-
एकल-न्यूक्ली आरएनए अनुक्रमण
एकल-कोशिका क्याप्चर र अनुकूलन पुस्तकालय निर्माण प्रविधिहरूको विकास, उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमणसँग जोडिएको, कोशिका स्तरमा जीन अभिव्यक्ति अध्ययनमा क्रान्तिकारी परिवर्तन ल्याएको छ। यो सफलताले जटिल कोशिका जनसंख्याको गहिरो र अधिक व्यापक विश्लेषणको लागि अनुमति दिन्छ, सबै कोशिकाहरूमा जीन अभिव्यक्तिको औसतसँग सम्बन्धित सीमितताहरू पार गर्दै र यी जनसंख्या भित्र वास्तविक विषमता संरक्षण गर्दछ। एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमण (scRNA-seq) का निर्विवाद फाइदाहरू छन्, यसले निश्चित तन्तुहरूमा चुनौतीहरूको सामना गर्दछ जहाँ एकल-कोशिका निलम्बनको सिर्जना गाह्रो साबित हुन्छ र ताजा नमूनाहरू आवश्यक पर्दछ। BMKGene मा, हामी अत्याधुनिक १०X जीनोमिक्स क्रोमियम प्रविधि प्रयोग गरेर एकल-न्यूक्लियस आरएनए अनुक्रमण (snRNA-seq) प्रस्ताव गरेर यो अवरोधलाई सम्बोधन गर्छौं। यो दृष्टिकोणले एकल-कोशिका स्तरमा ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण गर्न योग्य नमूनाहरूको स्पेक्ट्रमलाई फराकिलो बनाउँछ।
न्यूक्लीको अलगाव नवीन १०X जेनोमिक्स क्रोमियम चिप मार्फत पूरा गरिन्छ, जसमा डबल क्रसिङ भएको आठ-च्यानल माइक्रोफ्लुइडिक्स प्रणाली रहेको छ। यस प्रणाली भित्र, बारकोडहरू, प्राइमरहरू, इन्जाइमहरू, र एकल न्यूक्लियस समावेश गर्ने जेल मोतीहरू नानोलिटर-आकारको तेल थोपाहरूमा समेटिएका हुन्छन्, जसले जेल मोती-इन-इमल्शन (GEM) बनाउँछ। GEM गठन पछि, प्रत्येक GEM भित्र कोशिका लाइसिस र बारकोड रिलीज हुन्छ। त्यसपछि, mRNA अणुहरू cDNA मा उल्टो ट्रान्सक्रिप्शनबाट गुज्रन्छन्, १०X बारकोडहरू र अद्वितीय आणविक पहिचानकर्ताहरू (UMIs) समावेश गर्दछ। यी cDNA हरूलाई त्यसपछि मानक अनुक्रमण पुस्तकालय निर्माणको अधीनमा राखिन्छ, जसले एकल-कोशिका स्तरमा जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरूको बलियो र व्यापक अन्वेषणलाई सहज बनाउँछ।
प्लेटफर्म: १०× जेनोमिक्स क्रोमियम र इलुमिना नोभासेक प्लेटफर्म
-
पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण-नानोपोर
NGS-आधारित mRNA अनुक्रमण जीन अभिव्यक्तिको परिमाण निर्धारणको लागि एक बहुमुखी उपकरण हो, छोटो पठनहरूमा यसको निर्भरताले जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक विश्लेषणहरूमा यसको प्रभावकारितालाई सीमित गर्दछ। अर्कोतर्फ, न्यानोपोर अनुक्रमणले लामो-पठन प्रविधि प्रयोग गर्दछ, जसले पूर्ण-लम्बाइको mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रमणलाई सक्षम बनाउँछ। यो दृष्टिकोणले वैकल्पिक स्प्लिसिङ, जीन फ्युजन, पोली-एडेनिलेसन, र mRNA आइसोफर्महरूको परिमाणीकरणको व्यापक अन्वेषणलाई सहज बनाउँछ।
न्यानोपोर सिक्वेन्सिङ, न्यानोपोर एकल-अणु वास्तविक-समय विद्युतीय संकेतहरूमा निर्भर गर्ने विधिले वास्तविक-समयमा परिणामहरू प्रदान गर्दछ। मोटर प्रोटीनहरूद्वारा निर्देशित, डबल-स्ट्र्यान्डेड डीएनए बायोफिल्ममा एम्बेडेड न्यानोपोर प्रोटीनहरूमा बाँधिन्छ, भोल्टेज भिन्नता अन्तर्गत न्यानोपोर च्यानलबाट गुज्रँदा अनवाइन्ड हुन्छ। डीएनए स्ट्र्यान्डमा विभिन्न आधारहरूद्वारा उत्पन्न विशिष्ट विद्युतीय संकेतहरू वास्तविक-समयमा पत्ता लगाइन्छ र वर्गीकृत गरिन्छ, सही र निरन्तर न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमणलाई सहज बनाउँछ। यो नवीन दृष्टिकोणले छोटो-पढ्ने सीमितताहरू पार गर्छ र तत्काल परिणामहरू सहित जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक अध्ययनहरू सहित जटिल जीनोमिक विश्लेषणको लागि गतिशील प्लेटफर्म प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म: नानोपोर प्रोमेथियॉन ४८
