-
Analýza asociací v celém genomu
Genomová asociační studie (GWAS) se zaměřuje na identifikaci genetických variant (genotypů), které jsou spojeny se specifickými vlastnostmi (fenotyp).Studie GWAS zkoumá genetické markery napříč celým genomem velkého počtu jedinců a předpovídá asociace genotyp-fenotyp statistickou analýzou na úrovni populace.Široce se používá při výzkumu lidských nemocí a funkční těžbě genů na komplexních vlastnostech zvířat nebo rostlin.
-
Jednojaderné sekvenování RNA
Pokrok v zachycování jedné buňky a technika konstrukce individuální knihovny v kombinaci s vysoce výkonným sekvenováním umožňuje studie genové exprese na bázi buňky po buňce.Umožňuje hlubší a kompletní systémovou analýzu komplexních buněčných populací, ve které se do značné míry vyhne maskování jejich heterogenity tím, že se vezme průměr ze všech buněk.
Některé buňky však nejsou vhodné pro výrobu jednobuněčné suspenze, takže jsou nutné jiné způsoby přípravy vzorků – extrakce jádra z tkání, to znamená, že jádro je přímo extrahováno z tkání nebo buňky a připraveno na jednojadernou suspenzi pro jedno- sekvenování buněk.
BMK poskytuje službu sekvenování jednobuněčné RNA na bázi 10× Genomics ChromiumTM.Tato služba byla široce používána ve studiích studií souvisejících s nemocemi, jako je diferenciace imunitních buněk, heterogenita nádorů, vývoj tkání atd.
Prostorový transkriptomový čip: 10× Genomics
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Sekvenování celého genomu rostlin/zvířat
Resekvenování celého genomu, také známé jako WGS, umožňuje odhalit běžné i vzácné mutace v celém genomu včetně jednonukleotidového polymorfismu (SNP), inzerční delece (InDel), strukturní variace (SV) a variace počtu kopií (CNV ).SV tvoří větší část variační báze než SNP a mají větší dopad na genom, což má významný vliv na živé organismy.Resekvenování s dlouhým čtením umožňuje přesnější identifikaci velkých fragmentů a komplikovaných variací, protože dlouhá čtení značně usnadňují chromozomální křížení přes komplikované oblasti, jako jsou tandemové repetice, oblasti bohaté na GC/AT a hypervariabilní oblasti.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Prostorový přepis BMKMANU S1000
Prostorová organizace buněk hraje zásadní roli v různých biologických procesech, jako je imunitní infiltrace, vývoj embrya atd. Sekvenování prostorového transkriptomu, které indikuje profilování genové exprese při zachování informace o prostorové poloze, poskytuje skvělý pohled na tkáňovou architekturu na úrovni transkriptomu.S rozvojem technologie je třeba studovat ultrajasnou morfologii tkání a skutečný strukturální rozdíl prostorové molekulární exprese s vyšším rozlišením.BMKGENE poskytuje komplexní službu sekvenování prostorového transkriptomu na jednom místě od vzorků až po biologické poznatky.
Technologie prostorové transkriptomiky umožnily nové perspektivy v různých oblastech výzkumu tím, že vyřešily profil genové exprese s prostorovým obsahem v heterogenních vzorcích.
Prostorový transkriptomový čip: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
10x prostorový transkriptom Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression je běžná technologie sekvenování prostorového transkriptomu pro klasifikaci tkáně na základě celkové mRNA.Zmapujte celý transkriptom s morfologickým kontextem, abyste objevili nové pohledy na normální vývoj, patologii onemocnění a klinický translační výzkum.BMKGENE poskytuje komplexní službu sekvenování prostorového transkriptomu na jednom místě od vzorků až po biologické poznatky.
Technologie prostorové transkriptomiky umožnily nové perspektivy v různých výzkumných oblastech tím, že vyřešily profil genové exprese s prostorovým obsahem v heterogenních vzorcích.
Prostorový transkriptomový čip: 10x Genomics Visium
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenování mRNA plné délky - Nanopore
Sekvenování RNA bylo neocenitelným nástrojem pro komplexní analýzu transkriptomu.Tradiční sekvenování krátkého čtení zde bezpochyby dosáhlo četných důležitých změn.Přesto často naráží na omezení v identifikaci izoforem v plné délce, kvantifikaci, zkreslení PCR.
