Sekvenování malých RNA – Illumina
Funkce
● Příprava knihovny pro výběr velikosti.
● Bioinformatická analýza zaměřená na predikci a cíle miRNA.
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalostiZpracovali jsme přes 300 vzorků různých typů. Do každého projektu vnášíme bohaté odborné znalosti.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků přes přípravu knihovny až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Naše pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Komplexní bioinformatická analýza:Umožňuje identifikaci známých i nových miRNA, identifikaci cílů miRNA a odpovídající funkční anotaci a obohacení o více databází (KEGG, GO).
●Poprodejní podporaChápeme, jak důležité je být přítomen, a proto náš závazek přesahuje rámec dokončení projektu a poskytuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Platforma | Doporučená data | Kontrola kvality dat |
| Vybraná velikost | Illumina SE50 | 10–20 milionů přečtení | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek:
Nukleotidy:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | RIN ≥ 6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semeno: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střeva: 450 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1,5 g
● Členovci:
Hmyz: 9 g
Korýši: 450 mg
● Plná krev2 trubice
● Buňky: 106 buňky
● Sérum a plazma:6 ml
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Klasifikace malých RNA
● Analýza exprese miRNA a diferenciální exprese
● Anotace cílového genu miRNA a diferenciálně exprimovaného cílového genu miRNA
● Anotace cílového genu a obohacení funkce diferenciálně exprimovaného miRNA genu
Identifikace miRNA: struktura a hloubka
Diferenciální exprese miRNA – hierarchické shlukování
Funkční anotace cíle diferencovaně exprimovaných miRNA
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvenování sRNA od BMKGene prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Chen, H. a kol. (2023) „Virové infekce inhibují biosyntézu a fotosyntézu saponinů u Panax notoginseng“,Fyziologie a biochemie rostlin, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. a kol. (2023) „Rostlinný protein FREE1 obsahující doménu FYVE se asociuje s mikroprocesorovými komponentami a potlačuje biogenezi miRNA“.Zprávy EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. a kol. (2023) „MikroRNA Ame-Bantam-3p řídí vývoj larevních kukel cílením na gen megf8 (Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8) u včely medonosné, Apis mellifera“,Mezinárodní časopis molekulárních věd, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. a kol. (2018) „Integrovaná analýza MiRNA a genů spojených s kvalitou masa odhaluje, že Gga-MiR-140-5p ovlivňuje intramuskulární ukládání tuku u kuřat“,Buněčná fyziologie a biochemie, 46(6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