-
पूर्ण-लम्बाइको mRNA अनुक्रमण -PacBio
NGS-आधारित mRNA अनुक्रमण जीन अभिव्यक्तिको परिमाण निर्धारणको लागि एक बहुमुखी उपकरण हो, छोटो पठनहरूमा यसको निर्भरताले जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक विश्लेषणहरूमा यसको प्रयोगलाई सीमित गर्दछ। अर्कोतर्फ, PacBio अनुक्रमण (Iso-Seq) ले लामो-पढ्ने प्रविधि प्रयोग गर्दछ, जसले पूर्ण-लम्बाइ mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रमणलाई सक्षम बनाउँछ। यो दृष्टिकोणले वैकल्पिक स्प्लिसिङ, जीन फ्युजन, र पोली-एडेनिलेसनको व्यापक अन्वेषणलाई सहज बनाउँछ। यद्यपि, आवश्यक डेटाको उच्च मात्राको कारणले जीन अभिव्यक्ति परिमाणीकरणको लागि अन्य विकल्पहरू छन्। PacBio अनुक्रमण प्रविधि एकल-अणु, वास्तविक-समय (SMRT) अनुक्रमणमा निर्भर गर्दछ, जसले पूर्ण-लम्बाइ mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरू क्याप्चर गर्नमा एक विशिष्ट फाइदा प्रदान गर्दछ। यो नवीन दृष्टिकोणमा शून्य-मोड वेभगाइडहरू (ZMWs) र माइक्रोफेब्रिकेटेड इनारहरू प्रयोग गर्ने समावेश छ जसले अनुक्रमणको क्रममा DNA पोलिमरेज गतिविधिको वास्तविक-समय अवलोकन सक्षम गर्दछ। यी ZMWs भित्र, PacBio को DNA पोलिमरेजले DNA को पूरक स्ट्र्यान्डलाई संश्लेषण गर्दछ, mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको सम्पूर्णतामा फैलिएको लामो पठनहरू उत्पन्न गर्दछ। सर्कुलर कन्सेन्सस सिक्वेन्सिङ (CCS) मोडमा PacBio अपरेशनले एउटै अणुलाई बारम्बार अनुक्रमण गरेर शुद्धता बढाउँछ। उत्पन्न गरिएको HiFi रिडहरूमा NGS सँग तुलना गर्न सकिने शुद्धता हुन्छ, जसले जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक सुविधाहरूको व्यापक र भरपर्दो विश्लेषणमा थप योगदान पुर्याउँछ।
प्लेटफर्म: PacBio सिक्वेल II; PacBio Revio
-
युकेरियोटिक mRNA अनुक्रमण-NGS
mRNA सिक्वेन्सिङ एउटा यस्तो प्रविधि हो जसले जैविक नमूनामा RNA अणुहरूको उपस्थिति र मात्रा प्रकट गर्न अर्को पुस्ताको सिक्वेन्सिङ प्रयोग गर्दछ, जसले नमूनामा जीन अभिव्यक्तिको स्न्यापसट प्रदान गर्दछ।
यसको व्यापक अनुप्रयोगहरूको साथ, यो अत्याधुनिक उपकरणले जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ।
यो प्रविधि अनुसन्धान, क्लिनिकल डायग्नोस्टिक्स र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाइन्छ, किनकि यसले कोशिका गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनको जटिलताहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ, जसले विभिन्न क्षेत्रहरूमा यसको सम्भावनाको बारेमा जिज्ञासा जगाउन बलियो आधार प्रदान गर्दछ।
उपलब्ध प्लेटफर्महरू: इलुमिना नोभासेक एक्स; DNBSEQ-T7
-
गैर-सन्दर्भमा आधारित mRNA अनुक्रमण-NGS
mRNA अनुक्रमणले विशिष्ट परिस्थितिहरूमा कोषहरू भित्रका सबै mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको व्यापक प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ। यो अत्याधुनिक प्रविधिले एक शक्तिशाली उपकरणको रूपमा काम गर्दछ, जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ। आधारभूत अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाइएको, mRNA अनुक्रमणले सेलुलर गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनको जटिलताहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म: इलुमिना नोभासेक एक्स; DNBSEQ-T7
-
लामो गैर-कोडिङ अनुक्रम-इलुमिना
लामो नन-कोडिङ आरएनए (lncRNAs) २०० भन्दा लामो न्यूक्लियोटाइडहरू हुन् जसमा न्यूनतम कोडिङ क्षमता हुन्छ र नन-कोडिङ आरएनए भित्र निर्णायक तत्वहरू हुन्। न्यूक्लियस र साइटोप्लाज्ममा पाइने यी आरएनएहरूले एपिजेनेटिक, ट्रान्सक्रिप्शनल, र पोस्ट-ट्रान्सक्रिप्शनल नियमनमा महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छन्, जसले कोशिका र आणविक प्रक्रियाहरूलाई आकार दिन तिनीहरूको महत्त्वलाई जोड दिन्छ। LncRNA अनुक्रमण कोशिका भिन्नता, ओन्टोजेनेसिस, र मानव रोगहरूमा एक शक्तिशाली उपकरण हो।
प्लेटफर्म: इलुमिना नोभासेक एक्स
-
सानो आरएनए अनुक्रमण-इलुमिना
सानो आरएनए भनेको आरएनए अणुहरूको समूह हो जसमा माइक्रोआरएनए (miRNAs), सानो हस्तक्षेप गर्ने आरएनए (siRNAs), र piwi-अन्तर्क्रियात्मक आरएनए (piRNAs) समावेश छन्। यी मध्ये, लगभग १८-२५ न्यूक्लियोटाइडहरू लामो miRNAs, विभिन्न कोषीय प्रक्रियाहरूमा तिनीहरूको निर्णायक नियामक भूमिकाहरूको लागि विशेष रूपमा उल्लेखनीय छन्। तन्तु-विशिष्ट र चरण-विशिष्ट अभिव्यक्ति ढाँचाहरूको साथ, miRNAs ले विभिन्न प्रजातिहरूमा उच्च संरक्षण प्रदर्शन गर्दछ।
प्लेटफर्म: इलुमिना नोभासेक
-
सर्कआरएनए सिक्वेन्सिङ-इलुमिना
गोलाकार आरएनए सिक्वेन्सिङ (सर्कलआरएनए-सेक) ले गोलाकार आरएनएहरूको प्रोफाइल र विश्लेषण गर्दछ, आरएनए अणुहरूको एक वर्ग जसले गैर-प्रामाणिक स्प्लिसिङ घटनाहरूको कारणले बन्द लूपहरू बनाउँछ, जसले यस आरएनएलाई बढ्दो स्थिरता प्रदान गर्दछ। केही सर्कलआरएनएहरूले माइक्रोआरएनए स्पन्जको रूपमा काम गर्ने, माइक्रोआरएनएहरूलाई अलग गर्ने र तिनीहरूलाई तिनीहरूको लक्षित एमआरएनएहरू नियमन गर्नबाट रोक्ने देखाइएको छ, अन्य सर्कलआरएनएहरूले प्रोटीनहरूसँग अन्तरक्रिया गर्न, जीन अभिव्यक्तिलाई परिमार्जन गर्न, वा सेलुलर प्रक्रियाहरूमा भूमिका खेल्न सक्छन्। सर्कलआरएनए अभिव्यक्ति विश्लेषणले यी अणुहरूको नियामक भूमिकाहरू र विभिन्न सेलुलर प्रक्रियाहरू, विकासात्मक चरणहरू, र रोग अवस्थाहरूमा तिनीहरूको महत्त्वमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ, जसले जीन अभिव्यक्तिको सन्दर्भमा आरएनए नियमनको जटिलताको गहिरो बुझाइमा योगदान पुर्याउँछ।
प्लेटफर्म: इलुमिना नोभासेक एक्स
-
सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रम - इलुमिना
वोल ट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिङले कोडिङ (mRNA) र गैर-कोडिङ RNA हरू (lncRNA, circRNA, र miRNA) समावेश गर्दै विविध RNA अणुहरूको प्रोफाइलिङ गर्ने व्यापक दृष्टिकोण प्रदान गर्दछ। यो प्रविधिले निश्चित समयमा विशिष्ट कोषहरूको सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोमलाई कैद गर्छ, जसले सेलुलर प्रक्रियाहरूको समग्र बुझाइको लागि अनुमति दिन्छ।
उपलब्ध प्लेटफर्महरू: इलुमिना नोभासेक एक्स
