Teplotní mapa
Nástroj Heatmap přijímá jako vstup soubor s maticovými daty a umožňuje uživatelům filtrovat, normalizovat a shlukovat data. Primárním použitím tepelných map je shluková analýza úrovně genové exprese mezi různými vzorky.
Anotace genů
Nástroj pro anotaci genů provádí anotaci genů na základě zarovnání sekvencí vstupních souborů FASTA s různými databázemi.
Základní nástroj pro lokální vyhledávání zarovnání (BLAST)
Nástroj BLAST je integrovaná verze nástroje NCBI BLAST s BMKCloud a lze jej použít k provádění stejných funkcí s využitím dat nahraných do účtu BMKCloud.
Predikce CDS_UTR
Nástroj pro predikci CDS_UTR je navržen tak, aby predikoval kódující oblasti (CDS) a nekódující oblasti (UTR) v daných transkriptních sekvencích na základě výsledků BLAST oproti známým proteinovým databázím a výsledkům predikce ORF.
Manhattanský spiknutí
Nástroj Manhattan Plot umožňuje zobrazení experimentů s vysokým počtem vzorků a běžně se používá v celogenomových asociačních studiích (GWAS).
Diagram Circusu
Nástroj CIRCOS Diagram poskytuje efektivní vizualizaci distribuce genomových prvků v genomu. Mezi společné prvky patří kvantitativní lokusy, SNP, InDely, strukturní varianty a varianty s počtem kopií.
Obohacení genové ontologie (GO)
Nástroj GO Enrichment umožňuje analýzu funkčního obohacení. Primárním softwarem v tomto nástroji je balíček TopGO-Bioconductor, který zahrnuje analýzu diferenciální exprese, analýzu obohacení GO a vizualizaci výsledků.
Analýza vážené genové koexpresní sítě (WGCNA)
WGCNA je široce používaná metoda dolování dat pro objevování modulů genové koexprese. Je použitelná pro různé soubory dat o expresi, včetně dat genové exprese z microarray a NGS.
InterProScan
Nástroj InterProScan umožňuje analýzu a klasifikaci proteinových sekvencí InterPro.
Obohacování GO KEGG
Nástroj GO KEGG Enrichment je navržen tak, aby generoval histogram obohacení GO, histogram obohacení KEGG a dráhu obohacení KEGG na základě poskytnuté sady genů a odpovídající anotace.
