Sekvenování celého transkriptomu – Illumina
Funkce
● Generování duální knihovny pro sekvenování kompletního transkriptomu: knihovna pro depleci rRNA a příprava malé RNA knihovny.
● Kompletní bioinformatická analýza mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA v oddělených bioinformatických zprávách plus společná analýza s kombinovanou expresí všech RNA, včetně analýzy sítí ceRNA.
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalostiZpracovali jsme přes 2100 projektů s kompletními transkriptomy, které zahrnovaly různé typy vzorků. Do každého projektu vnášíme bohaté odborné znalosti.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků přes přípravu knihovny až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Naše pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Komplexní anotacePro funkční anotaci diferenciálně exprimovaných genů (DEG) a provedení odpovídajících obohacovacích analýz využíváme několik databází. Tento komplexní přístup poskytuje vhled do buněčných a molekulárních procesů, které jsou základem transkriptomové odpovědi, a zajišťuje, že získáte veškeré možné informace o datech vašeho experimentu.
●Hloubková analýza regulačních sítíAnalýza sítě ceRNA je umožněna společným sekvenováním mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA a vyčerpávajícím bioinformatickým pracovním postupem.
●Poprodejní podporaChápeme, jak důležité je být přítomen, a proto náš závazek přesahuje rámec dokončení projektu a poskytuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| deplece rRNA | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Vybraná velikost | Illumina SE50 | 10–20 milionů přečtení |
Požadavky na vzorek:
Nukleotidy:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | RIN ≥ 6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Kromě všech analýz jednotlivých typů RNA jsou do naší společné analýzy zkombinovány 4 typy RNA:
- Analýza koexprese mezi všemi různými typy dat RNA
- Přehled exprese RNA
- Přehled diferenciálních výrazů
- Síť CeRNA
- Klíčové geny integrované v dráze
- Analýza ochrany přírody
- Cílení vztahů
Přehled exprese RNA
Diferenciálně exprimované geny
analýza ceRNA
Diferenciálně exprimované miRNA a příbuzné RNA
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvenování celého transkriptomu společnosti BMKGene prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Dai, Y. a kol. (2022) „Komplexní expresní profily mRNA, lncRNA a miRNA u Kashin-Beckovy choroby identifikované sekvenováním RNA“,Molekulární omika, 18(2), s. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan a kol. (2022) „Analýza transkriptomů v plné délce odolnosti Apis cerana vůči chladu v pohoří Changbai během období přezimování.“Gen, 830, s. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ a kol. (2022) „Prioritizace konkurenčních endogenních RNA regulačních sítí u malobuněčného karcinomu plic založená na integraci multi-omik: Molekulární charakteristiky a kandidáti na léčiva“,Hranice v onkologii, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. a kol. (2022) „Integrovaná analýza expresních profilů lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA odhaluje nové poznatky o potenciálních mechanismech v reakci na hlístice kořenové u arašídů“,Genomika BMC, 23(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. a kol. (2022) „Sekvenování RNA s celým transkriptomem zdůrazňuje molekulární mechanismy spojené s udržováním posklizňové kvality brokolice ozařováním červenými LED diodami“,Posklizňová biologie a technologie, 188, s. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHAVRBIO.2022.111878.