Sekvenování nanoporů se odlišuje od jiných sekvenačních platforem tím, že nukleotidy jsou čteny přímo bez syntézy DNA a generuje dlouhé čtení v desítkách kilobází.To umožňuje přímé čtení přepisů plné délky a řešení problémů ve studiích na úrovni izoforem.
Plošina：Nanopore PromethION
Knihovna:cDNA-PCR
-
Sekvenování mRNA plné délky - PacBio
De novosekvenování transkriptomu v plné délce, známé také jakoDe novoIso-Seq využívá výhody sekvenátoru PacBio v délce čtení, která umožňuje sekvenování molekul cDNA v plné délce bez jakýchkoli přerušení.Tím se zcela zabrání jakýmkoli chybám generovaným v krocích sestavování přepisu a konstruuje se unigenní sady s rozlišením na úrovni izoforem.Tyto unigenové sady poskytují výkonnou genetickou informaci jako „referenční genom“ na úrovni transkriptomu.Kromě toho tato služba v kombinaci se sekvenačními daty nové generace umožňuje přesnou kvantifikaci exprese na úrovni izoforem.
Platforma: PacBio Sequel IIKnihovna: SMRT zvonková knihovna -
Sekvenování eukaryotické mRNA-Illumina
Sekvenování mRNA umožňuje profilování všech mRNA transkriptovaných z buněk za specifických podmínek.Je to výkonná technologie pro odhalení profilu genové exprese, genových struktur a molekulárních mechanismů určitých biologických procesů.K dnešnímu dni je sekvenování mRNA široce využíváno v základním výzkumu, klinické diagnostice, vývoji léků atd.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Nereferenční sekvenování mRNA-Illumina
Sekvenování mRNA využívá techniku sekvenování nové generace (NGS) k zachycení messengerové RNA (mRNA) z eukaryota ve specifickém období, kdy některé speciální funkce aktivují.Nejdelší sestřihaný transkript byl nazván „Unigene“ a byl použit jako referenční sekvence pro následnou analýzu, což je účinný prostředek ke studiu molekulárního mechanismu a regulační sítě druhu bez reference.
Po sestavení transkriptomových dat a unigenní funkční anotace
(1)Bude provedena analýza SSR, predikce CDS a genová struktura.
(2) Bude provedena kvantifikace exprese unigenu v každém vzorku.
(3)Diferenciálně exprimované unigeny mezi vzorky (nebo skupinami) budou objeveny na základě exprese unigenů
(4)Bude provedeno shlukování, funkční anotace a analýza obohacení odlišně exprimovaných unigenů
-
Dlouhé nekódující sekvenování-Illumina
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou typem molekul RNA o délce přesahující 200 nt, které se vyznačují extrémně nízkým kódovacím potenciálem.LncRNA, jako klíčový člen v nekódujících RNA, se nachází hlavně v jádře a plazmě.Vývoj v technologii sekvenování a bioinformatiky umožňuje identifikaci mnoha nových lncRNA a asociaci těch s biologickými funkcemi.Kumulativní důkazy naznačují, že lncRNA se široce podílí na epigenetické regulaci, regulaci transkripce a post-transkripční regulaci.
-
Malé sekvenování RNA-Illumina
Malá RNA označuje třídu nekódujících molekul RNA, které jsou obvykle kratší než 200 nt, včetně mikro RNA (miRNA), malé interferenční RNA (siRNA) a RNA interagující s piwi (piRNA).
MikroRNA (miRNA) je třída endogenních malých RNA o délce asi 20-24 nt, která hraje v buňkách řadu důležitých regulačních rolí.miRNA se účastní mnoha životních procesů, které odhalují tkáňově – specifickou a fázi – specifickou expresi a jsou vysoce konzervované u různých druhů.
-
sekvenování circRNA-Illumina
CircRNA (Circular RNAs) jsou jednou třídou nekódujících molekul RNA, které jsou krátké 5' end cap a 3' end poly(A) tail.CircRNA provádějí kruhovou strukturu pomocí kovalentní vazby, což je stav proti štěpení RNA exonukleázou.circRNA hraje důležitou roli v růstu a vývoji organismů a jejich odolnosti vůči vnějšímu prostředí.
CircRNA má mnoho funkcí, které mohou kompetitivně vázat miRNA, vykonávat regulační funkci ceRNA, regulovat genovou expresi.V posledních letech se také zjistilo, že úzce souvisí s výskytem a rozvojem nemocí a má velké aplikační vyhlídky ve směru markerů diagnózy nemocí a tak dále.
