● K dispozici jsou dva exomové panely založené na obohacení cíle sondami: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) a xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- Na základě panelu SureSelect Human All Exon V6 jsou oblasti UTR a mtDNA v plné délce doplněny do cílového rozsahu záchytu.
- Konstrukce knihoven s podporou UMI je k dispozici s panelem SureSelect Human All Exon V6.
● Sekvenování na přístroji Illumina NovaSeq.
● Bioinformatický kanál zaměřený na analýzu onemocnění nebo nádorů.
●Cílí na oblast kódující proteinyZachycením a sekvenováním oblastí kódujících proteiny se hWES využívá k odhalení variant souvisejících se strukturou proteinů.
●Cenově výhodné:hWES poskytuje přibližně 85 % mutací spojených s lidským onemocněním z 1 % lidského genomu.
●Vysoká přesnostDíky vysoké hloubce sekvenování usnadňuje hWES detekci jak běžných, tak i vzácných variant s četností nižší než 1 %.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme pět základních kontrolních bodů. Toto pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Komplexní bioinformatická analýzaNáš výzkumný program jde nad rámec pouhé identifikace variací referenčního genomu, protože zahrnuje pokročilou analýzu navrženou tak, aby konkrétně řešila výzkumné otázky týkající se genetických aspektů onemocnění nebo analýzy nádorů.
●Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
| Strategie zachycení exonů | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat |
| Agilent SureSelectXT Human All Exon V6 + UTR + mtDNA Agilent SureSelectXT Human All Exon V6 + UTR + mtDNA (s UMI) IDT xGen Exome Hyb Panel V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5–10 GB Pro Mendelovy poruchy/vzácná onemocnění: > 50x Pro vzorky nádorů: ≥ 100x |
| Typ vzorku | Množství(Qubit®) | Koncentrace | Objem | Agarózový gel |
| WES-FF | ≥ 150 ng | ≥ 15 ng/µl |
≥ 15 µl | Žádná nebo jen omezená kontaminace a degradace (hlavní pás je čirý). FFPE DNA: Pokud je hlavní pás nejasný, je nutný zřetelný nátěr nad 2 kb. |
| WES-FFPE | ≥ 200 ng | ≥ 15 ng/µl |
Bioinformatická analýza vzorků s hWES-onemocněním zahrnuje:
● Kontrola kvality sekvenčních dat
● Zarovnání referenčního genomu
● Identifikace SNP a InDels
● Funkční anotace SNP a InDels
Bioinformatická analýza vzorků nádorů zahrnuje:
● Kontrola kvality sekvenčních dat
● Zarovnání referenčního genomu
● Identifikace SNP, InDels a somatických variací
● Identifikace variant zárodečné linie
● Analýza mutačních signatur
● Identifikace genů pro správu genů na základě mutací se ziskem funkce
● Anotace mutací na úrovni citlivosti na léky
● Analýza heterogenity – výpočet čistoty a ploidie
Kontrola kvality dat – Statistika zachycení exomu
Identifikace variant – InDels
Pokročilá analýza: identifikace a distribuce škodlivých SNP/InDels – Circos plot
Analýza nádorů: identifikace a distribuce somatických mutací – Circos plot
Analýza nádorů: klonální linie