Sekvenování amplikonů (16S/18S/ITS)

Sekvenování amplikonů (16S/18S/ITS) pomocí Illuminy je metoda analýzy mikrobiální diverzity, která identifikuje mikrobiální profily podle jejich sekvencí a následně se snaží dešifrovat bohatost a diverzitu společenstev v každém vzorku a mezi vzorky. Procesní kanál BMKCloud Amplicon (NGS) umožňuje analýzu genů 16S, 18S, ITS a více funkčních genů. Začíná se ořezáváním čtených sekvencí, sestavením párových konců čtených sekvencí a hodnocením kvality, po kterém následuje shlukování podobných čtených sekvencí za účelem generování operačních taxonomických jednotek (OTU) použitých v šesti různých analytických sekcích. Taxonomická anotace poskytuje informace o relativní hojnosti a složení každého vzorku, zatímco analýzy alfa a beta diverzity se zaměřují na mikrobiální diverzitu v rámci vzorků a mezi nimi. Diferenciální analýza mezi skupinami vyhledává OTU, které se liší, pomocí parametrických i neparametrických testů, zatímco korelační analýza tyto rozdíly spojuje s faktory prostředí. Nakonec se hojnost funkčních genů predikuje na základě hojnosti markerových genů, což poskytuje vhled do funkce a ekologie v každém vzorku.