cyrotube k rezervaci.

Feces

Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorky odeberte do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci.

Střevní obsah

Vzorky musí být zpracovány za aseptických podmínek.Promyjte odebranou tkáň PBS;Odstřeďte PBS a seberte sraženinu do EP zkumavek.

Kal

Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotujte vzorek kalu do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci

Vodní tělo

U vzorku s omezeným množstvím mikrobiálních látek, jako je voda z vodovodu, studniční voda atd., odeberte alespoň 1 l vody a nechte projít filtrem 0,22 μm, abyste obohatili mikrobiální látky na membráně.Uchovávejte membránu ve sterilní zkumavce.

Kůže

Opatrně seškrábněte povrch kůže sterilním vatovým tamponem nebo chirurgickou čepelí a vložte jej do sterilní zkumavky.

Doporučené doručení vzorku

Vzorky zmrazte v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.

Tok servisní práce

logo_02

Vzorová dodávka

logo_04

Stavba knihovny

logo_05

Sekvenování

logo_06

Analýza dat

logo_07

Poprodejní služby


  • Předchozí:
  • Další:

  • 1.Histogram: Rozšíření druhů

    3

    2.Funkční geny anotované ke KEGG metabolickým drahám

    4

    3.Tepelná mapa: Diferenciální funkce založené na relativním množství genů54.Circos genů antibiotické rezistence CARD

    6

    Pouzdro BMK

    Prevalence genů antibiotické rezistence a bakteriálních patogenů podél kořenového kontinua půda-mangrovník

    Publikováno:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Strategie sekvenování:

    Materiály:DNA extrakty čtyř fragmentů vzorků spojených s kořeny mangrovníků: neosázená půda, rhizosféra, episféra a endosféra.
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Cíle: Metagenom
    Oblast V3-V4 genu 16S rRNA

    Klíčové výsledky

    Metagenomické sekvenování a profilování metabarcodingu na půdě-kořenovém kontinuu mangrovových stromků bylo zpracováno za účelem studia diseminace genů antibiotické rezistence (ARG) z půdy do rostlin.Metagenomická data odhalila, že 91,4 % genů rezistence na antibiotika bylo běžně identifikováno ve všech čtyřech půdních kompartmentech zmíněných výše, což ukazuje kontinuální způsob.Sekvenování amplikonu 16S rRNA vytvořilo 29 285 sekvencí, které představují 346 druhů.V kombinaci s druhovým profilováním pomocí sekvenování amplikonů bylo zjištěno, že toto šíření je nezávislé na mikrobiotě související s kořeny, ale mohlo by být usnadněno mobilními genetickými prvky.Tato studie identifikovala tok ARG a patogenů z půdy do rostlin prostřednictvím propojeného kontinua půda-kořen.

    Odkaz

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Prevalence genů antibiotické rezistence a bakteriálních patogenů podél kořenového kontinua půda-mangrovník.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: