Evoluční genetika
Výhody služby
Takagi a kol.,Rostlinný deník, 2013
●Komplexní bioinformatická analýza:umožnění odhadu genetické diverzity, která odráží evoluční potenciál druhů, a odhalení spolehlivého fylogenetického vztahu mezi druhy s minimalizovaným vlivem konvergentní evoluce a paralelní evoluce
●Volitelná analýza na míru: například odhad času a rychlosti divergence na základě variací na úrovni nukleotidů a aminokyselin.
●Rozsáhlé odborné znalosti a publikační záznamyBMKGene nashromáždil za více než 15 let rozsáhlé zkušenosti v projektech populační a evoluční genetiky, které pokrývají tisíce druhů atd., a přispěl k více než 1000 projektům na vysoké úrovni publikovaným v Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal atd.
● Vysoce kvalifikovaný bioinformatický tým a krátký analytický cyklusDíky rozsáhlým zkušenostem s pokročilou genomickou analýzou poskytuje tým BMKGene komplexní analýzy s rychlou dobou zpracování.
● Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou péči o projekt, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Specifikace a požadavky na službu
| Typ sekvenování | Doporučené populační měřítko | Strategie sekvenování | Požadavky na nukleotidy |
| Sekvenování celého genomu | ≥ 30 jedinců, s ≥ 10 jedinci z každé podskupiny
| 10x | Koncentrace: ≥ 1 ng/µl Celkové množství ≥ 30 ng Omezená nebo žádná degradace či kontaminace |
| Specificky lokusový amplifikovaný fragment (SLAF) | Hloubka značky: 10x Počet štítků: <400 Mb: Doporučuje se WGS <1 GB: 100 tisíc tagů 1 GB >2 GB: 300 tisíc tagů Max. 500 tisíc tagů | Koncentrace ≥ 5 ng/µl Celkové množství ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarózový gel: žádná nebo jen omezená degradace či kontaminace
|
Pracovní postup služby
Návrh experimentu
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Služba zahrnuje analýzu populační struktury (fylogenetický strom, PCA, stratifikační graf populace), populační diverzity a populačního výběru (vazebná nerovnováha, selektivní výběr výhodných lokalit). Služba může zahrnovat i zakázkovou analýzu (např. doba divergence, tok genů).
*Zde uvedené výsledky dema pocházejí z genomů publikovaných pomocí BMKGENE.
1. Evoluční analýza zahrnuje konstrukci fylogenetického stromu, populační struktury a PCA na základě genetických variací.
Fylogenetický strom představuje taxonomické a evoluční vztahy mezi druhy se společným předkem.
PCA si klade za cíl vizualizovat blízkost mezi subpopulacemi.
Struktura populace ukazuje přítomnost geneticky odlišných subpopulací z hlediska frekvencí alel.
Chen a kol.PNAS, 2020
2. Selektivní zametání
Selektivní zametání označuje proces, při kterém je vybráno výhodné místo a frekvence propojených neutrálních míst se zvyšují a frekvence nepropojených míst se snižují, což vede ke snížení regionálního výskytu.
Detekce celého genomu v selektivních oblastech sweep je zpracována výpočtem populačního genetického indexu (π, Fst, Tajimaův D) všech SNP v posuvném okně (100 Kb) v určitém kroku (10 Kb).
Nukleotidová diverzita (π)
Tajima's D
Index fixace (Fst)
Wu a kol.Molekulární rostlina, 2018
3. Tok genů
Wu a kol.Molekulární rostlina, 2018
4. Demografická historie
Zhang a kol.Ekologie a evoluce přírody, 2021
5. Čas divergence
Zhang a kol.Ekologie a evoluce přírody, 2021
Prozkoumejte pokroky, které umožnily služby evoluční genetiky BMKGene, prostřednictvím kurátorsky vybrané kolekce publikací:
Hassanyar, AK a kol. (2023) „Objev molekulárních markerů SNP a kandidátních genů spojených s rezistencí viru včelího plodu u larev Apis cerana cerana resekvenováním celého genomu“,Mezinárodní časopis molekulárních věd, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. a kol. (2022) „Objev divokého, geneticky čistého čínského obřího mloka vytváří nové příležitosti k ochraně přírody“,Zoologický výzkum, 2022, roč. 43, číslo 3, strany: 469–480, 43(3), s. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. a kol. (2022) „Fylogeografický vzorec a historie populační evoluce domorodého druhu Elymus sibiricus L. na Čching-chajsko-tibetské plošině“,Hranice ve vědě o rostlinách, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. a kol. (2022) „Genomické poznatky o evoluci longanů z genomového souboru na úrovni chromozomů a populační genomiky longanů“,Výzkum v zahradnictví, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
