-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिङ -NGS
मेटाजेनोम भनेको वातावरणीय र मानव मेटाजेनोम जस्ता जीवहरूको मिश्रित समुदायको कुल आनुवंशिक सामग्रीको संग्रह हो। यसमा खेतीयोग्य र अखेतीयोग्य दुवै सूक्ष्मजीवहरूको जीनोमहरू हुन्छन्। NGS सँगको शटगन मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिङले वर्गीकरण प्रोफाइलिङ भन्दा बढी प्रदान गरेर वातावरणीय नमूनाहरूमा एम्बेड गरिएका यी जटिल जीनोमिक परिदृश्यहरूको अध्ययनलाई सक्षम बनाउँछ, जसले प्रजाति विविधता, प्रशस्त गतिशीलता, र जटिल जनसंख्या संरचनाहरूमा दानेदार अन्तर्दृष्टि पनि प्रदान गर्दछ। वर्गीकरण अध्ययनहरूभन्दा बाहिर, शटगन मेटाजेनोमिक्सले कार्यात्मक जीनोमिक्स दृष्टिकोण पनि प्रदान गर्दछ, जसले एन्कोडेड जीनहरूको अन्वेषण र पारिस्थितिक प्रक्रियाहरूमा तिनीहरूको अनुमानित भूमिकाहरूलाई सक्षम बनाउँछ। अन्तमा, आनुवंशिक तत्वहरू र वातावरणीय कारकहरू बीचको सहसम्बन्ध नेटवर्कहरूको स्थापनाले माइक्रोबियल समुदायहरू र तिनीहरूको पारिस्थितिक पृष्ठभूमि बीचको जटिल अन्तरक्रियाको समग्र बुझाइमा योगदान पुर्याउँछ। निष्कर्षमा, मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिङ विविध माइक्रोबियल समुदायहरूको जीनोमिक जटिलताहरू उजागर गर्नको लागि एक प्रमुख उपकरणको रूपमा खडा छ, यी जटिल पारिस्थितिक प्रणाली भित्र आनुवंशिकी र पारिस्थितिकी बीचको बहुआयामिक सम्बन्धलाई प्रकाश पार्छ।
प्लेटफर्महरू: इलुमिना नोभासेक र DNBSEQ-T7
-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिङ-TGS
मेटाजेनोम भनेको वातावरणीय र मानव मेटाजेनोम जस्ता जीवहरूको मिश्रित समुदायको आनुवंशिक सामग्रीको संग्रह हो। यसमा खेतीयोग्य र अखेतीयोग्य दुवै सूक्ष्मजीवहरूको जीनोमहरू हुन्छन्। मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिङले वर्गीकरण प्रोफाइलिङ भन्दा बढी प्रदान गरेर पारिस्थितिक नमूनाहरूमा एम्बेड गरिएका यी जटिल जीनोमिक परिदृश्यहरूको अध्ययनलाई सक्षम बनाउँछ। यसले एन्कोडेड जीनहरू र वातावरणीय प्रक्रियाहरूमा तिनीहरूको पुटेटिभ भूमिकाहरू अन्वेषण गरेर कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य पनि प्रदान गर्दछ। इलुमिना सिक्वेन्सिङको साथ परम्परागत शटगन दृष्टिकोणहरू मेटाजेनोमिक अध्ययनहरूमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ, नानोपोर र प्याकबायो लामो-पढ्ने अनुक्रमको आगमनले क्षेत्र परिवर्तन गरेको छ। नानोपोर र प्याकबायो प्रविधिले डाउनस्ट्रीम बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषणहरू बढाउँछ, विशेष गरी मेटाजेनोम एसेम्बली, थप निरन्तर एसेम्बलीहरू सुनिश्चित गर्दै। रिपोर्टहरूले संकेत गर्दछ कि नानोपोर-आधारित र प्याकबायो-आधारित मेटाजेनोमिक्सले जटिल माइक्रोबायोमहरूबाट पूर्ण र बन्द ब्याक्टेरिया जीनोमहरू सफलतापूर्वक उत्पन्न गरेको छ (मोस, ईएल, एट अल।, नेचर बायोटेक, २०२०)। इल्युमिना रिडहरूसँग नानोपोर रिडहरू एकीकृत गर्नाले त्रुटि सुधारको लागि रणनीतिक दृष्टिकोण प्रदान गर्दछ, नानोपोरको अन्तर्निहित कम शुद्धतालाई कम गर्दछ। यो सिनर्जिस्टिक संयोजनले प्रत्येक अनुक्रम प्लेटफर्मको शक्तिहरूको लाभ उठाउँछ, सम्भावित सीमितताहरू पार गर्न र मेटाजेनोमिक विश्लेषणहरूको शुद्धता र विश्वसनीयतालाई अगाडि बढाउन एक बलियो समाधान प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म: नानोपोर प्रोमेथियॉन ४८, इलुमिया र प्याकबायो रेभियो
-
१६S/१८S/ITS एम्पलिकन सिक्वेन्सिङ-प्याकबायो
१६S र १८S rRNA जीनहरू, आन्तरिक ट्रान्सक्राइब्ड स्पेसर (ITS) क्षेत्रसँगै, अत्यधिक संरक्षित र हाइपर-चर क्षेत्रहरूको संयोजनको कारणले गर्दा निर्णायक आणविक फिंगरप्रिन्टिङ मार्करहरूको रूपमा काम गर्छन्, जसले तिनीहरूलाई प्रोकारियोटिक र युकेरियोटिक जीवहरूको विशेषता निर्धारण गर्न अमूल्य उपकरण बनाउँछ। यी क्षेत्रहरूको प्रवर्धन र अनुक्रमणले विभिन्न पारिस्थितिक प्रणालीहरूमा माइक्रोबियल संरचना र विविधताको अनुसन्धानको लागि अलगाव-मुक्त दृष्टिकोण प्रदान गर्दछ। इलुमिना अनुक्रमणले सामान्यतया १६S र ITS1 को V3-V4 जस्ता छोटो हाइपरचरयोग्य क्षेत्रहरूलाई लक्षित गर्दछ, यो प्रदर्शन गरिएको छ कि उत्कृष्ट वर्गीकरण एनोटेसन १६S, १८S, र ITS को पूर्ण लम्बाइ अनुक्रमण गरेर प्राप्त गर्न सकिन्छ। यो व्यापक दृष्टिकोणले सही रूपमा वर्गीकृत अनुक्रमहरूको उच्च प्रतिशतमा परिणाम दिन्छ, प्रजाति पहिचानमा विस्तार हुने रिजोलुसनको स्तर प्राप्त गर्दछ। PacBio को एकल-आणविक वास्तविक-समय (SMRT) अनुक्रमण प्लेटफर्म इलुमिना अनुक्रमणको परिशुद्धतालाई प्रतिस्पर्धा गर्दै, पूर्ण-लम्बाइ एम्प्लिकनहरूलाई समेट्ने अत्यधिक सटीक लामो पठन (HiFi) प्रदान गरेर फरक देखिन्छ। यो क्षमताले अनुसन्धानकर्ताहरूलाई एक अतुलनीय फाइदा प्राप्त गर्न अनुमति दिन्छ - आनुवंशिक परिदृश्यको मनोरम दृश्य। विस्तारित कभरेजले प्रजाति एनोटेसनमा रिजोलुसनलाई उल्लेखनीय रूपमा बढाउँछ, विशेष गरी ब्याक्टेरिया वा फंगल समुदायहरू भित्र, माइक्रोबियल जनसंख्याको जटिलताको गहिरो बुझाइलाई सक्षम बनाउँछ।
-
१६S/१८S/ITS एम्पलिकन सिक्वेन्सिङ-NGS
