Sekvenování mRNA bez referenčních kritérií - NGS
Funkce
● Zachycení poly mRNA před přípravou knihovny
● Nezávislý na jakémkoli referenčním genomu: na základě de novo sestavení transkriptů, generování seznamu unigenů, které jsou anotovány v několika databázích (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Komplexní bioinformatická analýza genové exprese a struktury transkriptů
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalostiS historií zpracování více než 600 000 vzorků v BMKGENE, zahrnující různé typy vzorků, jako jsou buněčné kultury, tkáně a tělesné tekutiny, přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti. Úspěšně jsme dokončili více než 100 000 projektů mRNA-Seq v různých výzkumných oblastech.
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Toto pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
● Komplexní anotacePoužíváme několik databází k funkční anotaci diferencovaně exprimovaných genů (DEG) a provádění odpovídající analýzy obohacení, která poskytuje poznatky o buněčných a molekulárních procesech, které jsou základem transkriptomové odpovědi.
●Poprodejní podporaNáš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Obohacený poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek:
Nukleotidy:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | Pro rostliny: RIN ≥ 4,0; Pro zvířata: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná elevace základní linie |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semeno: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střeva: 300 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1 g
● Členovci:
Hmyz: 6 g
Korýši: 300 mg
● Plná krev1 tuba
● Buňky: 106 buňky
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Extrakce RNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Sestavení transkriptomu a výběr unigenu
Anotace Unigene
Korelace vzorků a hodnocení biologických replikátů
Diferenciálně exprimované geny (DEG)
Funkční anotace stupňů stupňů
Funkční obohacení DEG
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby sekvenování mRNA eukaryotického NGS od BMKGene, prostřednictvím uspořádané kolekce publikací.
Shen, F. a kol. (2020) „De novo sestavení transkriptomu a genová exprese ovlivněná pohlavím v gonádách sumce amurského (Silurus asotus)“, Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. a kol. (2016) „Transcriptomová analýza metabolismu sacharózy během bobtnání a vývoje cibule u cibule (Allium cepa L.)“, Frontiers in Plant Science, 7 (září), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. a kol. (2017) „De novo sestavení, charakterizace a anotace transkriptomu Sarcocheilichthys sinensis“, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. a kol. (2021) „De novo transkriptomová analýza poskytuje vhled do tolerance Podocarpus macrophyllus vůči soli za salinity“, BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
