mRNA-seq (NGS) s referenčním genomem
RNA-seq je standardní nástroj v biologických a rostlinných vědách, který překlenuje mezeru mezi genomy a proteomy. Jeho silnou stránkou je objevování nových transkriptů a kvantifikace jejich exprese v jednom testu. Je široce používán pro srovnávací transkriptomické studie, které osvětlují geny související s různými znaky nebo fenotypy, jako je porovnávání mutantů s divokými typy nebo odhalování genové exprese za specifických podmínek. Aplikace BMKCloud mRNA(Reference) integruje kvantifikaci exprese, analýzu diferenciální exprese (DEG) a analýzy struktury sekvencí do bioinformatického kanálu mRNA-seq(NGS) a slučuje silné stránky podobného softwaru, čímž zajišťuje pohodlí a uživatelskou přívětivost. Uživatelé mohou nahrávat svá data RNA-seq do cloudu, kde aplikace nabízí komplexní řešení bioinformatické analýzy na jednom místě. Navíc upřednostňuje zákaznickou zkušenost a nabízí personalizované operace přizpůsobené specifickým potřebám uživatelů. Uživatelé si mohou sami nastavit parametry a odeslat misi kanálu, zkontrolovat interaktivní zprávu, zobrazit data/diagramy a dokončit dolování dat, jako je: výběr cílových genů, funkční shlukování, vytváření diagramů atd.
Platforma:Illumina, MGI
Strategie:RNA-Seq
Rozvržení: Párovaná, čistá data.
Typ knihovny:fr-neřetězcový, fr-první vlákno nebo fr-druhé vlákno
Délka čtení:150 bázových bodů
Typ souboru:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz nebo *.fq.gz. Systém budeautomaticky spárovat soubory .fastq podle jejich názvů,např. *_1.fastq spárované s *._2.fastq.
Počet vzorků:Neexistují žádná omezení počtuvzorků, ale doba analýzy se bude s počtem prodlužovatvzorky rostou.
Doporučené množství dat:6G na vzorek
