-
BMKMANU S3000_Prostorový transkriptom
Prostorová transkriptomika je technika, která nám umožňuje zachytit a vizualizovat genovou expresi v tkáních. To může být klíčové pro pochopení interakce buněk.
Pro tento přístup existují různé platformy. V tomto ohledu společnost BMKGene vyvinula prostorový transkriptomový čip BMKManu 3000, platformu, která zvyšuje výkon techniky, dosahuje subcelulárního rozlišení a umožňuje nastavení víceúrovňového rozlišení.
Tento čip obklopuje 4,2 milionu bodů pomocí patentované technologie mikrojamek vrstvených kuličkami s prostorově čárovými kódy. Touto metodou po zachycení a amplifikaci získáváme knihovnu cDNA obohacenou o vzorky s čárovými kódy, které jsou kompatibilní s Illumina.
Kombinace prostorového čárového kódu a UMI zajišťuje přesnost a specifičnost generovaných dat. Kombinací všech výše uvedených prvků poskytuje BMKManu extrémně všestranné nastavení dat.
-
Sekvenování jednojádrové RNA
Vývoj technik pro zachycení jednotlivých buněk a konstrukci vlastních knihoven, spolu s vysoce výkonným sekvenováním, způsobil revoluci ve studiích genové exprese na buněčné úrovni. Tento průlom umožňuje hlubší a komplexnější analýzu komplexních buněčných populací, překonává omezení spojená s průměrováním genové exprese napříč všemi buňkami a zachovává skutečnou heterogenitu v rámci těchto populací. Sekvenování RNA jednotlivých buněk (scRNA-seq) má sice nepopiratelné výhody, ale v některých tkáních, kde je vytvoření suspenze jednotlivých buněk obtížné a vyžaduje čerstvé vzorky, naráží na problémy. V BMKGene tuto překážku řešíme nabídkou sekvenování RNA jednotlivých jader (snRNA-seq) s využitím nejmodernější technologie 10X Genomics Chromium. Tento přístup rozšiřuje spektrum vzorků vhodných pro analýzu transkriptomu na úrovni jednotlivých buněk.
Izolace jader se provádí pomocí inovativního čipu 10X Genomics Chromium, který využívá osmikanálový mikrofluidní systém s dvojitým křížením. V tomto systému jsou gelové kuličky obsahující čárové kódy, primery, enzymy a jedno jádro zapouzdřeny v olejových kapkách o velikosti nanolitrů a tvoří tak gelové kuličky v emulzi (GEM). Po vytvoření GEM dochází v každém GEM k lýze buněk a uvolnění čárového kódu. Následně molekuly mRNA podléhají reverzní transkripci do cDNA, zahrnující 10X čárové kódy a jedinečné molekulární identifikátory (UMI). Tyto cDNA jsou poté podrobeny konstrukci standardní sekvenční knihovny, což usnadňuje robustní a komplexní zkoumání profilů genové exprese na úrovni jednotlivých buněk.
Platforma: 10× Genomics Chromium a Illumina NovaSeq
