Nereferenční sekvenování mRNA-Illumina
Funkce
● Nezávislé na jakémkoli referenčním genomu,
● Data by mohla být použita k analýze struktury a vyjádření přepisů
● Identifikujte různá místa ořezu
Výhody služby
● Doručování výsledků na bázi BMKCloud: Výsledky jsou dodávány jako datový soubor a interaktivní zpráva prostřednictvím platformy BMKCloud, která umožňuje uživatelsky přívětivé čtení komplexních výstupů analýzy a přizpůsobené dolování dat na základě standardní bioinformatické analýzy.
● Poprodejní služby: Poprodejní služby platné 3 měsíce po dokončení projektu, včetně sledování projektů, řešení problémů, dotazů a odpovědí na výsledky atd.
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥6,5; Pro zvířata: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
Tkáň: Hmotnost (suchá): ≥1 g
*Pro tkáň menší než 5 mg doporučujeme odeslat bleskově zmrazený (v tekutém dusíku) vzorek tkáně.
Buněčná suspenze: Počet buněk = 3x107
*Doporučujeme zasílat zmrazený buněčný lyzát.V případě, že počet buněk je menší než 5×105, doporučuje se bleskově zmrazit v tekutém dusíku.
Vzorky krve:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzolu a 2 ml krve (TRIzol: Krev = 3:1)
Doporučené doručení vzorku
Kontejner:
2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
1.mRNA(denovo) Princip shromáždění
U Trinity jsou čtení fragmentována na menší kousky, známé jako K-mer.Tyto K-mery jsou pak použity jako zárodky, které mají být rozšířeny do kontigů a poté na složky založené na překrývání kontigů.Nakonec zde byl použit De Bruijn k rozpoznání přepisů v komponentách.
mRNA (De novo) Přehled Trinity
2. mRNA (De novo) Distribuce úrovně genové exprese
RNA-Seq je schopen dosáhnout vysoce citlivého odhadu genové exprese.Normálně se detekovatelný rozsah exprese transkriptů FPKM pohybuje od 10^-2 do 10^6
mRNA (De novo) Distribuce hustoty FPKM v každém vzorku
3. mRNA (De novo) GO analýza obohacení DEGs
Databáze GO (Gene Ontology) je strukturovaný biologický anotační systém obsahující standardní slovník funkcí genů a genových produktů.Obsahuje více úrovní, přičemž čím je úroveň nižší, tím jsou funkce konkrétnější.
mRNA (De novo) GO klasifikace DEGs na druhé úrovni
Pouzdro BMK
Transkriptomová analýza metabolismu sacharózy během bobtnání a vývoje cibule (Allium cepa L.)
Publikováno: hranice ve vědě o rostlinách，2016
Strategie sekvenování
Illumina HiSeq2500
Kolekce vzorků
V této studii byl použit kultivar Utah Yellow Sweet Spain „Y1351“.Počet odebraných vzorků byl
15. den po nabobtnání (DAS) bulbu (průměr 2 cm a hmotnost 3–4 g), 30. den po otoku (průměr 5 cm a hmotnost 100–110 g) a ∼3 na 40. den DAS (průměr 7 cm a 260–300 gramů).
Klíčové výsledky
1. ve Vennově diagramu bylo detekováno celkem 146 stupňů napříč všemi třemi páry vývojových stádií
2 „Transport a metabolismus sacharidů“ představovalo pouze 585 unigenů (tj. 7 % anotovaného COG).
3. Unigeny úspěšně anotované do databáze GO byly klasifikovány do tří hlavních kategorií pro tři různé fáze vývoje žárovek.Nejvíce zastoupené v hlavní kategorii „biologický proces“ byly „metabolický proces“ následovaný „buněčným procesem“.V hlavní kategorii „molekulární funkce“ byly nejvíce zastoupeny dvě kategorie „vazba“ a „katalytická aktivita“.
 Histogram klasifikace shluků ortologických skupin (COG). |  Histogram klasifikace genové ontologie (GO) pro unigeny odvozené z cibulek ve třech vývojových stádiích |
 Vennův diagram ukazující geny odlišně exprimované v jakýchkoli dvou fázích vývoje cibule |
Odkaz
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, a kol.Transkriptomová analýza metabolismu sacharózy během bobtnání a vývoje cibule u cibule (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
