Metagenomika (NGS)

Metagenomika metodou Shotgun s technologií Illumina je oblíbeným nástrojem pro studium mikrobiomů přímým sekvenováním DNA ze složitých vzorků, což umožňuje studium taxonomické i funkční diverzity. Proces metagenomiky (NGS) v BMKCloud začíná kontrolou kvality a sestavením metagenomu, z nichž jsou geny predikovány a shlukovány do neredundantních datových sad, které jsou anotovány z hlediska funkce a taxonomie pomocí více databází. Tyto informace se používají k analýze taxonomické diverzity v rámci vzorku (alfa diverzita) a diverzity mezi vzorky (beta diverzita). Diferenciální analýza mezi skupinami vyhledává OTU a biologické funkce, které se mezi oběma skupinami liší, a to pomocí parametrických i neparametrických testů, zatímco korelační analýza tyto rozdíly spojuje s faktory prostředí.