De novo shromáždění bakteriálního genomu
Poskytujeme kompletní službu sestavení bakteriálního genomu s garancí 0 mezer. Toho je možné díky integraci technologií sekvenování dlouhých čtecích frakcí, jako jsou Nanopore a PacBio pro sestavení, a sekvenování krátkých čtecích frakcí s technologií Illumina pro validaci sestavení a korekci chyb ONT čtení. Naše služba poskytuje kompletní bioinformatický pracovní postup od sestavení, funkční anotace až po pokročilou bioinformatickou analýzu a plní specifické výzkumné cíle. Tato služba umožňuje vývoj přesných referenčních genomů pro různé genetické a genomické studie. Navíc tvoří základ pro aplikace, jako je optimalizace kmenů, genetické inženýrství a vývoj mikrobiálních technologií, a zajišťuje spolehlivá a bezmezní genomická data, která jsou klíčová pro rozvoj vědeckých poznatků a biotechnologických inovací.
Funkce služby
● Se dvěma možnými možnostmi na výběr v závislosti na požadovaném stupni úplnosti genomu.
● Možnost návrhu genomu: Sekvenování krátkých čtecích sekvencí s Illumina NovaSeq PE150.
● Kompletní genom s 0 mezerami.
● Sekvencování s dlouhým čtením na zařízeních Nanopore PromethION 48 nebo PacBio Revio pro sestavení genomu.
● Sekvenování krátkých čtecích sekvencí na Illumina NovaSeq pro validaci genomu a korekci chyb (Nanopore) nebo pro generování návrhu genomu.
Výhody služby
●Zaručeno genom s nulovou mezerouTo je způsobeno integrací sekvenování Illumina se sekvenováním s dlouhým čtením (Nanopore nebo PacBio).
●Kompletní pracovní postup bioinformatiky:To zahrnuje sestavení genomu a predikci více genomových elementů, funkční anotaci genů a vizualizace genomu, jako je Circos plot.
●Rozsáhlé odborné znalostiS více než 20 000 sestavenými mikrobiálními genomy nabízí BMKGENE více než desetileté zkušenosti, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
●K dispozici je více strategií sekvenování:Pro různé výzkumné cíle a požadavky na úplnost genomu.
Specifikace služby
| Servis | Strategie sekvenování |
| Návrh genomu | Illumina PE150 100x |
| Genom s 0 mezerami | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (volitelné) |
Požadavky na vzorek:
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Objem (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,0 |
| Nanopóry | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterie: ≥3,5x1010 buňky
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality sekvenčních dat
● Sestavení genomu
● Analýza genomových komponent: Predikce CDS a více genomových elementů
● Funkční anotace s několika obecnými databázemi (GO, KEGG atd.) a pokročilými databázemi (CARD, VFDB atd.)
● Vizualizace genomu
Genom poskytujeme ve snadno dostupném formátu fasta a v souboru s anotacemi genomu (gff).
Anotace genů – GO
Anotace genů – sacharidy CAZY
Vizualizace genomu – Circos plot
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby BMKGene v oblasti sestavování bakteriálního genomu, prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Dai, W. a kol. (2023) „Objev Bacteroides uniformis F18-22 jako bezpečné a nové probiotické bakterie pro léčbu ulcerózní kolitidy ze zdravého lidského tlustého střeva“,Mezinárodní časopis molekulárních věd, 24(19), s. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. a kol. (2021) „Multirezistentní izoláty Proteus mirabilis nesoucí blaOXA-1 a blaNDM-1 z volně žijících živočichů v Číně: rostoucí riziko pro veřejné zdraví“,Integrativní zoologie, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT a kol. (2017) „Kompletní genomová sekvence endofytu Bacillus flexus KLBMP 4941 odhaluje jeho mechanismus podpory růstu rostlin a genetický základ tolerance vůči soli“,Časopis biotechnologie, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. a kol. (2021) „Plazmidy Klebsiella s vícenásobnou replikonovou rezistencí zprostředkovávají rozsáhlé šíření antimikrobiálních genů“,Hranice v mikrobiologii, 12, str. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
