Analýza eukaryotické mRNA (k dispozici jsou možnosti založené na referenci a de novo)
Tento postup využívá data NGS RNA-Seq jako vstup a produkuje výsledky z několika následných analýz, včetně, ale nikoli výhradně: hodnocení kvality sekvenčních dat,de novoanotace transkripčních míst, analýza sestřihu variabilních míst, analýza diferenciální exprese, anotace funkcí a analýza obohacení.
Analýza dlouhé nekódující RNA
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou nekódující transkripty s délkou delší než 200 nt, o kterých je známo, že hrají roli v organizaci a regulaci chromatinu. Technologie sekvenování s vysokou propustností a bioinformatika nám umožnily lépe porozumět sekvencím lncRNA a informacím o jejich poloze a identifikovat lncRNA s klíčovými regulačními funkcemi. Tento proces poskytuje analýzu lncRNA kromě analýz zmíněných v procesu analýzy eukaryotické mRNA.
Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS
Analýza mikrobiální diverzity pomocí Amplicon Sequencing byla vyvinuta na základě dlouholetých zkušeností s analýzou projektů mikrobiální diverzity. Analýza obsahuje standardizovanou základní analýzu, která pokrývá hlavní obsah analýz současného mikrobiálního výzkumu a personalizovanou analýzu. Analytická zpráva je bohatá a komplexní s možností provedení rozmanité personalizované analýzy. Vzorky a skupiny lze navíc průběžně upravovat pro další přizpůsobení a kontrolu.
Analýza metagenomiky brokovnice
Proces metagenomické analýzy Shotgun využívá data NGS ze smíšených genomických materiálů extrahovaných ze vzorků prostředí. Zahrnuté analýzy poskytují podrobné informace o druhové rozmanitosti a početnosti, populační struktuře, fylogenetických vztazích, funkčních genech a korelačních sítích s faktory prostředí.
Analýza variant NGS-WGS
Analýza variant NGS-WGS je integrovaný systém pro detekci variant, který provádí kontrolu kvality dat, zarovnání sekvencí, anotaci a analýzu genových mutací. Systém se řídí osvědčenými postupy GATK pro detekci SNP a InDel a pro volání strukturních variant používá Manta.
Studie celogenomové asociace (GWAS)
GWAS pipeline je následná analýza, která jako vstup bere dříve generované soubory VCF a odpovídající fenotypová data pro kohortu jedinců. Pomocí specifických statistických metodologií se GWAS snaží odhalit nukleotidové variace v celém genomu korelované s fenotypovými rozdíly. Hraje klíčovou roli při zkoumání funkčních genů spojených se složitými lidskými onemocněními a složitými znaky u rostlin a zvířat.
Analýza hromadné segregace (BSA)
Analýza BSA zahrnuje sdružování jedinců s extrémními fenotypovými znaky ze segregující populace. Porovnáním diferenciálních lokusů mezi sdruženými vzorky tento přístup rychle identifikuje úzce propojené molekulární markery asociované s cílovými geny. Je široce používán v genetickém mapování rostlin a živočichů a je cenným nástrojem pro šlechtění s asistencí markerů.
Analýza evoluční genetiky
Pracovní postup evoluční genetické analýzy využívá rozsáhlé zkušenosti BMKGENE v projektech genetické evoluce a zahrnuje konstrukci fylogenetického stromu, analýzu vazebné nerovnováhy, hodnocení genetické diverzity, identifikaci selektivním rozborem, analýzu příbuzenských vztahů, analýzu hlavních komponent a charakterizaci populační struktury.
