Sekvenování mRNA v plné délce – nanopóry
Funkce
● Zachycení poly-A mRNA s následnou syntézou cDNA a přípravou knihovny
● Sekvencování transkriptů v plné délce
● Bioinformatická analýza založená na porovnání s referenčním genomem
● Bioinformatická analýza zahrnuje nejen expresi na úrovni genů a izoforem, ale také analýzu dlouhých nekondenzovaných RNA, genových fúzí, polyadenylace a genové struktury
Výhody služby
●Kvantifikace exprese na úrovni izoforem: umožňuje podrobnou a přesnou analýzu exprese, odhaluje změny, které mohou být maskovány při analýze exprese celého genu
●Snížené nároky na data:Ve srovnání se sekvenováním nové generace (NGS) vykazuje sekvenování nanopórů nižší požadavky na data, což umožňuje dosáhnout ekvivalentní úrovně saturace kvantifikace genové exprese s menším objemem dat.
●Vyšší přesnost kvantifikace expresena úrovni genů i izoforem
●Identifikace dalších transkriptomických informacíalternativní polyadenylace, fúzní geny a lcnRNA a jejich cílové geny
●Rozsáhlé odborné znalostiNáš tým přináší do každého projektu bohaté zkušenosti, dokončil přes 850 projektů s transkriptomy Nanopore v plné délce a zpracoval přes 8 000 vzorků.
●Poprodejní podporaNáš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Obohacený poly A | Nanoporézní PromethION 48 | 6/12 GB | Průměrné skóre kvality: Q10 |
Požadavky na vzorek:
Nukleotidy:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | Pro rostliny: RIN ≥ 7,0; Pro zvířata: RIN ≥ 7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semeno: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střeva: 300 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1 g
● Členovci:
Hmyz: 6 g
Korýši: 300 mg
● Plná krev1 tuba
● Buňky: 106 buňky
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Nukleotidy:
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Pracovní postup služby
Tkáň:
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
● Zpracování nezpracovaných dat
● Identifikace přepisu
● Alternativní sestřih
● Kvantifikace exprese na úrovni genů a izoforem
● Analýza diferenciální exprese
● Anotace a obohacení funkcí (DEG a DET)
Alternativní sestřihová analýza
Alternativní polyadenylační analýza (APA)
Predikce lncRNA
Anotace nových genů
Shlukování DET
Protein-proteinové sítě v diferenčně exprimovaných emisích (DEG)
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby sekvenování mRNA v plné délce Nanopore od BMKGene, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Gong, B. a kol. (2023) „Epigenetická a transkripční aktivace sekreční kinázy FAM20C jako onkogenu u gliomu“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. a kol. (2023) „Sekvenování transkriptomu v plné délce lymfocytů reagujících na IFN-γ odhaluje imunitní odpověď s odchylkou Th1 u platýse (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. a kol. (2023) „Srovnávací analýza metod sekvenování RNA PacBio a ONT pro identifikaci jedu Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. a kol. (2023) „Nanosekvenční analýza odhaluje odlišné funkční sklony mezi exosomy a mikrovezikulami odvozenými z hUMSC“, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
