Analýza hromadného segregantu
Výhody služby
Takagi a kol., The plant journal, 2013
● Přesná lokalizace: Míchání hromadných kusů s 30+30 až 200+200 jednotlivci pro minimalizaci hluku na pozadí;predikce kandidátní oblasti na základě nesynonymních mutantů.
● Komplexní analýza: Hloubková anotace funkce kandidátního genu, včetně NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG atd.
● Rychlejší doba obratu: Rychlá lokalizace genu do 45 pracovních dnů.
● Rozsáhlé zkušenosti: BMK přispěla k lokalizaci tisíců vlastností, pokrývající různé druhy, jako jsou plodiny, produkty z vody, lesy, květiny, ovoce atd.
Specifikace služby
Populace:
Segregace potomstva rodičů s opačnými fenotypy.
např. potomstvo F2, zpětné křížení (BC), rekombinantní inbrední linie (RIL)
Míchací bazén
Pro kvalitativní znaky: 30 až 50 jedinců (minimálně 20)/hromadné
U kvantitativních tratí: horních 5 % až 10 % jedinců s jedním extrémním fenotypem v celé populaci (minimálně 30+30).
Doporučená hloubka sekvenování
Minimálně 20X/rodič a 1X/potomek (např. pro potomstvo s 30+30 jedinci, hloubka sekvenování bude 30X na hromadně)
Bioinformatické analýzy
● Resekvenování celého genomu
● Zpracování dat
● Volání SNP/Indel
● Screening kandidátského regionu
● Anotace funkce kandidátského genu
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| vzorek gDNA | Vzorek tkáně |
| Koncentrace: ≥30 ng/μl | Rostliny: 1-2 g |
| Množství: ≥2 μg (objem ≥15 μl) | Zvířata: 0,5-1 g |
| Čistota: OD260/280= 1,6-2,5 | Plná krev: 1,5 ml |
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1.Asociační analýza založená na Euklidovské vzdálenosti (ED) k identifikaci kandidátské oblasti.Na následujícím obrázku
Osa X: počet chromozomů;Každá tečka představuje hodnotu ED SNP.Černá čára odpovídá proložené hodnotě ED.Vyšší hodnota ED ukazuje na významnější asociaci mezi místem a fenotypem.Červená přerušovaná čára představuje práh významné asociace.
2.Asociační analýza založená na žádném SNP-indexu
Osa X: počet chromozomů;Každá tečka představuje hodnotu indexu SNP.Černá čára představuje přizpůsobenou hodnotu SNP-indexu.Čím větší je hodnota, tím významnější je asociace.
Pouzdro BMK
Kvantitativní lokus Fnl7.1 s hlavním účinkem kóduje hojný protein pozdní embryogeneze spojený s délkou krčku ovoce v okurce.
Publikováno: Plant Biotechnology Journal, 2020
Strategie sekvenování:
Rodiče (Jin5-508, YN): Resekvenování celého genomu pro 34× a 20×.
DNA pooly (50 s dlouhým hrdlem a 50 s krátkým hrdlem): opětovné sekvenování pro 61× a 52×
Klíčové výsledky
V této studii byla segregující populace (F2 a F2:3) vytvořena křížením okurkové linie Jin5-508 s dlouhým krkem a YN s krátkým krkem.Dva DNA pooly byly zkonstruovány 50 jednotlivci s extrémně dlouhým krkem a 50 jednotlivci s extrémně krátkým krkem.Hlavní účinek QTL byl identifikován na Chr07 analýzou BSA a tradičním mapováním QTL.Kandidátní oblast byla dále zúžena jemným mapováním, kvantifikací genové exprese a transgenními experimenty, které odhalily klíčový gen pro kontrolu délky krku, CsFnl7.1.Navíc bylo zjištěno, že polymorfismus v oblasti promotoru CsFnl7.1 je spojen s odpovídající expresí.Další fylogenetická analýza naznačila, že lokus Fnl7.1 velmi pravděpodobně pochází z Indie.
 QTL-mapování v BSA analýze k identifikaci kandidátní oblasti spojené s délkou krku okurky |  LOD profily QTL o délce krku okurky identifikované na Chr07 |
Xu, X. a kol."Kvantitativní lokus Fnl7.1 s hlavním účinkem kóduje hojný protein pozdní embryogeneze spojený s délkou ovocného krku u okurky."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
