Malé sekvenování RNA-Illumina
Funkce
● Výběr velikosti RNA před přípravou knihovny
● Bioinformatická analýza zaměřená na predikci miRNA a jejich cíle
Výhody služby
●Komplexní bioinformatická analýza:umožňující identifikaci známých i nových miRNA, identifikaci cílů miRNA a odpovídající funkční anotace a obohacení o více databází (KEGG, GO)
●Přísná kontrola kvality: implementujeme základní kontrolní body ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku.Toto pečlivé sledování zajišťuje trvale vysoce kvalitní výsledky.
●Poprodejní podpora: Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem.Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
●Rozsáhlá odbornost: díky záznamům o úspěšném uzavření více projektů sRNA pokrývajících více než 100 druhů v různých oblastech výzkumu přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Plošina | Doporučené údaje | Data QC |
| Velikost vybrána | Illumina SE50 | 10M-20M čtení | Q30≥85 % |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | RIN > 6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semena: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střevo: 450 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1,5 g
● Členovci:
Hmyz: 9 g
Korýš: 450 mg
● Plná krev: 2 trubky
● Buňky: 106 buňky
● Sérum a plazma:6 ml
Doporučené doručení vzorku
Kontejner:
2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Identifikace miRNA: struktura a hloubka
Diferenciální exprese miRNA – hierarchické shlukování
Funkční anotace cíle rozdílně exprimovaných miRNA
Prozkoumejte pokroky ve výzkumu, které umožňují sekvenační služby sRNA BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Chen, H. a kol.(2023) 'Virové infekce inhibují biosyntézu saponinů a fotosyntézu v Panax notoginseng', Plant Physiology and Biochemistry, 203, str.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. a kol.(2023) „Protein FREE1 obsahující rostlinnou doménu FYVE se spojuje s mikroprocesorovými komponentami, aby potlačoval biogenezi miRNA“, uvádí EMBO, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. a kol.(2023) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p Controls Larval Pupal Development by Targeting the Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8 Gen (megf8) in the Honeybee, Apis mellifera', International Journal of Molecular Sciences, 24(6), str. .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. a kol.(2018) 'Integrovaná analýza MiRNA a genů spojených s kvalitou masa odhaluje, že Gga-MiR-140-5p ovlivňuje intramuskulární ukládání tuku u kuřat', Buněčná fyziologie a biochemie, 46(6), str. 2421–2433.doi: 10.1159/000489649.