इलुमिना प्रविधिको साथ एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ, विशेष गरी १६S, १८S, र यसको आनुवंशिक मार्करहरूलाई लक्षित गर्दै, माइक्रोबियल समुदायहरू भित्र फाइलोजेनी, वर्गीकरण, र प्रजातिहरूको प्रशस्तता उजागर गर्ने एक शक्तिशाली विधि हो। यस दृष्टिकोणमा हाउसकिपिङ आनुवंशिक मार्करहरूको हाइपरभेरिएबल क्षेत्रहरू अनुक्रमण समावेश छ। मूल रूपमा आणविक फिंगरप्रिन्टको रूपमा प्रस्तुत गरिएको थियो।वोएसेस एट अल१९७७ मा, यस प्रविधिले आइसोलेसन-मुक्त विश्लेषणहरू सक्षम पारेर माइक्रोबायोम प्रोफाइलिङमा क्रान्तिकारी परिवर्तन ल्याएको छ। १६S (ब्याक्टेरिया), १८S (फंगी), र आन्तरिक ट्रान्सक्राइब्ड स्पेसर (ITS, फंगी) को अनुक्रमणिका मार्फत, अनुसन्धानकर्ताहरूले प्रचुर मात्रामा प्रजातिहरू मात्र नभई दुर्लभ र अज्ञात प्रजातिहरू पनि पहिचान गर्न सक्छन्। एक प्रमुख उपकरणको रूपमा व्यापक रूपमा अपनाइएको, एम्प्लिकन अनुक्रमण मानव मुख, आन्द्रा, दिसा, र बाहिर सहित विविध वातावरणहरूमा विभेदक माइक्रोबियल संरचनाहरू छुट्याउन महत्वपूर्ण भूमिका खेलेको छ।
-
ब्याक्टेरिया र फंगल सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण
ब्याक्टेरिया र फंगल सम्पूर्ण-जीनोम पुन: अनुक्रमण परियोजनाहरू माइक्रोबियल जीनोमहरूको पूर्णता र तुलना सक्षम पारेर माइक्रोबियल जीनोमिक्सलाई अगाडि बढाउनको लागि महत्त्वपूर्ण छन्। यसले किण्वन इन्जिनियरिङ, औद्योगिक प्रक्रियाहरूको अनुकूलन, र माध्यमिक चयापचय मार्गहरूको अन्वेषणलाई सहज बनाउँछ। यसबाहेक, औषधि, कृषि र वातावरणीय विज्ञानमा व्यापक प्रभावहरू सहित वातावरणीय अनुकूलन बुझ्न, स्ट्रेनहरू अनुकूलन गर्न र आनुवंशिक विकास गतिशीलता प्रकट गर्न फंगल र ब्याक्टेरियल पुन: अनुक्रमण महत्त्वपूर्ण छ।
-
प्रोकारियोटिक आरएनए अनुक्रमण
आरएनए अनुक्रमणले विशिष्ट परिस्थितिहरूमा कोषहरू भित्रका सबै आरएनए ट्रान्सक्रिप्टहरूको व्यापक प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ। यो अत्याधुनिक प्रविधिले एक शक्तिशाली उपकरणको रूपमा काम गर्दछ, जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ। आधारभूत अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाइएको, आरएनए अनुक्रमणले सेलुलर गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनको जटिलताहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ। हाम्रो प्रोकारियोटिक आरएनए नमूना प्रशोधन प्रोकारियोटिक ट्रान्सक्रिप्टोमहरूको लागि अनुकूलित गरिएको छ, जसमा आरआरएनए डिप्लेशन र दिशात्मक पुस्तकालय तयारी समावेश छ।
-
मेटाट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण
इल्युमिना सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीको प्रयोग गर्दै, BMKGENE को मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिङ सेवाले माटो, पानी, समुद्र, दिसा र आन्द्रा जस्ता प्राकृतिक वातावरण भित्र युकेरियोट्सदेखि प्रोकेरियोट्स र भाइरसहरूसम्म फैलिएका विविध सूक्ष्मजीवहरूको गतिशील जीन अभिव्यक्तिको अनावरण गर्दछ। हाम्रो व्यापक सेवाले अनुसन्धानकर्ताहरूलाई जटिल माइक्रोबियल समुदायहरूको पूर्ण जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरूमा जान सक्षम बनाउँछ। वर्गीकरण विश्लेषणभन्दा बाहिर, हाम्रो मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिङ सेवाले कार्यात्मक संवर्धनमा अन्वेषणलाई सहज बनाउँछ, भिन्न रूपमा व्यक्त गरिएका जीनहरू र तिनीहरूको भूमिकाहरूमा प्रकाश पार्छ। यी विविध वातावरणीय आलाहरू भित्र जीन अभिव्यक्ति, वर्गीकरण विविधता, र कार्यात्मक गतिशीलताको जटिल परिदृश्यहरू नेभिगेट गर्दा जैविक अन्तर्दृष्टिको धनको पर्दाफास गर्नुहोस्।
-
डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGENE ले फंगल जीनोमहरूको लागि बहुमुखी समाधानहरू प्रदान गर्दछ, विविध अनुसन्धान आवश्यकताहरू र इच्छित जीनोम पूर्णतालाई पूरा गर्दछ। छोटो-पढ्ने इलुमिना सिक्वेन्सिङको मात्र प्रयोग गर्नाले ड्राफ्ट जीनोमको उत्पादन गर्न अनुमति दिन्छ। नानोपोर वा प्याकबियो प्रयोग गरेर छोटो-पढ्ने र लामो-पढ्ने सिक्वेन्सिङलाई लामो कन्टिगहरूसँग थप परिष्कृत फंगल जीनोमको लागि संयुक्त गरिन्छ। यसबाहेक, हाई-सी सिक्वेन्सिङलाई एकीकृत गर्नाले क्षमताहरूलाई अझ बढाउँछ, पूर्ण क्रोमोजोम-स्तर जीनोम प्राप्त गर्न सक्षम बनाउँछ।
-
डे नोवो ब्याक्टेरियल जीनोम असेंबली
हामी पूर्ण ब्याक्टेरियल जीनोम एसेम्बली सेवा प्रदान गर्छौं, जसले ० ग्यापको ग्यारेन्टी दिन्छ। यो लामो-पढ्ने सिक्वेन्सिङ प्रविधिहरू, जस्तै नानोपोर र प्याकबायोलाई एसेम्बलीको लागि र छोटो-पढ्ने सिक्वेन्सिङलाई ONT रिडहरूको एसेम्बली प्रमाणीकरण र त्रुटि सुधारको लागि इलुमिनासँग एकीकृत गरेर सम्भव छ। हाम्रो सेवाले विशिष्ट अनुसन्धान लक्ष्यहरू पूरा गर्दै एसेम्बली, कार्यात्मक एनोटेसन, र उन्नत बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषणबाट पूर्ण बायोइन्फर्मेटिक कार्यप्रवाह प्रदान गर्दछ। यो सेवाले विभिन्न आनुवंशिक र जीनोमिक अध्ययनहरूको लागि सटीक सन्दर्भ जीनोमहरूको विकासलाई सक्षम बनाउँछ। थप रूपमा, यसले स्ट्रेन अप्टिमाइजेसन, आनुवंशिक इन्जिनियरिङ, र माइक्रोबियल टेक्नोलोजी विकास जस्ता अनुप्रयोगहरूको लागि आधार बनाउँछ, वैज्ञानिक अन्तर्दृष्टि र जैवप्रविधिक नवप्रवर्तनलाई अगाडि बढाउनको लागि महत्त्वपूर्ण भरपर्दो र खाली-मुक्त जीनोमिक डेटा सुनिश्चित गर्दछ।
