-
Metagenomické sekvenování -NGS
Metagenom je soubor celkového genetického materiálu smíšené komunity organismů, jako jsou metagenomy prostředí a člověka. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Sekvenování s metodou brokovnicového metagenomického sekvenování s využitím NGS umožňuje studium těchto složitých genomických krajin vložených do vzorků prostředí tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování, ale také podrobný vhled do druhové rozmanitosti, dynamiky početnosti a komplexních populačních struktur. Kromě taxonomických studií nabízí shotgun metagenomika také perspektivu funkční genomiky, která umožňuje zkoumání kódovaných genů a jejich předpokládaných rolí v ekologických procesech. Vytvoření korelačních sítí mezi genetickými prvky a faktory prostředí konečně přispívá k holistickému pochopení složité souhry mezi mikrobiálními komunitami a jejich ekologickým pozadím. Závěrem lze říci, že metagenomické sekvenování představuje klíčový nástroj pro odhalení genomických složitostí rozmanitých mikrobiálních komunit a osvětluje mnohostranné vztahy mezi genetikou a ekologií v těchto komplexních ekosystémech.
Platformy: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
-
Metagenomické sekvenování-TGS
Metagenom je soubor genetického materiálu smíšené komunity organismů, jako jsou environmentální a lidské metagenomy. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Metagenomické sekvenování umožňuje studium těchto složitých genomických krajin vložených do ekologických vzorků tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování. Nabízí také funkční genomickou perspektivu zkoumáním kódovaných genů a jejich předpokládaných rolí v environmentálních procesech. Zatímco tradiční metody shotgun se sekvenováním Illumina byly široce používány v metagenomických studiích, příchod sekvenování dlouhých čtecích sekvencí Nanopore a PacBio změnil tento obor. Technologie Nanopore a PacBio vylepšují následné bioinformatické analýzy, zejména sestavování metagenomů, a zajišťují tak kontinuálnější sestavování. Zprávy naznačují, že metagenomika založená na Nanopore a PacBio úspěšně generovala kompletní a uzavřené bakteriální genomy ze složitých mikrobiomů (Moss, EL a kol., Nature Biotech, 2020). Integrace čtecích sekvencí Nanopore s čtecími sekvencemi Illumina poskytuje strategický přístup ke korekci chyb a zmírňuje inherentní nízkou přesnost Nanopore. Tato synergická kombinace využívá silné stránky každé sekvenční platformy a nabízí robustní řešení pro překonání potenciálních omezení a zvýšení přesnosti a spolehlivosti metagenomických analýz.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia a PacBio Revio
-
Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS – PacBio
Geny 16S a 18S rRNA spolu s oblastí Internal Transcribed Spacer (ITS) slouží jako klíčové markery molekulárního fingerprintingu díky kombinaci vysoce konzervovaných a hypervariabilních oblastí, což z nich činí neocenitelné nástroje pro charakterizaci prokaryotických a eukaryotických organismů. Amplifikace a sekvenování těchto oblastí nabízí přístup bez izolace ke zkoumání mikrobiálního složení a diverzity v různých ekosystémech. Zatímco sekvenování pomocí Illumina se obvykle zaměřuje na krátké hypervariabilní oblasti, jako jsou V3-V4 genu 16S a ITS1, bylo prokázáno, že lepší taxonomické anotace je dosažitelná sekvenováním genů 16S, 18S a ITS v plné délce. Tento komplexní přístup vede k vyššímu procentu přesně klasifikovaných sekvencí a dosahuje úrovně rozlišení, která sahá až k identifikaci druhů. Platforma pro sekvenování Single-Molecule Real-Time (SMRT) od společnosti PacBio vyniká tím, že poskytuje vysoce přesné dlouhé čtení (HiFi), které pokrývají amplikony v plné délce a konkurují tak přesnosti sekvenování pomocí Illumina. Tato schopnost umožňuje výzkumníkům dosáhnout bezkonkurenční výhody – panoramatického pohledu na genetickou krajinu. Rozšířené pokrytí výrazně zvyšuje rozlišení v anotaci druhů, zejména v rámci bakteriálních nebo houbových společenstev, což umožňuje hlubší pochopení složitosti mikrobiálních populací.
