Metagenomické sekvenování -NGS
Metagenom je soubor celkového genetického materiálu smíšeného společenství organismů, jako jsou environmentální a lidské metagenomy. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Shotgun metagenomické sekvenování s NGS umožňuje studium těchto složitých genomických krajin vložených do vzorků životního prostředí tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování a poskytuje také podrobné vhledy do druhové diverzity, dynamiky abundance a komplexních populačních struktur. Kromě taxonomických studií nabízí metagenomika brokovnic také funkční perspektivu genomiky, která umožňuje zkoumání kódovaných genů a jejich domnělých rolí v ekologických procesech. Konečně vytvoření korelačních sítí mezi genetickými prvky a faktory životního prostředí přispívá k holistickému pochopení složité souhry mezi mikrobiálními společenstvími a jejich ekologickým pozadím. Závěrem lze říci, že metagenomické sekvenování představuje klíčový nástroj pro odhalování genomických složitostí různých mikrobiálních komunit a osvětluje mnohostranné vztahy mezi genetikou a ekologií v těchto komplexních ekosystémech.
Platformy: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
Výhody služby
●Metoda bez izolace a kultivace pro profilování mikrobiální komunity: Umožnění sekvenování genetického materiálu z nekultivovatelných organismů.
●Vysoké rozlišení: Detekce druhů s nízkým výskytem ve vzorcích životního prostředí.
●Komplexní bioinformatická analýza:Zaměřeno nejen na taxonomickou diverzitu, ale také na funkční diverzitu komunity.
●Bohaté zkušenosti:Díky záznamům o úspěšném uzavření mnoha metagenomických projektů v různých oblastech výzkumu a zpracování více než 200 000 vzorků přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
Specifikace služby
| Sekvenační platforma | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| Illumina NovaSeq nebo DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85 % |
Požadavky na služby
| Koncentrace (ng/µL) | Celková částka (ng) | Objem (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Zemina/kal: 2-3g
● Obsah střev-zvíře: 0,5-2g
● Střevní obsah-hmyz: 0,1-0,25g
● Povrch rostliny (obohacený sediment): 0,5-1g
● Sediment obohacený fermentačním bujónem): 0,2-0,5g
● Výkaly (velká zvířata): 0,5-2g
● Výkaly (myší): 3-5zrn
● Tekutina z plicní alveolární laváže: filtrační papír
● Vaginální výtěr: 5-6 výtěrů
● Výtěr z kůže/genitální výtěr/sliny/ústní měkké tkáně/výtěr z hltanu/rektální výtěr: 2–3 výtěry
● Povrchový mikroorganismus: 5-6 tamponů
● Vodní těleso/vzduch/biofilm: filtrační papír
● Endofyty: 2-3g
● Zubní plak: 0,5-1g
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality sekvenačních dat
● Sestavení metagenomu a predikce genů
● Anotace genu
● Taxonomická analýza diverzity alfa
● Funkční analýza komunity: biologická funkce, metabolická, antibiotická rezistence
● Analýza funkční i taxonomické rozmanitosti:
Beta analýza diverzity
Meziskupinová analýza
Korelační analýza: mezi faktory prostředí a složením a diverzitou OUT
Funkční analýza: CARD antibiotická rezistence
Diferenciální analýza KEGG metabolických drah: teplotní mapa významných drah
Alfa diverzita taxonomického rozdělení: ACE index
Beta diverzita taxonomické distribuce: PCoA
Prozkoumejte pokroky, které umožňují služby sekvenování metagenomů BMKGene s Illumina prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Hai, Q. a kol. (2023) 'Metagenomická a metabolomická analýza změn střevního obsahu pstruha duhového (Oncorhynchus mykiss) infikovaného virem infekční hematopoetické nekrózy při různých teplotách kultivační vody“,Hranice v mikrobiologii, 14, str. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. a kol. (2023) 'Mikrobiální komunity, geny rezistence a rezistomová rizika v městských jezerech různých trofických stavů: Vnitřní vazby a vnější vlivy',Journal of Hazardous Materials Advances, 9, str. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. a kol. (2022) 'Metagenomická analýza odhalila rozdíly ve složení a funkci mezi mikroorganismy ovčího bachoru asociované s kapalinou a pevnou látkou',Hranice v mikrobiologii, 13, str. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. a kol. (2023) „Mikrobiota pocházející z obézního prasete Ningxiang převede metabolismus karnitinu, aby podpořil ukládání mastných kyselin ve svalech u štíhlých prasat DLY“,Inovace, 4(5), str. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. a kol. (2023) „Metagenomické poznatky o potenciálních rizicích reprezentativních biologicky/nerozložitelných plastových a neplastových úlomků v horním a dolním toku ústí Haihe, Čína“,Science of the Total Environment, 887, str. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