-
Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS - NGS
Sekvenování amplikonů pomocí technologie Illumina, zaměřené konkrétně na genetické markery 16S, 18S a ITS, je účinnou metodou pro odhalení fylogeneze, taxonomie a druhové četnosti v mikrobiálních společenstvech. Tento přístup zahrnuje sekvenování hypervariabilních oblastí genetických markerů. Původně byl zaveden jako molekulární otisk prstu společnostíWoeses a kol.V roce 1977 tato technika způsobila revoluci v profilování mikrobiomu tím, že umožnila analýzy bez nutnosti izolace. Prostřednictvím sekvenování 16S (bakterie), 18S (plísně) a interního transkribovaného spaceru (ITS, plísně) mohou vědci identifikovat nejen hojné druhy, ale i vzácné a neidentifikované. Sekvenování amplikonů, které se široce používá jako klíčový nástroj, se stalo klíčovým nástrojem pro rozpoznávání rozdílného mikrobiálního složení v různých prostředích, včetně lidských úst, střev, stolice a dalších.
-
Resekvenování celého genomu bakterií a hub
Projekty resekvenování celého genomu bakterií a hub jsou klíčové pro pokrok v mikrobiální genomice, protože umožňují dokončení a porovnání mikrobiálních genomů. To usnadňuje fermentační inženýrství, optimalizaci průmyslových procesů a zkoumání sekundárních metabolických drah. Resekvenování hub a bakterií je navíc klíčové pro pochopení adaptace na prostředí, optimalizaci kmenů a odhalení dynamiky genetické evoluce s širokými důsledky v medicíně, zemědělství a environmentálních vědách.
-
Sekvenování prokaryotické RNA
Sekvenování RNA umožňuje komplexní profilování všech RNA transkriptů v buňkách za specifických podmínek. Tato špičková technologie slouží jako účinný nástroj, který odhaluje složité profily genové exprese, genové struktury a molekulární mechanismy spojené s různými biologickými procesy. Sekvenování RNA, široce používané v základním výzkumu, klinické diagnostice a vývoji léčiv, nabízí vhled do složitostí buněčné dynamiky a genetické regulace. Naše zpracování prokaryotických vzorků RNA je přizpůsobeno prokaryotickým transkriptomům a zahrnuje depleci rRNA a směrovou přípravu knihovny.
-
Sekvenování metatranskriptomu
S využitím technologie sekvenování Illumina odhaluje služba sekvenování metatranskriptomu společnosti BMKGENE dynamickou genovou expresi rozmanité škály mikrobů, od eukaryot přes prokaryoty až po viry, v přírodních prostředích, jako je půda, voda, moře, stolice a střeva. Naše komplexní služba umožňuje výzkumníkům ponořit se do kompletních profilů genové exprese složitých mikrobiálních společenstev. Kromě taxonomické analýzy naše služba sekvenování metatranskriptomu usnadňuje zkoumání funkčního obohacení a osvětluje diferencovaně exprimované geny a jejich role. Odhalte množství biologických poznatků při procházení složitou krajinou genové exprese, taxonomické rozmanitosti a funkční dynamiky v těchto rozmanitých environmentálních výklencích.
-
De novo shromáždění genomu hub
BMKGENE nabízí všestranná řešení pro houbové genomy, která uspokojují rozmanité výzkumné potřeby a požadovanou úplnost genomu. Použití pouhého krátkého sekvenování Illumina umožňuje generování návrhu genomu. Krátké a dlouhé sekvenování pomocí Nanopore nebo Pacbio se kombinují pro zjemněnější houbový genom s delšími kontigy.
-
De novo shromáždění bakteriálního genomu
Poskytujeme kompletní službu sestavení bakteriálního genomu s garancí 0 mezer. Toho je možné díky integraci technologií sekvenování dlouhých čtecích frakcí, jako jsou Nanopore a PacBio pro sestavení, a sekvenování krátkých čtecích frakcí s technologií Illumina pro validaci sestavení a korekci chyb ONT čtení. Naše služba poskytuje kompletní bioinformatický pracovní postup od sestavení, funkční anotace až po pokročilou bioinformatickou analýzu a plní specifické výzkumné cíle. Tato služba umožňuje vývoj přesných referenčních genomů pro různé genetické a genomické studie. Navíc tvoří základ pro aplikace, jako je optimalizace kmenů, genetické inženýrství a vývoj mikrobiálních technologií, a zajišťuje spolehlivá a bezmezní genomická data, která jsou klíčová pro rozvoj vědeckých poznatků a biotechnologických inovací.
